packages/demo/bbs/appli/demoFiltering1.bbs

   1
   2 description "Basic segmentation and filtering of an image : demoFiltering1-try.bbs"
   3 author "jpr@creatis.insa-lyon.fr"
   4 category "demo"
   5
   6 // 3 Slices, 2 volumes
   7
   8 include std
   9 include vtk
  10 include wx
  11 include itk
  12 include itkvtk
  13 include wxvtk
  14
  15 //
  16 // Get the image and determine Slice number, slider size, ...
  17 // ----------------------------------------------------------
  18
  19 # Here loads hola.mhd
  20 include vtk/boxes/bbLoadHola
  21 new LoadHola reader
  22 # uncomment next lines to have a file selector
  23 #new FileSelector openFileDialog
  24 #new ImageReader reader
  25 #  connect openFileDialog.Out reader.In
  26
  27 #Get image dimensions, ...
  28 new ImageProperties mc
  29    connect reader.Out mc.In
  30
  31 #Get number of planes  (Z)
  32 new GetVectorIntElement gveZ
  33    connect mc.Size gveZ.In
  34    set gveZ.I 2
  35
  36 #Compute the number of the 'middle' slice on Z axis
  37 new Div div2
  38   connect   gveZ.Out div2.In1
  39   set div2.In2 2
  40
  41 //
  42 // Graphical organization
  43 // ----------------------
  44
  45 new LayoutSplit mainSplit
  46   set mainSplit.Proportion 60
  47   set mainSplit.WinHeight  1000
  48   set mainSplit.WinWidth   1400
  49   set mainSplit.WinTitle "Processing / Viewing example (demoFiltering1.bbs) "
  50
  51
  52    new LayoutSplit splitUp
  53      set splitUp.Proportion 38
  54      connect splitUp.Widget  mainSplit.Widget1
  55
  56       new LayoutLine toolLayout
  57         set toolLayout.Orientation H
  58         connect toolLayout.Widget splitUp.Widget1
  59
  60            new LayoutLine sliderLayout
  61               set sliderLayout.Orientation V
  62               connect sliderLayout.Widget toolLayout.Widget1
  63
  64                  new Slider sliceSlider
  65                     set sliceSlider.Title "Slice"
  66                     set sliceSlider.ReactiveOnTrack true
  67                     connect sliceSlider.Widget sliderLayout.Widget1
  68
  69                  new Slider lowerThresholdSlider
  70                     set lowerThresholdSlider.Title "LowerThreshold"
  71                     set lowerThresholdSlider.Max        200
  72                     set lowerThresholdSlider.In         10
  73                     set lowerThresholdSlider.ChangeResolution 1
  74                     connect lowerThresholdSlider.Widget sliderLayout.Widget2
  75
  76                  new Slider upperThresholdSlider
  77                     set upperThresholdSlider.Title "UpperThreshold"
  78                     set upperThresholdSlider.Max        500
  79                     set upperThresholdSlider.In         150
  80                     set upperThresholdSlider.ChangeResolution 1
  81                     connect upperThresholdSlider.Widget sliderLayout.Widget3
  82
  83                  new Slider smoothSlider
  84                     set smoothSlider.Title "Smooth"
  85                     set smoothSlider.Max        10
  86                     set smoothSlider.In         3
  87                     set smoothSlider.ChangeResolution 1
  88                     connect  smoothSlider.Widget sliderLayout.Widget4
  89
  90            new LayoutLine buttonLayout
  91               set buttonLayout.Orientation H
  92               connect buttonLayout.Widget toolLayout.Widget2
  93
  94               new ColourSelectorButton colourThreshold
  95                  set colourThreshold.In "1 0 0"
