lib/maracasVisuLib/src/kernel/marDynData.cpp

   1 /*# ---------------------------------------------------------------------
   2 #
   3 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   4 #                        pour la Sant�)
   5 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   6 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   7 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   8 #
   9 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  10 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  11 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  12 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  13 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  14 #  or in the file LICENSE.txt.
  15 #
  16 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  17 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  18 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  19 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  20 #  liability.
  21 #
  22 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  23 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  24 # ------------------------------------------------------------------------ */
  25
  26 /*=========================================================================
  27
  28   Program:   wxMaracas
  29   Module:    $RCSfile: marDynData.cpp,v $
  30   Language:  C++
  31   Date:      $Date: 2012/11/15 14:16:12 $
  32   Version:   $Revision: 1.4 $
  33
  34   Copyright: (c) 2002, 2003
  35   License:
  36
  37      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  38      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  39      PURPOSE.  See the above copyright notice for more information.
  40
  41 =========================================================================*/
  42
  43 #include <vtkImageResample.h>
  44 #include <vtkExtractVOI.h>
  45 #include <vtkImageData.h>
  46 #include <vtkImageChangeInformation.h>
  47 #include <vtkImageShiftScale.h>
  48 #include <vtkImageThreshold.h>
  49 #include "marDynData.h"
  50
  51 // -------------------------------------------------------------------------
  52 marDynData::marDynData( marParameters* p ) : marObject( p ), _volume( NULL )
  53 {
  54         _marimagedata = new marImageData(NULL);
  55 }
  56
  57 // -------------------------------------------------------------------------
  58 marDynData::~marDynData()
  59 {
  60 //      _marimagedata->SetImageData(NULL);
  61         delete _marimagedata;
  62         reset( );
  63 }
  64 // -------------------------------------------------------------------------
  65
  66 void marDynData::loadData( kVolume* vol, int* voi )
  67  {
  68    int ext[6];
  69    reset( );
  70
  71    vtkExtractVOI *crop = vtkExtractVOI::New();
  72 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
  73 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
  74    crop->SetInput( vol->castVtk( ) );
  75 #else
  76    crop->SetInputData( vol->castVtk( ) );
  77 #endif
  78
  79    crop->SetVOI( voi );
  80    //crop->SetSampleRate( getParameters( )->getVoxelSize( ), getParameters( )->getVoxelSize( ), getParameters( )->getVoxelSize( ));
  81
  82    float RescalaSlope           =  getParameters()->getRescaleSlope();
  83    float RescalaIntercept       =  getParameters()->getRescaleIntercept();
  84
  85 //EED
  86 //      RescalaSlope            = 1;
  87 //      RescalaIntercept        = 0;
  88
  89    vtkImageShiftScale *scale = vtkImageShiftScale::New();
  90 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
  91 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
  92    scale->SetInput( crop->GetOutput( ) );
  93 #else
  94    scale->SetInputData( crop->GetOutput( ) );
  95 #endif
  96    scale->SetScale(RescalaSlope);
  97    scale->SetShift(0);
  98    scale->SetOutputScalarTypeToShort();
  99    scale->Update();
 100    vtkImageShiftScale *shift = vtkImageShiftScale::New();
 101 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
 102 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
 103    shift->SetInput( scale->GetOutput( ) );
 104 #else
 105    shift->SetInputData( scale->GetOutput( ) );
 106 #endif
 107    shift->SetScale(1);
 108    shift->SetShift(RescalaIntercept);
 109    shift->SetOutputScalarTypeToShort();
 110    shift->Update();
 111
 112
 113    vtkImageThreshold *threshold = vtkImageThreshold::New();
 114 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
 115 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
 116    threshold->SetInput( shift->GetOutput( ) );
 117 #else
 118    threshold->SetInputData( shift->GetOutput( ) );
 119 #endif
 120    threshold->ThresholdByUpper (-10000);
 121    threshold->ThresholdByLower (-1);
 122    threshold->SetInValue(0);
