packages/demo/bbs/appli/demoFiltering1.bbs

   1
   2 description "Basic segmentation and filtering of an image"
   3 author "jpr@creatis.insa-lyon.fr"
   4 category "demo"
   5
   6 // 3 Slices, 2 volumes
   7
   8 include std
   9 include vtk
  10 include wx
  11 include itk
  12 include itkvtk
  13 include wxvtk
  14
  15 //
  16 // Get the image and determine Slice number, slider size, ...
  17 // ----------------------------------------------------------
  18
  19 # Here loads hola.mhd
  20 # -------------------
  21 include vtk/boxes/bbLoadHola
  22 new LoadHola reader
  23
  24 # uncomment next lines to have a file selector
  25 # --------------------------------------------
  26 /*
  27 new FileSelector openFileDialog
  28 new ImageReader reader
  29   connect openFileDialog.Out reader.In
  30 */
  31
  32 # uncomment next lines to use Gimmick
  33 # -----------------------------------
  34 /*
  35 load creaImageIO
  36 new Gimmick reader
  37 */
  38
  39 # uncomment next lines to Read a MHD file (and nothing else !)
  40 # ------------------------------------------------------------
  41 /*
  42 new FileSelector openFileDialog
  43 new MetaImageReader reader
  44    connect openFileDialog.Out reader.In
  45 */
  46
  47 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
  48 # (only if file name order is meaningfull)
  49 # -------------------------------------------------------
  50 /*
  51 // To choose the directory
  52 new DirectorySelector ds
  53 // To get the image names into a vector
  54 new FilesFromDirectory fd
  55 // To read all the files, as a bbitk::ImagePointer
  56 new ImageSeriesReader reader
  57 // user choosen directory as input
  58 connect ds.Out fd.In
  59 set fd.Recursive false
  60 // list of files as input
  61 #print "Files found in $ds.Out$\n
  62 connect fd.Out reader.FileNames
  63 */
  64
  65 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
  66 # (if the directory contains a 'XCoherent" Serie)
  67 # -------------------------------------------------------
  68 /*
  69 // To choose the directory
  70 new DirectorySelector ds
  71 // To get the image names into a vector
  72 new FilesFromDirectory fd
  73 // user choosen directory as input
  74 connect ds.Out fd.In
  75 // order the files, computes an accurate ZSpacing
  76 new GetXCoherentInfoGdcmReader reader
  77 connect fd.Out reader.In
  78 */
  79
  80 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
  81 # (with DICOMDirReader)
  82 # -------------------------------------------------------
  83 /*
  84 include itk/boxes/bbDICOMDirReader
  85 // To choose the directory
  86 new DirectorySelector ds
  87 new DICOMDirReader reader
  88    connect ds.Out reader.In
  89 */
  90
  91 // We need that to set Sliders sizes
  92
  93 #Get image dimensions, ...
  94 new ImageProperties mc
  95    connect reader.Out mc.In
  96
  97 #Get number of planes  (Z)
  98 new GetVectorIntElement gveZ
  99    connect mc.Size gveZ.In
 100    set gveZ.I 2
 101
 102 #Compute the number of the 'middle' slice on Z axis
 103 new Div div2
 104   connect   gveZ.Out div2.In1
 105   set div2.In2 2
 106
 107 //
 108 // Graphical organization
 109 // ----------------------
 110
 111 new LayoutSplit mainSplit
 112   set mainSplit.Proportion 60
 113   set mainSplit.WinHeight  1000
 114   set mainSplit.WinWidth   1400
 115   set mainSplit.WinTitle "Processing / Viewing example (demoFiltering1.bbs) "
 116
 117    new LayoutSplit splitUp
 118      set splitUp.Proportion 38
 119      connect splitUp.Widget  mainSplit.Widget1
 120
 121       new LayoutLine toolLayout
 122         set toolLayout.Orientation H
 123         connect toolLayout.Widget splitUp.Widget1
 124
 125            new LayoutLine sliderLayout
 126               set sliderLayout.Orientation V
 127               connect sliderLayout.Widget toolLayout.Widget1
 128
 129                  new Slider sliceSlider
 130                     set sliceSlider.Title "Slice"
 131                     set sliceSlider.ReactiveOnTrack true
 132                     connect sliceSlider.Widget sliderLayout.Widget1
 133
 134                  new Slider lowerThresholdSlider
 135                     set lowerThresholdSlider.Title "LowerThreshold"
