packages/demo/bbs/appli/SaveAsMhd.bbs

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   2 description "Reads and image file /  stack of image files, writes it as a MHD file"
   3 author "jpr@creatis.insa-lyon.fr"
   4 category "tool, read/write"
   5
   6 load vtk
   7 //include wxvtk
   8 load std
   9 load itk
  10 include vtk
  11 include wx
  12 load itkvtk
  13
  14 new LayoutLine  main
  15
  16 # Use new box (choose the way you want to select images)
  17 # -----------------------------------------------------
  18 load creaImageIO
  19 new ImagesReader chooser
  20
  21 # Concatenate all the supposed-to-be consistent 2D images into a single vtkImageData
  22 # WARNING : File names alphabetical order is suposed to be meaningful ...
  23
  24 new ConcatImages reader
  25    connect chooser.Out reader.In
  26
  27 // Normally (?) the following lines {== BEGIN == / ==END ==}
  28 // are now useless; let here as a reminder/example
  29 // Don't remove them . JPRx
  30
  31 // ==== BEGIN ======================================================
  32
  33 /*
  34 # Dummy way to get only the first image from the chooser
  35 # ------------------------------------------------------
  36 load creaImageIO
  37 new ImagesReader chooser
  38
  39 new GetVectorVtkImageDataElement reader
  40    set reader.I 0
  41    connect chooser.Out reader.In
  42 */
  43
  44 # Here loads 'hola.mhd'
  45 # ---------------------
  46
  47 # Don't forget to comment out the following 2 lines
  48 # If you want to check someting else.
  49
  50 /*
  51 include vtk/boxes/bbLoadHola
  52 new LoadHola reader
  53 */
  54
  55 # uncomment next lines to have a file selector
  56 # --------------------------------------------
  57 /*
  58 new FileSelector openFileDialog
  59 new ImageReader reader
  60   connect openFileDialog.Out reader.In
  61 */
  62
  63 # uncomment next lines to use a vtkgdcmReader
  64 # -------------------------------------
  65 /*
  66 new FileSelector openFileDialog
  67 new GetInfoGdcmReader reader
  68   connect openFileDialog.Out reader.In
  69 */
  70
  71 # uncomment next lines to use Gimmick
  72 # -----------------------------------
  73 /*
  74 load creaImageIO
  75 new Gimmick reader
  76 */
  77
  78 # uncomment next lines to Read a MHD file (and nothing else !)
  79 # ------------------------------------------------------------
  80 /*
  81 new FileSelector openFileDialog
  82  set openFileDialog.Wildcard  "(*.mhd)|*.mhd"
  83 new MetaImageReader reader
  84    connect openFileDialog.Out reader.In
  85 */
  86
  87 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
  88 # (only if file name order is meaningfull)
  89 # -------------------------------------------------------
  90 /*
  91 // To choose the directory
  92 new DirectorySelector ds
  93 // To get the image names into a vector
  94 new FilesFromDirectory fd
  95 // To read all the files, as a bbitk::ImagePointer
  96 new ImageSeriesReader reader
  97 // user choosen directory as input
  98 connect ds.Out fd.In
  99 set fd.Recursive false
 100 // list of files as input
 101 #print "Files found in $ds.Out$\n
 102 connect fd.Out reader.FileNames
 103 */
 104
 105 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
 106 # (if the directory contains a 'XCoherent" Serie)
 107 # -------------------------------------------------------
 108 /*
 109 // To choose the directory
 110 new DirectorySelector ds
 111 // To get the image names into a vector
 112 new FilesFromDirectory fd
 113 // user choosen directory as input
 114 connect ds.Out fd.In
 115 // order the files, computes an accurate ZSpacing
 116 new GetXCoherentInfoGdcmReader reader
 117 connect fd.Out reader.In
 118 */
 119
 120 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
 121 # (with DICOMDirReader)
 122 # -------------------------------------------------------
 123 /*
 124 include itk/boxes/bbDICOMDirReader
 125 // To choose the directory
 126 new DirectorySelector ds
 127 new DICOMDirReader reader
 128    connect ds.Out reader.In
 129 */
 130
 131 // ==== END ======================================================
 132
 133
 134
 135 new CommandButton cb1
 136    connect cb1.Widget main.Widget1
 137    set cb1.Label "1) Select File"
 138    set cb1.WinDialog true
 139
 140 connect cb1.BoxChange reader.BoxExecute
 141
 142 new CommandButton cb
 143    connect cb.Widget main.Widget2
 144    set cb.Label "2) Write (no '.mhd' extention needed!"
 145    set cb.WinDialog true
 146
 147 # Choose where you want to write
 148 # ------------------------------
 149 new FileSelector fileDialog
 150   set fileDialog.OpenSave Save
 151   set fileDialog.Wildcard "*.mhd"
 152
 153 new  MakeFileName mfn
 154    connect fileDialog.Out mfn.File
 155    set mfn.Extent ".mhd"
 156
 157 # Write!
 158 # ------
 159
 160 new MetaImageWriter writer
 161   connect reader.Out writer.In
 162   connect mfn.Out writer.Filename
 163   connect cb.BoxChange writer.BoxExecute
 164
 165 exec main
 166