lib/maracasVisuLib/src/kernel/marExperiment.h

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   wxMaracas
   4   Module:    $RCSfile: marExperiment.h,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2008/10/31 16:32:55 $
   7   Version:   $Revision: 1.1 $
   8
   9   Copyright: (c) 2002, 2003
  10   License:
  11
  12      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  13      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14      PURPOSE.  See the above copyright notice for more information.
  15
  16 =========================================================================*/
  17 #ifndef __MAR__KERNEL__EXPERIMENT__HXX__
  18 #define __MAR__KERNEL__EXPERIMENT__HXX__
  19
  20 #include <vector>
  21 #include "volume.hxx"
  22 #include "marAxis.h"
  23 #include "marDynData.h"
  24 #include "GestionBifurcations.h"
  25
  26 class MAR_KERNEL_EXPORT marExperiment : public marObject
  27 {
  28
  29 public:
  30
  31   marExperiment( marParameters* p = NULL );
  32   ~marExperiment( );
  33
  34   wxString& getDescription( ) { return( _description ); };
  35   void setDescription( wxString& d )    { _description = d; };
  36
  37   marDynData* getDynData( )     { return( _dynData ); };
  38
  39   void getVOI( int* voi ) { memcpy( voi, _voi, sizeof( int ) * 6 ); };
  40   void setVOI( int* voi ) { memcpy( _voi, voi, sizeof( int ) * 6 ); };
  41
  42   void initExperiment( kVolume* volume );
  43
  44   void setStartPoint( int* sp )
  45   {
  46     setStartPoint( sp[ 0 ], sp[ 1 ], sp[ 2 ] );
  47   }
  48
  49   void setStartPoint( int sx, int sy, int sz );
  50   void extractVascularTree( int sens = 1, double *vit=NULL, int cleanLevel=0 );
  51   void DeleteAxis ( unsigned int index );
  52
  53 //  marContour* generateContour( int slice, int x, int y, std::vector< double* >* points);
  54   vtkPolyData* generateContour( int slice, int x, int y, std::vector< double* >* points);
  55
  56   void applyChangeResolution( );
  57
  58   int getNumberOfAxes( )
  59   {
  60     return( _axes.size( ) - 1 );
  61   };
  62
  63   marAxis* getAxis( int i = -1 )
  64   {
  65     return( _axes[ i + 1 ] );
  66   };
  67
  68   void appendAxis( marAxis* ax )
  69   {
  70     _axes.push_back( ax );
  71     _axes[ 0 ] = ax;
  72   }
  73
  74   void setAxis( int i )
  75   {
  76     _axes[ 0 ] = _axes[ i + 1 ];
  77   }
  78
  79   int   getQuantStart( )  { return _axes[0]->getStartQuant( );};
  80   int   getQuantFinish( ) { return _axes[0]->getFinishQuant( );};
  81   void  backQuant( );
  82
  83   void prepareQuantification( );
  84
  85   marContour*           getContour( int i )                     { return(_axes[0]->getContour           ( i ,  _dynData->getVolume( )  ));      };
  86   vtkImageData*         getSliceImage( int i )          { return(_axes[0]->getSliceImage        ( i ,  _dynData->getVolume( )  ));      };
  87   vtkProbeFilter*       get3DSlice( int i )                     { return(_axes[0]->get3DSlice           ( i ,  _dynData->getVolume( )  ));      };
  88   vtkPoints*            get3Dcontour( int i )           { return(_axes[0]->get3Dcontour         ( i ,  _dynData->getVolume( )  ));      };
  89   vtkPolyData*          get2Dcontour( int i )           { return(_axes[0]->get2Dcontour         ( i ,  _dynData->getVolume( )  ));      };
  90   vtkPoints*            get2DDiameterMin( int i )       { return(_axes[0]->get2DDiameterMin     ( i ,  _dynData->getVolume( )  ));      };
  91   vtkPoints*            get2DDiameterMax( int i )       { return(_axes[0]->get2DDiameterMax     ( i ,  _dynData->getVolume( )  ));      };
  92   double                        getTotalLength()                        { return _axes[0]->getTotalLength() * _dynData->getActualVoxel() ;              };
  93   double                        getSubAxisLength()                      { return _axes[0]->getSubAxisLength() * _dynData->getActualVoxel();             };
  94   double                        getReferenceArea()                      { return _axes[0]->getReferenceArea( _dynData->getVolume( ));                   };
  95   double                        getReferenceAverDiam()          { return _axes[0]->getReferenceAverDiam( _dynData->getVolume( ));               };
  96
  97   double                        getAverageArea(int pIni, int pEnd) {return _axes[0]->getAverageArea(pIni,pEnd, _dynData->getVolume( ) );                };
  98   int                           getNumberOfSlices( )            { return _axes[0]->getNumberOfContours();                                                               };
  99
 100   void calculateAxesSignal( );
 101   void prepareContourImages( );
 102
 103   void ClearContours();
 104   void RegenerateAxis();
 105   void RegenerateSignal();
 106   void RecalculateAxis();
 107
 108   //General methods.
 109   void reset( );
 110   void copyFrom( const marObject& from );
 111
 112   //Persistence methods.
 113   bool save( std::ofstream& os );
 114   bool load( std::ifstream& is );
 115
 116 private:
 117
 118   wxString _description;
 119   marDynData* _dynData;
 120   int _voi[ 6 ];
 121   int _startPoint[ 3 ];
 122
 123   std::vector< marAxis* > _axes;
 124 };
 125
 126 #endif // __MAR__KERNEL__EXPERIMENT__HXX__