lib/maracasVisuLib/src/kernel/marDynData.cpp

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   wxMaracas
   4   Module:    $RCSfile: marDynData.cpp,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2010/04/20 16:11:40 $
   7   Version:   $Revision: 1.3 $
   8
   9   Copyright: (c) 2002, 2003
  10   License:
  11
  12      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  13      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14      PURPOSE.  See the above copyright notice for more information.
  15
  16 =========================================================================*/
  17
  18 #include <vtkImageResample.h>
  19 #include <vtkExtractVOI.h>
  20 #include <vtkImageData.h>
  21 #include <vtkImageChangeInformation.h>
  22 #include <vtkImageShiftScale.h>
  23 #include <vtkImageThreshold.h>
  24 #include "marDynData.h"
  25
  26 // -------------------------------------------------------------------------
  27 marDynData::marDynData( marParameters* p ) : marObject( p ), _volume( NULL )
  28 {
  29         _marimagedata = new marImageData(NULL);
  30 }
  31
  32 // -------------------------------------------------------------------------
  33 marDynData::~marDynData()
  34 {
  35 //      _marimagedata->SetImageData(NULL);
  36         delete _marimagedata;
  37         reset( );
  38 }
  39 // -------------------------------------------------------------------------
  40
  41 void marDynData::loadData( kVolume* vol, int* voi )
  42  {
  43    int ext[6];
  44    reset( );
  45
  46    vtkExtractVOI *crop = vtkExtractVOI::New();
  47    crop->SetInput( vol->castVtk( ) );
  48
  49    crop->SetVOI( voi );
  50    //crop->SetSampleRate( getParameters( )->getVoxelSize( ), getParameters( )->getVoxelSize( ), getParameters( )->getVoxelSize( ));
  51
  52    float RescalaSlope           =  getParameters()->getRescaleSlope();
  53    float RescalaIntercept       =  getParameters()->getRescaleIntercept();
  54
  55 //EED
  56 //      RescalaSlope            = 1;
  57 //      RescalaIntercept        = 0;
  58
  59    vtkImageShiftScale *scale = vtkImageShiftScale::New();
  60    scale->SetInput( crop->GetOutput( ) );
  61    scale->SetScale(RescalaSlope);
  62    scale->SetShift(0);
  63    scale->SetOutputScalarTypeToShort();
  64    scale->Update();
  65    vtkImageShiftScale *shift = vtkImageShiftScale::New();
  66    shift->SetInput( scale->GetOutput( ) );
  67    shift->SetScale(1);
  68    shift->SetShift(RescalaIntercept);
  69    shift->SetOutputScalarTypeToShort();
  70    shift->Update();
  71
  72
  73    vtkImageThreshold *threshold = vtkImageThreshold::New();
  74    threshold->SetInput( shift->GetOutput( ) );
  75    threshold->ThresholdByUpper (-10000);
  76    threshold->ThresholdByLower (-1);
  77    threshold->SetInValue(0);
  78    threshold->ReplaceOutOff ();
  79    threshold->ReplaceInOn ();
  80    threshold->SetOutputScalarTypeToUnsignedShort();
  81
  82    vtkImageResample* ir = vtkImageResample::New( );
  83    ir->SetInput( threshold->GetOutput( ) );
  84    ir->SetDimensionality( 3 );
  85    double voxelSize= getParameters( )->getVoxelSize( );
  86    ir->SetAxisOutputSpacing( 0, voxelSize );
  87    ir->SetAxisOutputSpacing( 1, voxelSize );
  88    ir->SetAxisOutputSpacing( 2, voxelSize );
  89
  90
  91 //      ir->SetAxisMagnificationFactor(0,1/getParameters( )->getVoxelSize( ));
  92
  93 //EEDx1
  94    ir->InterpolateOn( );
  95 //   ir->InterpolateOff( );
  96
  97
  98    ir->Update( );    //important
  99    ir->GetOutput()->GetExtent( ext );
 100
 101   /**
 102    * Before we were using kgfoCrop which assume extent start at 0,0,0