  96                  connect colourThreshold.Widget buttonLayout.Widget1
  97
  98               new ColourSelectorButton colourSmooth
  99                  set colourSmooth.In "1 1 0"
 100                  connect colourSmooth.Widget buttonLayout.Widget2
 101
 102
 103 /*
 104               new CommandButton refresh
 105                  set refresh.Label "Refresh (to be used once at start time)"
 106                  connect refresh.Widget buttonLayout.Widget3
 107 */
 108       new LayoutLine layout2D
 109          set layout2D.Orientation H
 110          connect layout2D.Widget splitUp.Widget2
 111
 112          new Viewer2D viewer2DImageOriginal
 113             connect viewer2DImageOriginal.Widget layout2D.Widget1
 114
 115          new Viewer2D viewer2DImageSegmented
 116             connect viewer2DImageSegmented.Widget layout2D.Widget2
 117
 118          new Viewer2D viewer2DImageSmooth
 119             connect viewer2DImageSmooth.Widget layout2D.Widget3
 120
 121    new LayoutSplit layout3D
 122      set layout3D.Orientation H
 123      set layout3D.Proportion 90
 124      connect layout3D.Widget  mainSplit.Widget2
 125
 126         new LayoutSplit layoutSurfaces
 127            set layoutSurfaces.Orientation H
 128            set layoutSurfaces.Proportion 50
 129            connect layoutSurfaces.Widget layout3D.Widget1
 130
 131            new Viewer3D  viewer3DSurfaceThreshold
 132            connect viewer3DSurfaceThreshold.Widget layoutSurfaces.Widget1
 133
 134            new Viewer3D  viewer3DSurfaceSmooth
 135            connect viewer3DSurfaceSmooth.Widget layoutSurfaces.Widget2
 136
 137         new LayoutLine vSliderLayout
 138            connect vSliderLayout.Widget layout3D.Widget2
 139
 140            new Slider lowerOpacitySlider
 141               set lowerOpacitySlider.Title "Opacity"
 142               set lowerOpacitySlider.Min        1
 143               set lowerOpacitySlider.Max        100
 144               set lowerOpacitySlider.In         50
 145               set lowerOpacitySlider.Orientation V
 146               connect lowerOpacitySlider.Widget vSliderLayout.Widget1
 147
 148 /*
 149            new Slider upperOpacitySlider
 150               set upperOpacitySlider.Title "UpperOpacity"
 151               set upperOpacitySlider.Max        100
 152               set upperOpacitySlider.In         100
 153               set upperOpacitySlider.Orientation V
 154               connect upperOpacitySlider.Widget vSliderLayout.Widget2
 155 */
 156
 157 //
 158 // End of Graphical organization
 159 // -----------------------------
 160
 161 //
 162 // Processing pipeline
 163 // -------------------
 164
 165   connect reader.Out                    viewer2DImageOriginal.In
 166   connect sliceSlider.Out               viewer2DImageOriginal.Slice
 167
 168   #Slider size is the number of planes
 169   connect gveZ.Out     sliceSlider.Max
 170   #initial slice is the middle one
 171   connect div2.Out sliceSlider.In
 172   set sliceSlider.ChangeResolution 1
 173
 174 // Images 2D
 175
 176  new BinaryThresholdImageFilter threshold
 177   set threshold.InsideValue 255
 178   set threshold.OutsideValue 0
 179
 180   connect upperThresholdSlider.Out threshold.UpperThreshold
 181   connect lowerThresholdSlider.Out threshold.LowerThreshold
 182   connect reader.Out threshold.In
 183
 184   connect threshold.Out                 viewer2DImageSegmented.In
 185   connect sliceSlider.Out               viewer2DImageSegmented.Slice
 186
 187 new ImageGaussianSmooth smooth
 188   connect threshold.Out smooth.In
