packages/demo/bbs/appli/SaveAsMhd.bbs

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   2 description "Reads and image file /  stack of image files, writes it as a MHD file"
   3 author "jpr@creatis.insa-lyon.fr"
   4 category "tool, read/write"
   5
   6 load vtk
   7 include wxvtk
   8 load std
   9 load itk
  10 include vtk
  11 include wx
  12 load itkvtk
  13
  14 new LayoutLine  main
  15
  16 # Use new box (choose the way you want to select images)
  17 # -----------------------------------------------------
  18 load creaImageIO
  19 new ImagesChooserDialogBox chooser
  20
  21 # Concatenate all the supposed-to-be consistent 2D images into a single vtkImageData
  22 # WARNING : File names alphabetical order is suposed to be meaningful ...
  23
  24 new ConcatImages reader
  25    connect chooser.Out reader.In
  26
  27
  28
  29
  30 // Normally (?) the following lines {== BEGIN == / ==END ==}
  31 // are now useless; let here as a reminder/example
  32 // Don't remove them. JPRx
  33
  34 // ==== BEGIN ======================================================
  35
  36 /*
  37 # Dummy way to get only the first image from the chooser
  38 # ------------------------------------------------------
  39 load creaImageIO
  40 new ImagesChooserDialogBox chooser
  41
  42 new GetVectorVtkImageDataElement reader
  43    set reader.I 0
  44    connect chooser.Out reader.In
  45 */
  46
  47 # Here loads 'hola.mhd'
  48 # ---------------------
  49
  50 # Don't forget to comment out the following 2 lines
  51 # If you want to check someting else.
  52
  53 /*
  54 include vtk/boxes/bbLoadHola
  55 new LoadHola reader
  56 */
  57
  58 # uncomment next lines to have a file selector
  59 # --------------------------------------------
  60 /*
  61 new FileSelector openFileDialog
  62 new ImageReader reader
  63   connect openFileDialog.Out reader.In
  64 */
  65
  66 # uncomment next lines to use a vtkgdcmReader
  67 # -------------------------------------
  68 /*
  69 new FileSelector openFileDialog
  70 new GetInfoGdcmReader reader
  71   connect openFileDialog.Out reader.In
  72 */
  73
  74 # uncomment next lines to use Gimmick
  75 # -----------------------------------
  76 /*
  77 load creaImageIO
  78 new Gimmick reader
  79 */
  80
  81 # uncomment next lines to Read a MHD file (and nothing else !)
  82 # ------------------------------------------------------------
  83 /*
  84 new FileSelector openFileDialog
  85  set openFileDialog.Wildcard  "(*.mhd)|*.mhd"
  86 new MetaImageReader reader
  87    connect openFileDialog.Out reader.In
  88 */
  89
  90 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
  91 # (only if file name order is meaningfull)
  92 # -------------------------------------------------------
  93 /*
  94 // To choose the directory
  95 new DirectorySelector ds
  96 // To get the image names into a vector
  97 new FilesFromDirectory fd
  98 // To read all the files, as a bbitk::ImagePointer
  99 new ImageSeriesReader reader
 100 // user choosen directory as input
 101 connect ds.Out fd.In
 102 set fd.Recursive false
 103 // list of files as input
 104 #print "Files found in $ds.Out$\n
 105 connect fd.Out reader.FileNames
 106 */
 107
 108 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
 109 # (if the directory contains a 'XCoherent" Serie)
 110 # -------------------------------------------------------
 111 /*
 112 // To choose the directory
 113 new DirectorySelector ds
 114 // To get the image names into a vector
 115 new FilesFromDirectory fd
 116 // user choosen directory as input
 117 connect ds.Out fd.In
 118 // order the files, computes an accurate ZSpacing
 119 new GetXCoherentInfoGdcmReader reader
 120 connect fd.Out reader.In
 121 */
 122
 123 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
 124 # (with DICOMDirReader)
 125 # -------------------------------------------------------
 126 /*
 127 include itk/boxes/bbDICOMDirReader
 128 // To choose the directory
 129 new DirectorySelector ds
 130 new DICOMDirReader reader
 131    connect ds.Out reader.In
 132 */
 133
 134 // ==== END ======================================================
 135
 136
 137
 138
 139 new CommandButton cb1
 140    set cb1.Label "1) Select File"
 141    set cb1.WinDialog true
 142    connect cb1.Widget main.Widget1
 143
 144 connect cb1.BoxChange reader.BoxExecute
 145
 146 new SimpleSlicer slc
 147    set slc.Orientation 2
 148    set slc.SliderReactiveOnTrack 1
 149    connect reader.Out slc.In
 150    // It doesn't work ?!?, needs to "exec slc" // JPR
 151    connect reader.BoxChange slc.BoxExecute
 152
 153 exec slc
 154
 155 new CommandButton cb
 156    connect cb.Widget main.Widget2
 157    set cb.Label "2) Write (no '.mhd' extention needed!"
 158    set cb.WinDialog true
 159
 160 new CommandButton next
 161    connect next.Widget main.Widget3
 162    set next.Label "Next !"
 163    set next.WinDialog true
 164    // It doesn't work : <<the black box "main" is still connected">>
 165    set next.In "delete main"
 166
 167 # Choose where you want to write
 168 # ------------------------------
 169 new FileSelector fileDialog
 170   set fileDialog.OpenSave Save
 171   set fileDialog.Wildcard "*.mhd"
 172
 173 new  MakeFileName mfn
 174    connect fileDialog.Out mfn.File
 175    set mfn.Extent ".mhd"
 176
 177 # Write!
 178 # ------
 179
 180 new MetaImageWriter writer
 181   connect reader.Out writer.In
 182   connect mfn.Out writer.Filename
 183   connect cb.BoxChange writer.BoxExecute
 184
 185 exec main
 186