 136                     set lowerThresholdSlider.Max        200
 137                     set lowerThresholdSlider.In         10
 138                     set lowerThresholdSlider.ChangeResolution 1
 139                     connect lowerThresholdSlider.Widget sliderLayout.Widget2
 140
 141                  new Slider upperThresholdSlider
 142                     set upperThresholdSlider.Title "UpperThreshold"
 143                     set upperThresholdSlider.Max        500
 144                     set upperThresholdSlider.In         150
 145                     set upperThresholdSlider.ChangeResolution 1
 146                     connect upperThresholdSlider.Widget sliderLayout.Widget3
 147
 148                  new Slider smoothSlider
 149                     set smoothSlider.Title "Smooth"
 150                     set smoothSlider.Max        10
 151                     set smoothSlider.In         3
 152                     set smoothSlider.ChangeResolution 1
 153                     connect  smoothSlider.Widget sliderLayout.Widget4
 154
 155            new LayoutLine buttonLayout
 156               set buttonLayout.Orientation H
 157               connect buttonLayout.Widget toolLayout.Widget2
 158
 159               new ColourSelectorButton colourThreshold
 160                  set colourThreshold.In "1 0 0"
 161                  connect colourThreshold.Widget buttonLayout.Widget1
 162
 163               new ColourSelectorButton colourSmooth
 164                  set colourSmooth.In "1 1 0"
 165                  connect colourSmooth.Widget buttonLayout.Widget2
 166
 167
 168 /*
 169               new CommandButton refresh
 170                  set refresh.Label "Refresh (to be used once at start time)"
 171                  connect refresh.Widget buttonLayout.Widget3
 172 */
 173       new LayoutLine layout2D
 174          set layout2D.Orientation H
 175          connect layout2D.Widget splitUp.Widget2
 176
 177          new Viewer2D viewer2DImageOriginal
 178             connect viewer2DImageOriginal.Widget layout2D.Widget1
 179
 180          new Viewer2D viewer2DImageSegmented
 181             connect viewer2DImageSegmented.Widget layout2D.Widget2
 182
 183          new Viewer2D viewer2DImageSmooth
 184             connect viewer2DImageSmooth.Widget layout2D.Widget3
 185
 186    new LayoutSplit layout3D
 187      set layout3D.Orientation H
 188      set layout3D.Proportion 90
 189      connect layout3D.Widget  mainSplit.Widget2
 190
 191         new LayoutSplit layoutSurfaces
 192            set layoutSurfaces.Orientation H
 193            set layoutSurfaces.Proportion 50
 194            connect layoutSurfaces.Widget layout3D.Widget1
 195
 196            new Viewer3D  viewer3DSurfaceThreshold
 197            connect viewer3DSurfaceThreshold.Widget layoutSurfaces.Widget1
 198
 199            new Viewer3D  viewer3DSurfaceSmooth
 200            connect viewer3DSurfaceSmooth.Widget layoutSurfaces.Widget2
 201
 202         new LayoutLine vSliderLayout
 203            connect vSliderLayout.Widget layout3D.Widget2
 204
 205            new Slider lowerOpacitySlider
 206               set lowerOpacitySlider.Title "Opacity"
 207               set lowerOpacitySlider.Min        1
 208               set lowerOpacitySlider.Max        100
 209               set lowerOpacitySlider.In         50
 210               set lowerOpacitySlider.Orientation V
 211               connect lowerOpacitySlider.Widget vSliderLayout.Widget1
 212
 213 /*
 214            new Slider upperOpacitySlider
 215               set upperOpacitySlider.Title "UpperOpacity"
 216               set upperOpacitySlider.Max        100
 217               set upperOpacitySlider.In         100
 218               set upperOpacitySlider.Orientation V
 219               connect upperOpacitySlider.Widget vSliderLayout.Widget2
 220 */
 221
 222 //
 223 // End of Graphical organization
 224 // -----------------------------
 225
 226 //
 227 // Processing pipeline
 228 // -------------------
 229
 230   connect reader.Out                    viewer2DImageOriginal.In
 231   connect sliceSlider.Out               viewer2DImageOriginal.Slice
 232
 233   #Slider size is the number of planes
 234   connect gveZ.Out     sliceSlider.Max
