lib/src1/brukerdataset.h

   1 /*
   2         # ---------------------------------------------------------------------
   3         #
   4         # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5         #                        pour la Santé)
   6         # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7         # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8         # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9         #
  10         #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11         #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12         #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13         #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14         #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15         #  or in the file LICENSE.txt.
  16         #
  17         #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18         #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19         #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20         #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21         #  liability.
  22         #
  23         #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24         #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25         # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27 //
  28 // C++ Interface: brukerdataset
  29 //
  30 // Description:
  31 //
  32 //
  33 // Author:  <Denis Grenier>, (C) 2008
  34 //
  35 // Copyright: See COPYING file that comes with this distribution
  36 //
  37 //
  38 #ifndef BRUKERDATASET_H
  39 #define BRUKERDATASET_H
  40
  41 /*! \file brukerdataset.h
  42 */
  43 #include <cstdlib>
  44 #include <stdlib.h>
  45 #include <string>
  46 #include <iostream>
  47 #include <sstream>
  48 #include <stdio.h>
  49 #include <fstream>
  50 #include <map>
  51 #include <algorithm>
  52 #include "boost/regex.hpp"
  53
  54 #include "brukerSystem.h"
  55 #include "brukerFieldData.h"
  56 #include "brukerobjectvaryingproperties.h"
  57
  58     const boost::regex KeyWord("^##\\$?([^[:cntrl:]]+)=.*");
  59     const boost::regex UnsignedInteger("([0-9]+)");
  60     const boost::regex SignedInteger("(\\-?[0-9]+)");
  61     const boost::regex Float("([\\-\\+eE0-9\\.]+)");
  62     const boost::regex IntOrFloat("([\\-\\+eE0-9\\.]+)");
  63     const boost::regex Dimensionnality("=\\( ([^[:cntrl:]]+) \\)");
  64     const boost::regex BufferNValues("^##\\$?[^[:cntrl:]]+=\\( [^[:cntrl:]]+ \\)[[:space:]]*[[:cntrl:]]*([^[.dollar-sign.]]+).*");
  65     const boost::regex Buffer1Value("^##\\$?[^[:cntrl:]]+=(.*)");
  66     const boost::regex IntSeries("([\\-0-9]*[[:space:]]*[[:cntrl:]]*)+");
  67     const boost::regex FloatSeries("([\\-\\+eE0-9\\.]+[[:space:]]*[[:cntrl:]]*)+");
  68
  69
  70 /*! \class  BrukerDataSet
  71 \brief This class purpose is to extract information from a bruker experiment and setup the extracted information for an easy use
  72 */
  73
  74 class creaBruker_EXPORT BrukerDataSet{
  75 friend class BrukerKspaceObject;
  76     typedef std::map<std::string, BrukerFieldData> BrukMapType;
  77     //typedef BrukMapType::iterator iterator;
  78     //typedef BrukMapType::const_iterator const_iterator;
  79 public:
  80         BrukerDataSet();
  81         ~BrukerDataSet();
  82         bool LoadFile(std::string FileToRead);
  83         bool FillMap();
  84         void PrintKey(std::string &);
  85         void PrintSelf();
  86         bool                   Getkspace (std::string &);
  87         const BrukerFieldData& GetFieldData(std::string &);
  88         const BrukerFieldData& GetFieldData(const char *);
  89         bool                   SetLoopStructure ( int dimension);
  90         bool                   SetLoopStructureOld ( );
  91         bool                   SetLoopStructure (const std::vector<int >& theValue);
  92         std::vector<int >      GetLoopStructure ( ) const;
  93         bool                   SetBrukerObjectsLineList( );
  94         bool                   SetBrukerImageList ( );
  95
  96         std::vector<std::vector <int > >        GetBrukerObjectsLineList() const;
  97         std::vector<std::vector <int > >        GetBrukerImageList() const;
  98         std::map<std::string, BrukerFieldData > GetBrukerHeaderMap() const;
  99
 100         bool              SetInnerObjectLoopStructure (int dimension);
 101         std::vector<int > GetInnerObjectLoopStructure() const;
 102         bool              SetOuterObjectLoopStructure (int dimension);
 103         std::vector<int > GetOuterObjectLoopStructure() const;
 104         bool              SetImageLoopStructure ();
 105         std::vector<int > GetImageLoopStructure() const;
 106
 107         BrukerObjectVaryingProperties ObjectVaryingProperties;
 108 private:
 109
 110     std::string GetKeyword                (std::string &kw);
 111     std::string SearchBufferForText       (std::string &kw, const boost::regex& RegExp);
 112     bool        BoolMatchBufferForText    (std::string &kw, const boost::regex& RegExp);
 113     std::string MatchBufferForText        (std::string &kw, const boost::regex& RegExp);
 114     int         GetDimensionnality        (std::string &kw);
 115     int         GetIntValueOfDimN         (std::string &kw, int n);
 116     int         GetIntValueN              (std::string &kw, int n);
 117     std::string GetContentType            (std::string &kw);
 118     std::string GetValuesPart             (std::string &kw);
 119     double      GetDoubleValueN           (std::string &kw, int n);
 120     int         GetKeywordNumberOfElements(std::string &kw);
 121     std::string GetTextValueN             (std::string &kw, int n);
 122     bool        CheckExistKeyword         (std::string &kw);
 123     bool        CheckExistKeyword         (const char *kw);
 124     std::string RemoveNewlines(std::string);
 125     std::string RemoveSpaces(std::string);
 126
 127     //BrukMapType
 128
 129     std::map<std::string, BrukerFieldData> BrukerHeaderMap;
 130     std::string                     WholeHeader;
 131     std::vector<double>             WholeKspace;
 132     std::vector<int>                LoopStructure;
 133     std::vector<int>                InnerObjectLoopStructure;
 134     std::vector<int>                OuterObjectLoopStructure;
 135     std::vector<int>                ImageLoopStructure;
 136     std::vector <std::vector<int> > BrukerObjectsLineList;
 137     std::vector <std::vector<int> > BrukerImageList;
 138
 139 protected:
 140 };
 141
 142 #endif