packages/demo/bbs/appli/demoFiltering1.bbs

   1
   2 description "Basic segmentation and filtering of an image"
   3 author "jpr@creatis.insa-lyon.fr"
   4 category "demo, filter"
   5
   6 // 3 Slices, 2 volumes
   7
   8 include std
   9 include vtk
  10 include wx
  11 include itk
  12 include itkvtk
  13 include wxvtk
  14
  15 //
  16 // Get the image and determine Slice number, slider size, ...
  17 // ----------------------------------------------------------
  18
  19 # Here loads hola.mhd
  20 # -------------------
  21 # Don't forget to comment out the following 2 lines
  22 # If you want to check someting else.
  23
  24 include vtk/boxes/bbLoadHola
  25 new LoadHola reader
  26
  27 # uncomment next lines to have a file selector
  28 # --------------------------------------------
  29 /*
  30 new FileSelector openFileDialog
  31 new ImageReader reader
  32   connect openFileDialog.Out reader.In
  33 */
  34
  35 # uncomment next lines to use Gimmick
  36 # -----------------------------------
  37 /*
  38 load creaImageIO
  39 new Gimmick reader
  40 */
  41
  42 # uncomment next lines to Read a MHD file (and nothing else !)
  43 # ------------------------------------------------------------
  44 /*
  45 new FileSelector openFileDialog
  46 new MetaImageReader reader
  47    connect openFileDialog.Out reader.In
  48 */
  49
  50 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
  51 # (only if file name order is meaningfull)
  52 # -------------------------------------------------------
  53 /*
  54 // To choose the directory
  55 new DirectorySelector ds
  56 // To get the image names into a vector
  57 new FilesFromDirectory fd
  58 // To read all the files, as a bbitk::ImagePointer
  59 new ImageSeriesReader reader
  60 // user choosen directory as input
  61 connect ds.Out fd.In
  62 set fd.Recursive false
  63 // list of files as input
  64 #print "Files found in $ds.Out$\n
  65 connect fd.Out reader.FileNames
  66 */
  67
  68 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
  69 # (if the directory contains a 'XCoherent" Serie)
  70 # -------------------------------------------------------
  71 /*
  72 // To choose the directory
  73 new DirectorySelector ds
  74 // To get the image names into a vector
  75 new FilesFromDirectory fd
  76 // user choosen directory as input
  77 connect ds.Out fd.In
  78 // order the files, computes an accurate ZSpacing
  79 new GetXCoherentInfoGdcmReader reader
  80 connect fd.Out reader.In
  81 */
  82
  83 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
  84 # (with DICOMDirReader)
  85 # -------------------------------------------------------
  86 /*
  87 include itk/boxes/bbDICOMDirReader
  88 // To choose the directory
  89 new DirectorySelector ds
  90 new DICOMDirReader reader
  91    connect ds.Out reader.In
  92 */
  93
  94 // We need that to set Sliders sizes
  95
  96 #Get image dimensions, ...
  97 new ImageProperties mc
  98    connect reader.Out mc.In
  99
 100 #Get number of planes  (Z)
 101 new GetVectorIntElement gveZ
 102    connect mc.Size gveZ.In
 103    set gveZ.I 2
 104
 105 #Compute the number of the 'middle' slice on Z axis
 106 new Div div2
 107   connect   gveZ.Out div2.In1
 108   set div2.In2 2
 109
 110 //
 111 // Graphical organization
 112 // ----------------------
 113
 114 new LayoutSplit mainSplit
 115   set mainSplit.Proportion 60
 116   set mainSplit.WinHeight  1000
 117   set mainSplit.WinWidth   1400
 118   set mainSplit.WinTitle "Processing / Viewing example (demoFiltering1.bbs) "
 119
 120    new LayoutSplit splitUp
 121      set splitUp.Proportion 38
 122      connect splitUp.Widget  mainSplit.Widget1
 123
 124       new LayoutLine toolLayout
 125         set toolLayout.Orientation H
 126         connect toolLayout.Widget splitUp.Widget1
 127
 128            new LayoutLine sliderLayout
 129               set sliderLayout.Orientation V
 130               connect sliderLayout.Widget toolLayout.Widget1
 131
 132                  new Slider sliceSlider
 133                     set sliceSlider.Title "Slice"
 134                     set sliceSlider.ReactiveOnTrack true
 135                     connect sliceSlider.Widget sliderLayout.Widget1
 136
 137                  new Slider lowerThresholdSlider