 235   #initial slice is the middle one
 236   connect div2.Out sliceSlider.In
 237   set sliceSlider.ChangeResolution 1
 238
 239 // Images 2D
 240
 241  new BinaryThresholdImageFilter threshold
 242   set threshold.InsideValue 255
 243   set threshold.OutsideValue 0
 244
 245   connect upperThresholdSlider.Out threshold.UpperThreshold
 246   connect lowerThresholdSlider.Out threshold.LowerThreshold
 247   connect reader.Out threshold.In
 248
 249   connect threshold.Out                 viewer2DImageSegmented.In
 250   connect sliceSlider.Out               viewer2DImageSegmented.Slice
 251
 252 new ImageGaussianSmooth smooth
 253   connect threshold.Out smooth.In
 254   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevX
 255   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevY
 256   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevZ
 257
 258   connect smooth.Out            viewer2DImageSmooth.In
 259   connect sliceSlider.Out       viewer2DImageSmooth.Slice
 260
 261
 262 // Planes
 263 new ImagePlanes planes
 264   connect reader.Out planes.In
 265   connect planes.PlaneX viewer3DSurfaceSmooth.Obs1
 266   connect planes.PlaneY viewer3DSurfaceSmooth.Obs2
 267   connect planes.PlaneZ viewer3DSurfaceSmooth.Obs3
 268
 269 // Surfaces 3D
 270
 271 new IsoSurfaceExtractor  isoextractorThreshold
 272   connect threshold.Out isoextractorThreshold.In
 273   set isoextractorThreshold.Opacity 1
 274   set isoextractorThreshold.Isovalue 100
 275   connect colourThreshold.Out isoextractorThreshold.Colour
 276   connect isoextractorThreshold.Out  viewer3DSurfaceThreshold.In1
 277
 278 new Div div3
 279    connect lowerOpacitySlider.Out div3.In1
 280    set div3.In2 100
 281
 282 new IsoSurfaceExtractor  isoextractorSmooth
 283   connect smooth.Out isoextractorSmooth.In
 284   connect div3.Out isoextractorSmooth.Opacity
 285   set isoextractorSmooth.Isovalue 200
 286   connect colourSmooth.Out isoextractorSmooth.Colour
 287   connect isoextractorSmooth.Out  viewer3DSurfaceSmooth.In2
 288
 289 // Refresh issues
 290
 291 new MultipleInputs multInForImageOriginal
 292   connect sliceSlider.BoxChange multInForImageOriginal.In1
 293 #  connect refresh.BoxChange     multInForImageOriginal.In2
 294
 295
 296  new MultipleInputs multInForImageSegmented
 297   connect lowerThresholdSlider.BoxChange multInForImageSegmented.In1
 298   connect upperThresholdSlider.BoxChange multInForImageSegmented.In2
 299 #  connect refresh.BoxChange              multInForImageSegmented.In3
 300   connect sliceSlider.BoxChange  multInForImageSegmented.In4
 301
 302  new MultipleInputs multInForImageSmooth
 303   connect lowerThresholdSlider.BoxChange multInForImageSmooth.In1
 304   connect upperThresholdSlider.BoxChange multInForImageSmooth.In2
 305   connect smoothSlider.BoxChange         multInForImageSmooth.In3
 306 #  connect refresh.BoxChange              multInForImageSmooth.In4
 307   connect sliceSlider.BoxChange multInForImageSmooth.In5
 308
 309  new MultipleInputs multInForSurfaceThreshold
 310 #  connect refresh.BoxChange multInForSurfaceThreshold.In1
 311   connect colourThreshold.BoxChange multInForSurfaceThreshold.In2
 312   connect lowerThresholdSlider.BoxChange multInForSurfaceThreshold.In3
 313   connect upperThresholdSlider.BoxChange multInForSurfaceThreshold.In4
 314
 315  new MultipleInputs multInForSurfaceSmooth
 316 #  connect refresh.BoxChange multInForSurfaceSmooth.In1
 317   connect lowerOpacitySlider.BoxChange multInForSurfaceSmooth.In1
 318   connect colourSmooth.BoxChange multInForSurfaceSmooth.In2
 319   connect lowerThresholdSlider.BoxChange multInForSurfaceSmooth.In3
 320   connect upperThresholdSlider.BoxChange multInForSurfaceSmooth.In4
 321   connect smoothSlider.BoxChange         multInForSurfaceSmooth.In5
 322
 323   connect multInForImageOriginal.BoxChange     viewer2DImageOriginal.BoxExecute
 324   connect multInForImageSegmented.BoxChange    viewer2DImageSegmented.BoxExecute
 325   connect multInForImageSmooth.BoxChange       viewer2DImageSmooth.BoxExecute
 326
 327   connect multInForSurfaceThreshold.BoxChange  viewer3DSurfaceThreshold.BoxExecute
 328   connect multInForSurfaceSmooth.BoxChange     viewer3DSurfaceSmooth.BoxExecute
 329
 330
 331
 332   exec mainSplit