lib/maracasVisuLib/src/kernel/marDynData.cpp

   1 /*# ---------------------------------------------------------------------
   2 #
   3 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   4 #                        pour la Sant�)
   5 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   6 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   7 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   8 #
   9 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  10 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  11 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  12 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  13 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  14 #  or in the file LICENSE.txt.
  15 #
  16 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  17 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  18 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  19 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  20 #  liability.
  21 #
  22 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  23 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  24 # ------------------------------------------------------------------------ */
  25
  26 /*=========================================================================
  27
  28   Program:   wxMaracas
  29   Module:    $RCSfile: marDynData.cpp,v $
  30   Language:  C++
  31   Date:      $Date: 2012/11/15 14:16:12 $
  32   Version:   $Revision: 1.4 $
  33
  34   Copyright: (c) 2002, 2003
  35   License:
  36
  37      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  38      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  39      PURPOSE.  See the above copyright notice for more information.
  40
  41 =========================================================================*/
  42
  43 #include <vtkImageResample.h>
  44 #include <vtkExtractVOI.h>
  45 #include <vtkImageData.h>
  46 #include <vtkImageChangeInformation.h>
  47 #include <vtkImageShiftScale.h>
  48 #include <vtkImageThreshold.h>
  49 #include "marDynData.h"
  50
  51 // -------------------------------------------------------------------------
  52 marDynData::marDynData( marParameters* p ) : marObject( p ), _volume( NULL )
  53 {
  54         _marimagedata = new marImageData(NULL);
  55 }
  56
  57 // -------------------------------------------------------------------------
  58 marDynData::~marDynData()
  59 {
  60 //      _marimagedata->SetImageData(NULL);
  61         delete _marimagedata;
  62         reset( );
  63 }
  64 // -------------------------------------------------------------------------
  65
  66 void marDynData::loadData( kVolume* vol, int* voi )
  67  {
  68    int ext[6];
  69    reset( );
  70
  71    vtkExtractVOI *crop = vtkExtractVOI::New();
  72    crop->SetInput( vol->castVtk( ) );
  73
  74    crop->SetVOI( voi );
  75    //crop->SetSampleRate( getParameters( )->getVoxelSize( ), getParameters( )->getVoxelSize( ), getParameters( )->getVoxelSize( ));
  76
  77    float RescalaSlope           =  getParameters()->getRescaleSlope();
  78    float RescalaIntercept       =  getParameters()->getRescaleIntercept();
  79
  80 //EED
  81 //      RescalaSlope            = 1;
  82 //      RescalaIntercept        = 0;
  83
  84    vtkImageShiftScale *scale = vtkImageShiftScale::New();
  85    scale->SetInput( crop->GetOutput( ) );
  86    scale->SetScale(RescalaSlope);
  87    scale->SetShift(0);
  88    scale->SetOutputScalarTypeToShort();
  89    scale->Update();
  90    vtkImageShiftScale *shift = vtkImageShiftScale::New();
  91    shift->SetInput( scale->GetOutput( ) );
  92    shift->SetScale(1);
  93    shift->SetShift(RescalaIntercept);
  94    shift->SetOutputScalarTypeToShort();
  95    shift->Update();
  96
  97
  98    vtkImageThreshold *threshold = vtkImageThreshold::New();
  99    threshold->SetInput( shift->GetOutput( ) );
 100    threshold->ThresholdByUpper (-10000);
 101    threshold->ThresholdByLower (-1);
 102    threshold->SetInValue(0);
 103    threshold->ReplaceOutOff ();
 104    threshold->ReplaceInOn ();
 105    threshold->SetOutputScalarTypeToUnsignedShort();
 106
 107    vtkImageResample* ir = vtkImageResample::New( );
