lib/src1/bruker2dicom2.h

   1 /*
   2         # ---------------------------------------------------------------------
   3         #
   4         # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5         #                        pour la Santé)
   6         # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7         # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8         # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9         #
  10         #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11         #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12         #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13         #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14         #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15         #  or in the file LICENSE.txt.
  16         #
  17         #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18         #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19         #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20         #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21         #  liability.
  22         #
  23         #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24         #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25         # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27 #ifndef BRUKER2DICOM2_H
  28 #define BRUKER2DICOM2_H
  29
  30 #include <gdcmReader.h>
  31 #include "gdcmDirectory.h"
  32 #include <vtkGDCMImageReader.h>
  33 #include <gdcmScanner.h>
  34
  35 #include "gdcmByteSwap.h"
  36 #include "gdcmSwapCode.h"
  37 #include "gdcmFilename.h"
  38 #include "gdcmDataSet.h"
  39
  40 #include "gdcmImageWriter.h"
  41 #include "gdcmImage.h"
  42 #include "gdcmWriter.h"
  43 #include "gdcmReader.h"
  44 #include "gdcmUIDGenerator.h"
  45 //
  46 //#include "gdcmFile.h"
  47 //#include "gdcmFileHelper.h"
  48 //#include "gdcmCommon.h"
  49 //#include "gdcmDebug.h"
  50 //#include "gdcmUtil.h"
  51 //#include "gdcmDirList.h"
  52 //
  53 //#include "gdcmArgMgr.h"
  54 #include "brukerSystem.h"
  55 #include "brukerdataset.h"
  56 #include "brukerkspaceobject.h"
  57 #include "brukerimage.h"
  58 #include <string>
  59 #include <iostream>
  60 #include <sstream>
  61
  62   // file separator
  63 #if defined(_WIN32)
  64 #define VALID_FILE_SEPARATOR "\\"
  65 #define INVALID_FILE_SEPARATOR "/"
  66 #else
  67 #define INVALID_FILE_SEPARATOR "\\"
  68 #define VALID_FILE_SEPARATOR "/"
  69 #endif
  70
  71 //class __declspec( dllexport ) Bruker2Dicom {
  72 class /*creaBruker_EXPORT*/  Bruker2Dicom
  73 {
  74
  75 public:
  76  /*! \brief Constructor
  77 */
  78   Bruker2Dicom () /* : verbose(0), mhd(0), dicom(0), day(O)*/ {};
  79 /*! \brief Destructor
  80 */
  81   ~Bruker2Dicom (){};
  82
  83   void SetInputDirectory (const std::string &i) { InputDirName   = i;}
  84   void SetOutputDirectory(const std::string &o) { OutputDirName  = o;}
  85   void SetConvertModeToDicom()                  { dicom = 1; mhd = 0;}
  86   void SetConvertModeToMhd()                    { dicom = 0; mhd = 1;}
  87   bool Execute();
  88
  89   /*
  90   // For debugging pupose only.
  91   //Don't need accessors : Attributes are 'public'
  92
  93   void SetVerbose(int v) { verbose = v;}
  94   void SetMhd(int m)     { mhd = m;    }
  95   void SetDicom(int d)   { dicom = d;  }
  96   */
  97
  98 private :
  99
 100 void MakeDicomImage(unsigned char *tabPixels,
 101               int X,
 102               int Y,
 103               int nbFrames,
 104               int pixelSize,
 105               double spacingX, double spacingY, double sliceDistance,
 106               std::string dcmImageName,
 107               const std::string &patientName,
 108               const char *day,
 109               std::string &studyUID,
 110               std::string &serieUID,
 111               std::string &studyDescr,
 112               std::string &serieDescr,
 113               std::string &strStudyTimeDate,
 114               int imgNum, int  imagecontenttype//gdcm2 dont have such things, I think, as ImageContentTYpe
 115       );
 116
 117 std::vector<BrukerImage> CreateImageSet ( );
 118
 119 void getImhDataType(BrukerFieldData &bDPT,
 120                     std::string &mhdDataPixelType,
 121                     int &pixelSize);
 122
 123 void cleanString(std::string &s);
 124
 125 bool CreateDirectory(const std::string &dirNameout);
 126
 127 int CheckUserDirectory(std::string &userDirName);
 128 void DealWithMultiStudyDirectory(gdcm::Directory::FilenamesType &fileNames, const std::string &currentOutputDirName);
 129 void DealWithSingleStudyDirectory (const std::string dirname,               const std::string currentOutputDirName) ;
 130
 131 void DealWithNiveau1(std::string level1Directory, std::string currentOutputDirName);
 132 void DealWithNiveau2(std::string level2Directory, std::string currentOutputDirName);
 133 void DealWithNiveau3(std::string &level3Directory, std::string &currentOutputDirName);
 134
 135 void dealWithCarto(gdcm::Directory::FilenamesType &fileNames, int NX, int NY, int nbSlices,
 136                    double fovX, double fovY, double sliceDistance,
 137                    char *copyFile, std::string &currentOutputDirName,
 138                    char *outputMhdFileName, char *output2dseqCartoName);
 139
 140 const std::string createDirectory(const std::string &i_name,const std::string &i_dir);
 141  std::string findFile(const std::string &i_dir, const std::string i_name);
 142 public:
 143
 144 // these ones are for debugging only
 145 // don't bbfy the accessors.
 146
 147    int verbose;
 148    const char *day;
 149
 150 private :
 151    std::string InputDirName;
 152    std::string OutputDirName;
 153
 154    bool subjectFound;
 155    bool acqpFound;
 156
 157    std::string subject_entry;
 158    std::string subject_position;
 159    std::string subject_date;
 160    std::string subject_study_name;
 161
 162    int mhd;
 163    int dicom;
 164
 165    int nbSlices;
 166    BrukerDataSet br_subject;
 167    BrukerDataSet br_acqp;
 168    BrukerDataSet br_method;
 169    BrukerDataSet br_d3proc;
 170    BrukerDataSet br_isa;
 171    BrukerDataSet br_reco;
 172
 173    std::vector<BrukerImage> imageSet;
 174
 175 // For DICOM images.
 176
 177    std::string strStudyUID;
 178    std::string strSerieUID;
 179    std::string strStudyDescr;
 180    std::string strSerieDescr;
 181    std::string strStudyTimeDate;
 182    std::string strPatientName;
 183    std::string subject_name; // cleaned strPatientName
 184
 185    int serieNumber;
 186    int instanceNumber;
 187 };
 188
 189 #endif