lib/src1/brukerimage.h

   1 /*
   2         # ---------------------------------------------------------------------
   3         #
   4         # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5         #                        pour la Santé)
   6         # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7         # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8         # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9         #
  10         #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11         #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12         #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13         #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14         #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15         #  or in the file LICENSE.txt.
  16         #
  17         #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18         #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19         #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20         #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21         #  liability.
  22         #
  23         #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24         #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25         # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27
  28 //
  29 // C++ Interface: brukerimage
  30 //
  31 // Description:
  32 //
  33 //
  34 // Author: Denis Grenier, (C) 2009
  35 //
  36 // Copyright: See COPYING file that comes with this distribution
  37 //
  38 //
  39 #ifndef BRUKERIMAGE_H
  40 #define BRUKERIMAGE_H
  41
  42 #include "brukerdataset.h"
  43 #include "brukerSystem.h"
  44 /**
  45 This class centralizes the informations "needed" to exploit a bruker image file 2dseq
  46
  47         @author Denis Grenier
  48         @file brukerimage.h
  49 */
  50 class creaBruker_EXPORT BrukerImage{
  51 public:
  52    BrukerImage(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco);
  53    ~BrukerImage();
  54
  55    bool Init(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
  56
  57    int                  getAbsoluteTimePosition()   const;
  58    double               getRelativeTimePosition()   const;
  59    const std::vector <int>    &getFOVpixels()       const;
  60    const std::vector <double> &getFOVcm()           const;
  61    double               getSliceThickness()         const;
  62    double               getTE()                     const;
  63    double               getTR()                     const;
  64    double               getTI()                     const;
  65    double               getFlipAngle()              const;
  66    int                  getNA()                     const;
  67    int                  getNR()                     const;
  68    int                  getDS()                     const;
  69    int                  getNAE()                    const;
  70    int                  getACQ_phase_factor()       const;
  71    std::string          getWordType()               const;
  72    std::string          getImageType()              const;
  73    const std::string   &getDataEndianness()         const;
  74    size_t               getImageByteSize()          const;
  75    size_t               getBeginingOfImageInBytes() const;
  76
  77    const std::vector <int>    &getLoopStamp() const;
  78
  79    const std::vector<std::vector <double> >  &getRotationMatrixRPS2XYZ()    const;
  80    const std::vector <double>                &getTranslationVectorRPS2XYZ() const;
  81
  82
  83 protected:
  84
  85 private:
  86
  87 // on devrait plutot les nommer 'computeXXX' (setXXX est d'habitude reserve aux accesseurs 'publics')
  88
  89         bool setAbsoluteTimePosition    (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
  90         bool setRelativeTimePosition    (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
  91         bool setFOVpixels               (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
  92         bool setFOVcm                   (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
  93         bool setSliceThickness          (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
  94         bool setTE                      (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
  95         bool setTR                      (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
  96         bool setTI                      (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
  97         bool setFlipAngle               (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
  98         bool setLoopStamp               (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
  99         bool setNA                      (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
 100         bool setNR                      (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
 101         bool setNAE                     (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
 102         bool setDS                      (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
 103         bool setACQ_phase_factor        (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
 104         bool setRotationMatrixRPS2XYZ   (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
 105         bool setTranslationVectorRPS2XYZ(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
 106         bool setWordType                (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
 107         bool setImageType               (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
 108         bool setDataEndianness          (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
 109         bool setImageByteSize           (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
 110         bool setBeginingOfImageInBytes  (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue);
 111
 112         std::vector<int>    FOVpixels;
 113         std::vector<double> FOVcm;
 114         std::vector<int>    LoopStamp;
 115         double SliceThickness;
 116         double TE;
 117         double TR;
 118         double TI;
 119         double FlipAngle;
 120         double RelativeTimePosition;
 121         int NA;
 122         int NR;
 123         int NAE;
 124         int DS;
 125         int ACQ_phase_factor;
 126         std::vector<std::vector<double> >  RotationMatrixRPS2XYZ;
 127         std::vector<double>                TranslationVectorRPS2XYZ;
 128         int  AbsoluteTimePosition;
 129         std::string WordType;
 130         std::string ImageType;
 131         std::string DataEndianness;
 132         size_t ImageByteSize;
 133         size_t BeginingOfImageInBytes;
 134
 135 };
 136
 137 #endif