 123    threshold->ReplaceOutOff ();
 124    threshold->ReplaceInOn ();
 125    threshold->SetOutputScalarTypeToUnsignedShort();
 126
 127    vtkImageResample* ir = vtkImageResample::New( );
 128 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
 129 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
 130    ir->SetInput( threshold->GetOutput( ) );
 131 #else
 132    ir->SetInputData( threshold->GetOutput( ) );
 133 #endif
 134    ir->SetDimensionality( 3 );
 135    double voxelSize= getParameters( )->getVoxelSize( );
 136    ir->SetAxisOutputSpacing( 0, voxelSize );
 137    ir->SetAxisOutputSpacing( 1, voxelSize );
 138    ir->SetAxisOutputSpacing( 2, voxelSize );
 139
 140
 141 //      ir->SetAxisMagnificationFactor(0,1/getParameters( )->getVoxelSize( ));
 142
 143 //EEDx1
 144    ir->InterpolateOn( );
 145 //   ir->InterpolateOff( );
 146
 147
 148    ir->Update( );    //important
 149    ir->GetOutput()->GetExtent( ext );
 150
 151   /**
 152    * Before we were using kgfoCrop which assume extent start at 0,0,0
 153    */
 154    vtkImageChangeInformation* change = vtkImageChangeInformation::New();
 155 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
 156 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
 157    change->SetInput( ir->GetOutput() );
 158 #else
 159    change->SetInputData( ir->GetOutput() );
 160 #endif
 161
 162    change->SetExtentTranslation( -ext[0], -ext[2], -ext[4] );
 163    change->SetOutputSpacing ( voxelSize , voxelSize , voxelSize );
 164    change->Update();    //important
 165
 166    _volume = new kVolume( change->GetOutput( ) );
 167
 168         _marimagedata->AddImageData( _volume->castVtk() );
 169         double spc[3];
 170         vol->castVtk()->GetSpacing(spc);
 171         _marimagedata->SetSpcOriginal( spc );
 172         _marimagedata->SetVoiOriginal(voi);
 173
 174
 175    crop         -> Delete();
 176    ir           -> Delete();
 177    change       -> Delete();
 178    shift        -> Delete();
 179    scale        -> Delete();
 180    threshold-> Delete();
 181  }
 182
 183
 184 // -------------------------------------------------------------------------
 185 void marDynData::reset( )
 186 {
 187   //Efface car _volume est juste un pointeur ver _volume de marGdcmDicom qui
 188   //est detruit par le reset correspondant
 189 // PS ->   #ifndef DXMM
 190 // PS ->   if( _volume ) delete _volume;
 191 // PS ->   #endif
 192   _volume = NULL;
 193 }
 194
 195 // -------------------------------------------------------------------------
 196 void marDynData::copyFrom( const marObject& from )
 197 {
 198   reset( );
 199   _volume = new kVolume( *( ( ( marDynData& )from )._volume ) );
 200 }
 201
 202 // -------------------------------------------------------------------------
 203 bool marDynData::save( std::ofstream& os )
 204 {
 205     void* data = _volume->getData1D( );
 206     uint32_t dims[ 3 ];
 207     ulong dSize = _volume->getRawSizeInBytes( );  // How many bytes for a 'ulong'? // JPR
 208     double sizes[ 3 ];
 209     kVolume::Type type = _volume->getType( );
 210
 211     dims[ 0 ] = _volume->getXdim( );
 212     dims[ 1 ] = _volume->getYdim( );
 213     dims[ 2 ] = _volume->getZdim( );
 214     sizes[ 0 ] = _volume->getXsize( );
 215     sizes[ 1 ] = _volume->getYsize( );
 216     sizes[ 2 ] = _volume->getZsize( );
 217
 218     os.write( ( const char* )dims, 3 * sizeof( uint32_t ) );
 219     os.write( ( const char* )sizes, 3 * sizeof( double ) );
 220     os.write( ( const char* )&type, sizeof( kVolume::Type ) );
 221     os.write( ( const char* )&dSize, sizeof( ulong ) );
 222     os.write( ( const char* )data, dSize );
 223
 224     return( true );
 225 }
 226
 227 // -------------------------------------------------------------------------
 228 bool marDynData::load( std::ifstream& is )
 229 {
 230     uint8_t* data;
 231     uint32_t dims[ 3 ];
 232     ulong dSize;
 233     double sizes[ 3 ];
 234     kVolume::Type type;
 235
 236     reset( );
 237
 238     is.read( ( char* )dims, 3 * sizeof( uint32_t ) );
 239     is.read( ( char* )sizes, 3 * sizeof( double ) );
 240     is.read( ( char* )&type, sizeof( kVolume::Type ) );
 241     is.read( ( char* )&dSize, sizeof( ulong ) );
 242     data = new uint8_t[ dSize ];
 243     is.read( ( char* )data, dSize );
 244
 245     _volume = new kVolume( type, dims, sizes, ( void* )data );
 246
 247     //cleaning
 248     delete[] data;
 249
 250     return( true );
 251 }
 252
 253 // ----------------------------------------------------------------------------------------------
 254 marImageData *marDynData::GetMarImageData()
 255 {
 256         return _marimagedata;
 257 }
 258 // ----------------------------------------------------------------------------------------------
 259
 260 // eof - dynData.cxx