 103    */
 104    vtkImageChangeInformation* change = vtkImageChangeInformation::New();
 105    change->SetInput( ir->GetOutput() );
 106    change->SetExtentTranslation( -ext[0], -ext[2], -ext[4] );
 107    change->SetOutputSpacing ( voxelSize , voxelSize , voxelSize );
 108    change->Update();    //important
 109
 110    _volume = new kVolume( change->GetOutput( ) );
 111
 112         _marimagedata->AddImageData( _volume->castVtk() );
 113         double spc[3];
 114         vol->castVtk()->GetSpacing(spc);
 115         _marimagedata->SetSpcOriginal( spc );
 116         _marimagedata->SetVoiOriginal(voi);
 117
 118
 119    crop         -> Delete();
 120    ir           -> Delete();
 121    change       -> Delete();
 122    shift        -> Delete();
 123    scale        -> Delete();
 124    threshold-> Delete();
 125  }
 126
 127
 128 // -------------------------------------------------------------------------
 129 void marDynData::reset( )
 130 {
 131   //Efface car _volume est juste un pointeur ver _volume de marGdcmDicom qui
 132   //est detruit par le reset correspondant
 133 // PS ->   #ifndef DXMM
 134 // PS ->   if( _volume ) delete _volume;
 135 // PS ->   #endif
 136   _volume = NULL;
 137 }
 138
 139 // -------------------------------------------------------------------------
 140 void marDynData::copyFrom( const marObject& from )
 141 {
 142   reset( );
 143   _volume = new kVolume( *( ( ( marDynData& )from )._volume ) );
 144 }
 145
 146 // -------------------------------------------------------------------------
 147 bool marDynData::save( std::ofstream& os )
 148 {
 149     void* data = _volume->getData1D( );
 150     uint32_t dims[ 3 ];
 151     ulong dSize = _volume->getRawSizeInBytes( );  // How many bytes for a 'ulong'? // JPR
 152     double sizes[ 3 ];
 153     kVolume::Type type = _volume->getType( );
 154
 155     dims[ 0 ] = _volume->getXdim( );
 156     dims[ 1 ] = _volume->getYdim( );
 157     dims[ 2 ] = _volume->getZdim( );
 158     sizes[ 0 ] = _volume->getXsize( );
 159     sizes[ 1 ] = _volume->getYsize( );
 160     sizes[ 2 ] = _volume->getZsize( );
 161
 162     os.write( ( const char* )dims, 3 * sizeof( uint32_t ) );
 163     os.write( ( const char* )sizes, 3 * sizeof( double ) );
 164     os.write( ( const char* )&type, sizeof( kVolume::Type ) );
 165     os.write( ( const char* )&dSize, sizeof( ulong ) );
 166     os.write( ( const char* )data, dSize );
 167
 168     return( true );
 169 }
 170
 171 // -------------------------------------------------------------------------
 172 bool marDynData::load( std::ifstream& is )
 173 {
 174     uint8_t* data;
 175     uint32_t dims[ 3 ];
 176     ulong dSize;
 177     double sizes[ 3 ];
 178     kVolume::Type type;
 179
 180     reset( );
 181
 182     is.read( ( char* )dims, 3 * sizeof( uint32_t ) );
 183     is.read( ( char* )sizes, 3 * sizeof( double ) );
 184     is.read( ( char* )&type, sizeof( kVolume::Type ) );
 185     is.read( ( char* )&dSize, sizeof( ulong ) );
 186     data = new uint8_t[ dSize ];
 187     is.read( ( char* )data, dSize );
 188
 189     _volume = new kVolume( type, dims, sizes, ( void* )data );
 190
 191     //cleaning
 192     delete[] data;
 193
 194     return( true );
 195 }
 196
 197 // ----------------------------------------------------------------------------------------------
 198 marImageData *marDynData::GetMarImageData()
 199 {
 200         return _marimagedata;
 201 }
 202 // ----------------------------------------------------------------------------------------------
 203
 204 // eof - dynData.cxx