 189   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevX
 190   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevY
 191   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevZ
 192
 193   connect smooth.Out            viewer2DImageSmooth.In
 194   connect sliceSlider.Out       viewer2DImageSmooth.Slice
 195
 196
 197 // Planes
 198 new ImagePlanes planes
 199   connect reader.Out planes.In
 200   connect planes.PlaneX viewer3DSurfaceSmooth.Obs1
 201   connect planes.PlaneY viewer3DSurfaceSmooth.Obs2
 202   connect planes.PlaneZ viewer3DSurfaceSmooth.Obs3
 203
 204 // Surfaces 3D
 205
 206 new IsoSurfaceExtractor  isoextractorThreshold
 207   connect threshold.Out isoextractorThreshold.In
 208   set isoextractorThreshold.Opacity 1
 209   set isoextractorThreshold.Isovalue 100
 210   connect colourThreshold.Out isoextractorThreshold.Colour
 211   connect isoextractorThreshold.Out  viewer3DSurfaceThreshold.In1
 212
 213 new Div div3
 214    connect lowerOpacitySlider.Out div3.In1
 215    set div3.In2 100
 216
 217 new IsoSurfaceExtractor  isoextractorSmooth
 218   connect smooth.Out isoextractorSmooth.In
 219   connect div3.Out isoextractorSmooth.Opacity
 220   set isoextractorSmooth.Isovalue 200
 221   connect colourSmooth.Out isoextractorSmooth.Colour
 222   connect isoextractorSmooth.Out  viewer3DSurfaceSmooth.In2
 223
 224 // Refresh issues
 225
 226  new MultipleInputs multInForImageOriginal
 227   connect sliceSlider.BoxChange multInForImageOriginal.In1
 228 #  connect refresh.BoxChange     multInForImageOriginal.In2
 229
 230
 231  new MultipleInputs multInForImageSegmented
 232   connect lowerThresholdSlider.BoxChange multInForImageSegmented.In1
 233   connect upperThresholdSlider.BoxChange multInForImageSegmented.In2
 234 #  connect refresh.BoxChange              multInForImageSegmented.In3
 235   connect sliceSlider.BoxChange  multInForImageSegmented.In4
 236
 237  new MultipleInputs multInForImageSmooth
 238   connect lowerThresholdSlider.BoxChange multInForImageSmooth.In1
 239   connect upperThresholdSlider.BoxChange multInForImageSmooth.In2
 240   connect smoothSlider.BoxChange         multInForImageSmooth.In3
 241 #  connect refresh.BoxChange              multInForImageSmooth.In4
 242   connect sliceSlider.BoxChange multInForImageSmooth.In5
 243
 244  new MultipleInputs multInForSurfaceThreshold
 245 #  connect refresh.BoxChange multInForSurfaceThreshold.In1
 246   connect colourThreshold.BoxChange multInForSurfaceThreshold.In2
 247   connect lowerThresholdSlider.BoxChange multInForSurfaceThreshold.In3
 248   connect upperThresholdSlider.BoxChange multInForSurfaceThreshold.In4
 249
 250  new MultipleInputs multInForSurfaceSmooth
 251 #  connect refresh.BoxChange multInForSurfaceSmooth.In1
 252   connect lowerOpacitySlider.BoxChange multInForSurfaceSmooth.In1
 253   connect colourSmooth.BoxChange multInForSurfaceSmooth.In2
 254   connect lowerThresholdSlider.BoxChange multInForSurfaceSmooth.In3
 255   connect upperThresholdSlider.BoxChange multInForSurfaceSmooth.In4
 256   connect smoothSlider.BoxChange         multInForSurfaceSmooth.In5
 257
 258   connect multInForImageOriginal.BoxChange     viewer2DImageOriginal.BoxExecute
 259   connect multInForImageSegmented.BoxChange    viewer2DImageSegmented.BoxExecute
 260   connect multInForImageSmooth.BoxChange       viewer2DImageSmooth.BoxExecute
 261
 262   connect multInForSurfaceThreshold.BoxChange  viewer3DSurfaceThreshold.BoxExecute
 263   connect multInForSurfaceSmooth.BoxChange     viewer3DSurfaceSmooth.BoxExecute
 264
 265
 266
 267   exec mainSplit