 138                     set lowerThresholdSlider.Title "LowerThreshold"
 139                     set lowerThresholdSlider.Max        200
 140                     set lowerThresholdSlider.In         10
 141                     set lowerThresholdSlider.ChangeResolution 1
 142                     connect lowerThresholdSlider.Widget sliderLayout.Widget2
 143
 144                  new Slider upperThresholdSlider
 145                     set upperThresholdSlider.Title "UpperThreshold"
 146                     set upperThresholdSlider.Max        500
 147                     set upperThresholdSlider.In         150
 148                     set upperThresholdSlider.ChangeResolution 1
 149                     connect upperThresholdSlider.Widget sliderLayout.Widget3
 150
 151                  new Slider smoothSlider
 152                     set smoothSlider.Title "Smooth"
 153                     set smoothSlider.Max        10
 154                     set smoothSlider.In         3
 155                     set smoothSlider.ChangeResolution 1
 156                     connect  smoothSlider.Widget sliderLayout.Widget4
 157
 158            new LayoutLine buttonLayout
 159               set buttonLayout.Orientation H
 160               connect buttonLayout.Widget toolLayout.Widget2
 161
 162               new ColourSelectorButton colourThreshold
 163                  set colourThreshold.In "1 0 0"
 164                  connect colourThreshold.Widget buttonLayout.Widget1
 165
 166               new ColourSelectorButton colourSmooth
 167                  set colourSmooth.In "1 1 0"
 168                  connect colourSmooth.Widget buttonLayout.Widget2
 169
 170
 171 /*
 172               new CommandButton refresh
 173                  set refresh.Label "Refresh (to be used once at start time)"
 174                  connect refresh.Widget buttonLayout.Widget3
 175 */
 176       new LayoutLine layout2D
 177          set layout2D.Orientation H
 178          connect layout2D.Widget splitUp.Widget2
 179
 180          new Viewer2D viewer2DImageOriginal
 181             connect viewer2DImageOriginal.Widget layout2D.Widget1
 182
 183          new Viewer2D viewer2DImageSegmented
 184             connect viewer2DImageSegmented.Widget layout2D.Widget2
 185
 186          new Viewer2D viewer2DImageSmooth
 187             connect viewer2DImageSmooth.Widget layout2D.Widget3
 188
 189    new LayoutSplit layout3D
 190      set layout3D.Orientation H
 191      set layout3D.Proportion 90
 192      connect layout3D.Widget  mainSplit.Widget2
 193
 194         new LayoutSplit layoutSurfaces
 195            set layoutSurfaces.Orientation H
 196            set layoutSurfaces.Proportion 50
 197            connect layoutSurfaces.Widget layout3D.Widget1
 198
 199            new Viewer3D  viewer3DSurfaceThreshold
 200            connect viewer3DSurfaceThreshold.Widget layoutSurfaces.Widget1
 201
 202            new Viewer3D  viewer3DSurfaceSmooth
 203            connect viewer3DSurfaceSmooth.Widget layoutSurfaces.Widget2
 204
 205         new LayoutLine vSliderLayout
 206            connect vSliderLayout.Widget layout3D.Widget2
 207
 208            new Slider lowerOpacitySlider
 209               set lowerOpacitySlider.Title "Opacity"
 210               set lowerOpacitySlider.Min        1
 211               set lowerOpacitySlider.Max        100
 212               set lowerOpacitySlider.In         50
 213               set lowerOpacitySlider.Orientation V
 214               connect lowerOpacitySlider.Widget vSliderLayout.Widget1
 215
 216 /*
 217            new Slider upperOpacitySlider
 218               set upperOpacitySlider.Title "UpperOpacity"
 219               set upperOpacitySlider.Max        100
 220               set upperOpacitySlider.In         100
 221               set upperOpacitySlider.Orientation V
 222               connect upperOpacitySlider.Widget vSliderLayout.Widget2
 223 */
 224
 225 //
 226 // End of Graphical organization
 227 // -----------------------------
 228
 229 //
 230 // Processing pipeline
 231 // -------------------
 232
 233   connect reader.Out                    viewer2DImageOriginal.In
 234   connect sliceSlider.Out               viewer2DImageOriginal.Slice
 235
 236   #Slider size is the number of planes