 108    ir->SetInput( threshold->GetOutput( ) );
 109    ir->SetDimensionality( 3 );
 110    double voxelSize= getParameters( )->getVoxelSize( );
 111    ir->SetAxisOutputSpacing( 0, voxelSize );
 112    ir->SetAxisOutputSpacing( 1, voxelSize );
 113    ir->SetAxisOutputSpacing( 2, voxelSize );
 114
 115
 116 //      ir->SetAxisMagnificationFactor(0,1/getParameters( )->getVoxelSize( ));
 117
 118 //EEDx1
 119    ir->InterpolateOn( );
 120 //   ir->InterpolateOff( );
 121
 122
 123    ir->Update( );    //important
 124    ir->GetOutput()->GetExtent( ext );
 125
 126   /**
 127    * Before we were using kgfoCrop which assume extent start at 0,0,0
 128    */
 129    vtkImageChangeInformation* change = vtkImageChangeInformation::New();
 130    change->SetInput( ir->GetOutput() );
 131    change->SetExtentTranslation( -ext[0], -ext[2], -ext[4] );
 132    change->SetOutputSpacing ( voxelSize , voxelSize , voxelSize );
 133    change->Update();    //important
 134
 135    _volume = new kVolume( change->GetOutput( ) );
 136
 137         _marimagedata->AddImageData( _volume->castVtk() );
 138         double spc[3];
 139         vol->castVtk()->GetSpacing(spc);
 140         _marimagedata->SetSpcOriginal( spc );
 141         _marimagedata->SetVoiOriginal(voi);
 142
 143
 144    crop         -> Delete();
 145    ir           -> Delete();
 146    change       -> Delete();
 147    shift        -> Delete();
 148    scale        -> Delete();
 149    threshold-> Delete();
 150  }
 151
 152
 153 // -------------------------------------------------------------------------
 154 void marDynData::reset( )
 155 {
 156   //Efface car _volume est juste un pointeur ver _volume de marGdcmDicom qui
 157   //est detruit par le reset correspondant
 158 // PS ->   #ifndef DXMM
 159 // PS ->   if( _volume ) delete _volume;
 160 // PS ->   #endif
 161   _volume = NULL;
 162 }
 163
 164 // -------------------------------------------------------------------------
 165 void marDynData::copyFrom( const marObject& from )
 166 {
 167   reset( );
 168   _volume = new kVolume( *( ( ( marDynData& )from )._volume ) );
 169 }
 170
 171 // -------------------------------------------------------------------------
 172 bool marDynData::save( std::ofstream& os )
 173 {
 174     void* data = _volume->getData1D( );
 175     uint32_t dims[ 3 ];
 176     ulong dSize = _volume->getRawSizeInBytes( );  // How many bytes for a 'ulong'? // JPR
 177     double sizes[ 3 ];
 178     kVolume::Type type = _volume->getType( );
 179
 180     dims[ 0 ] = _volume->getXdim( );
 181     dims[ 1 ] = _volume->getYdim( );
 182     dims[ 2 ] = _volume->getZdim( );
 183     sizes[ 0 ] = _volume->getXsize( );
 184     sizes[ 1 ] = _volume->getYsize( );
 185     sizes[ 2 ] = _volume->getZsize( );
 186
 187     os.write( ( const char* )dims, 3 * sizeof( uint32_t ) );
 188     os.write( ( const char* )sizes, 3 * sizeof( double ) );
 189     os.write( ( const char* )&type, sizeof( kVolume::Type ) );
 190     os.write( ( const char* )&dSize, sizeof( ulong ) );
 191     os.write( ( const char* )data, dSize );
 192
 193     return( true );
 194 }
 195
 196 // -------------------------------------------------------------------------
 197 bool marDynData::load( std::ifstream& is )
 198 {
 199     uint8_t* data;
 200     uint32_t dims[ 3 ];
 201     ulong dSize;
 202     double sizes[ 3 ];
 203     kVolume::Type type;
 204
 205     reset( );
 206
 207     is.read( ( char* )dims, 3 * sizeof( uint32_t ) );
 208     is.read( ( char* )sizes, 3 * sizeof( double ) );
 209     is.read( ( char* )&type, sizeof( kVolume::Type ) );
 210     is.read( ( char* )&dSize, sizeof( ulong ) );
 211     data = new uint8_t[ dSize ];
 212     is.read( ( char* )data, dSize );
 213
 214     _volume = new kVolume( type, dims, sizes, ( void* )data );
 215
 216     //cleaning
 217     delete[] data;
 218
 219     return( true );
 220 }
 221
 222 // ----------------------------------------------------------------------------------------------
 223 marImageData *marDynData::GetMarImageData()
 224 {
 225         return _marimagedata;
 226 }
 227 // ----------------------------------------------------------------------------------------------
 228
 229 // eof - dynData.cxx