lib/src1/bruker2dicom.h

   1 /*
   2         # ---------------------------------------------------------------------
   3         #
   4         # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5         #                        pour la Santé)
   6         # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7         # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8         # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9         #
  10         #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11         #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12         #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13         #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14         #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15         #  or in the file LICENSE.txt.
  16         #
  17         #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18         #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19         #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20         #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21         #  liability.
  22         #
  23         #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24         #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25         # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27 #ifndef BRUKER2DICOM_H
  28 #define BRUKER2DICOM_H
  29
  30
  31 #include "gdcmFile.h"
  32 #include "gdcmFileHelper.h"
  33 #include "gdcmCommon.h"
  34 #include "gdcmDebug.h"
  35 #include "gdcmUtil.h"
  36 #include "gdcmDirList.h"
  37
  38 #include "gdcmArgMgr.h"
  39 #include "brukerSystem.h"
  40 #include "brukerdataset.h"
  41 #include "brukerkspaceobject.h"
  42 #include "brukerimage.h"
  43
  44 #include <iostream>
  45 #include <sstream>
  46
  47
  48
  49 class /*creaBruker_EXPORT*/ Bruker2Dicom {
  50
  51 public:
  52  /*! \brief Constructor
  53 */
  54   Bruker2Dicom () /* : verbose(0), mhd(0), dicom(0), day(O)*/ {};
  55 /*! \brief Destructor
  56 */
  57   ~Bruker2Dicom (){};
  58
  59   void SetInputDirectory (const std::string &i) { InputDirName   = i;}
  60   void SetOutputDirectory(const std::string &o) { OutputDirName  = o;}
  61   void SetConvertModeToDicom()                  { dicom = 1; mhd = 0;}
  62   void SetConvertModeToMhd()                    { dicom = 0; mhd = 1;}
  63   bool Execute();
  64
  65   /*
  66   // For debugging pupose only.
  67   //Don't need accessors : Attributes are 'public'
  68
  69   void SetVerbose(int v) { verbose = v;}
  70   void SetMhd(int m)     { mhd = m;    }
  71   void SetDicom(int d)   { dicom = d;  }
  72   */
  73
  74 private :
  75
  76 void MakeDicomImage(unsigned char *tabPixels,
  77               int X,
  78               int Y,
  79               int nbFrames,
  80               int pixelSize,
  81               double spacingX, double spacingY, double sliceDistance,
  82               std::string dcmImageName,
  83               const std::string &patientName,
  84               const char *day,
  85               std::string &studyUID,
  86               std::string &serieUID,
  87               std::string &studyDescr,
  88               std::string &serieDescr,
  89               std::string &strStudyTimeDate,
  90               int imgNum,
  91               GDCM_NAME_SPACE::ImageContentType contentType
  92       );
  93
  94 std::vector<BrukerImage> CreateImageSet ( int dimension);
  95
  96 void getImhDataType(BrukerFieldData &bDPT,
  97                     std::string &mhdDataPixelType,
  98                     int &pixelSize);
  99
 100 void cleanString(std::string &s);
 101
 102 bool CreateDirectory(std::string &dirNameout);
 103
 104 int CheckUserDirectory(std::string &userDirName);
 105 void DealWithMultiStudyDirectory(GDCM_NAME_SPACE::DirListType &fileNames,int dimension);
 106 void DealWithSingleStudyDirectory(GDCM_NAME_SPACE::DirListType &fileNames, int dimension);
 107 void DealWithNiveau1(std::string &level1Directory, std::string &currentOutputDirName, int dimension);
 108 void DealWithNiveau2(std::string &level2Directory, std::string &currentOutputDirName, int dimension);
 109 void DealWithNiveau3(std::string &level3Directory, std::string &currentOutputDirName, int dimension);
 110
 111 void dealWithCarto(GDCM_NAME_SPACE::DirListType &fileNames, int NX, int NY, int nbSlices,
 112                    double fovX, double fovY, double sliceDistance,
 113                    char *copyFile, std::string &currentOutputDirName,
 114                    char *outputMhdFileName, char *output2dseqCartoName);
 115 public:
 116
 117 // these ones are for debugging only
 118 // don't bbfy the accessors.
 119
 120    int verbose;
 121    const char *day;
 122
 123 private :
 124    std::string InputDirName;
 125    std::string OutputDirName;
 126
 127    bool subjectFound;
 128    bool acqpFound;
 129
 130    std::string subject_entry;
 131    std::string subject_position;
 132    std::string subject_date;
 133    std::string subject_study_name;
 134
 135    int mhd;
 136    int dicom;
 137
 138    int nbSlices;
 139    BrukerDataSet br_subject;
 140    BrukerDataSet br_acqp;
 141    BrukerDataSet br_method;
 142    BrukerDataSet br_d3proc;
 143    BrukerDataSet br_isa;
 144    BrukerDataSet br_reco;
 145
 146    std::vector<BrukerImage> imageSet;
 147
 148 // For DICOM images.
 149
 150    std::string strStudyUID;
 151    std::string strSerieUID;
 152    std::string strStudyDescr;
 153    std::string strSerieDescr;
 154    std::string strStudyTimeDate;
 155    std::string strPatientName;
 156    std::string subject_name; // cleaned strPatientName
 157
 158    int serieNumber;
 159    int instanceNumber;
 160 };
 161
 162 #endif