 237   connect gveZ.Out     sliceSlider.Max
 238   #initial slice is the middle one
 239   connect div2.Out sliceSlider.In
 240   set sliceSlider.ChangeResolution 1
 241
 242 // Images 2D
 243
 244  new BinaryThresholdImageFilter threshold
 245   set threshold.InsideValue 255
 246   set threshold.OutsideValue 0
 247
 248   connect upperThresholdSlider.Out threshold.UpperThreshold
 249   connect lowerThresholdSlider.Out threshold.LowerThreshold
 250   connect reader.Out threshold.In
 251
 252   connect threshold.Out                 viewer2DImageSegmented.In
 253   connect sliceSlider.Out               viewer2DImageSegmented.Slice
 254
 255 new ImageGaussianSmooth smooth
 256   connect threshold.Out smooth.In
 257   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevX
 258   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevY
 259   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevZ
 260
 261   connect smooth.Out            viewer2DImageSmooth.In
 262   connect sliceSlider.Out       viewer2DImageSmooth.Slice
 263
 264
 265 // Planes
 266 new ImagePlanes planes
 267   connect reader.Out planes.In
 268   connect planes.PlaneX viewer3DSurfaceSmooth.Obs1
 269   connect planes.PlaneY viewer3DSurfaceSmooth.Obs2
 270   connect planes.PlaneZ viewer3DSurfaceSmooth.Obs3
 271
 272 // Surfaces 3D
 273
 274 new IsoSurfaceExtractor  isoextractorThreshold
 275   connect threshold.Out isoextractorThreshold.In
 276   set isoextractorThreshold.Opacity 1
 277   set isoextractorThreshold.Isovalue 100
 278   connect colourThreshold.Out isoextractorThreshold.Colour
 279   connect isoextractorThreshold.Out  viewer3DSurfaceThreshold.In1
 280
 281 new Div div3
 282    connect lowerOpacitySlider.Out div3.In1
 283    set div3.In2 100
 284
 285 new IsoSurfaceExtractor  isoextractorSmooth
 286   connect smooth.Out isoextractorSmooth.In
 287   connect div3.Out isoextractorSmooth.Opacity
 288   set isoextractorSmooth.Isovalue 200
 289   connect colourSmooth.Out isoextractorSmooth.Colour
 290   connect isoextractorSmooth.Out  viewer3DSurfaceSmooth.In2
 291
 292 // Refresh issues
 293
 294 new MultipleInputs multInForImageOriginal
 295   connect sliceSlider.BoxChange multInForImageOriginal.In1
 296 #  connect refresh.BoxChange     multInForImageOriginal.In2
 297
 298
 299  new MultipleInputs multInForImageSegmented
 300   connect lowerThresholdSlider.BoxChange multInForImageSegmented.In1
 301   connect upperThresholdSlider.BoxChange multInForImageSegmented.In2
 302 #  connect refresh.BoxChange              multInForImageSegmented.In3
 303   connect sliceSlider.BoxChange  multInForImageSegmented.In4
 304
 305  new MultipleInputs multInForImageSmooth
 306   connect lowerThresholdSlider.BoxChange multInForImageSmooth.In1
 307   connect upperThresholdSlider.BoxChange multInForImageSmooth.In2
 308   connect smoothSlider.BoxChange         multInForImageSmooth.In3
 309 #  connect refresh.BoxChange              multInForImageSmooth.In4
 310   connect sliceSlider.BoxChange multInForImageSmooth.In5
 311
 312  new MultipleInputs multInForSurfaceThreshold
 313 #  connect refresh.BoxChange multInForSurfaceThreshold.In1
 314   connect colourThreshold.BoxChange multInForSurfaceThreshold.In2
 315   connect lowerThresholdSlider.BoxChange multInForSurfaceThreshold.In3
 316   connect upperThresholdSlider.BoxChange multInForSurfaceThreshold.In4
 317
 318  new MultipleInputs multInForSurfaceSmooth
 319 #  connect refresh.BoxChange multInForSurfaceSmooth.In1
 320   connect lowerOpacitySlider.BoxChange multInForSurfaceSmooth.In1
 321   connect colourSmooth.BoxChange multInForSurfaceSmooth.In2
 322   connect lowerThresholdSlider.BoxChange multInForSurfaceSmooth.In3
 323   connect upperThresholdSlider.BoxChange multInForSurfaceSmooth.In4
 324   connect smoothSlider.BoxChange         multInForSurfaceSmooth.In5
 325
 326   connect multInForImageOriginal.BoxChange     viewer2DImageOriginal.BoxExecute
 327   connect multInForImageSegmented.BoxChange    viewer2DImageSegmented.BoxExecute
 328   connect multInForImageSmooth.BoxChange       viewer2DImageSmooth.BoxExecute
 329
 330   connect multInForSurfaceThreshold.BoxChange  viewer3DSurfaceThreshold.BoxExecute
 331   connect multInForSurfaceSmooth.BoxChange     viewer3DSurfaceSmooth.BoxExecute
 332
 333
 334
 335   exec mainSplit