packages/demo/bbs/appli/demoFiltering1.bbs

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   2 description "Basic segmentation and filtering of an image : demoFiltering1-try.bbs"
   3 author "jpr@creatis.insa-lyon.fr"
   4 category "demo"
   5
   6 // 3 Slices, 2 volumes
   7
   8 include std
   9 include vtk
  10 include wx
  11 include itk
  12 include itkvtk
  13 include wxvtk
  14
  15 //
  16 // Get the image and determine Slice number, slider size, ...
  17 // ----------------------------------------------------------
  18
  19 # Here loads hola.mhd
  20 include vtk/boxes/bbLoadHola
  21 new LoadHola reader
  22 # uncomment next lines to have a file selector
  23 #new FileSelector openFileDialog
  24 #new ImageReader reader
  25 #  connect openFileDialog.Out reader.In
  26
  27 #Get image dimensions, ...
  28 new ImageProperties mc
  29    connect reader.Out mc.In
  30
  31 #Get number of planes  (Z)
  32 new GetVectorIntElement gveZ
  33    connect mc.Size gveZ.In
  34    set gveZ.I 2
  35
  36 #Compute the number of the 'middle' slice on Z axis
  37 new Div div2
  38   connect   gveZ.Out div2.In1
  39   set div2.In2 2
  40
  41 //
  42 // Graphical organization
  43 // ----------------------
  44
  45 new LayoutSplit mainSplit
  46   set mainSplit.Proportion 50
  47   set mainSplit.WinHeight  1000
  48   set mainSplit.WinWidth   1400
  49   set mainSplit.WinTitle "Processing / Viewing example (demoFiltering1.bbs) "
  50
  51
  52    new LayoutSplit splitUp
  53      set splitUp.Proportion 38
  54      connect splitUp.Widget  mainSplit.Widget1
  55
  56       new LayoutLine toolLayout
  57         set toolLayout.Orientation H
  58         connect toolLayout.Widget splitUp.Widget1
  59
  60            new LayoutLine sliderLayout
  61               set sliderLayout.Orientation V
  62               connect sliderLayout.Widget toolLayout.Widget1
  63
  64                  new Slider sliceSlider
  65                     set sliceSlider.Title "Slice"
  66                     connect sliceSlider.Widget sliderLayout.Widget1
  67
  68                  new Slider lowerThresholdSlider
  69                     set lowerThresholdSlider.Title "LowerThreshold"
  70                     set lowerThresholdSlider.Max        50
  71                     set lowerThresholdSlider.In         20
  72                     set lowerThresholdSlider.ChangeResolution 1
  73                     connect lowerThresholdSlider.Widget sliderLayout.Widget2
  74
  75                  new Slider upperThresholdSlider
  76                     set upperThresholdSlider.Title "UpperThreshold"
  77                     set upperThresholdSlider.Max        500
  78                     set upperThresholdSlider.In         500
  79                     set upperThresholdSlider.ChangeResolution 1
  80                     connect upperThresholdSlider.Widget sliderLayout.Widget3
  81
  82                  new Slider smoothSlider
  83                     set smoothSlider.Title "Smooth"
  84                     set smoothSlider.Max        10
  85                     set smoothSlider.In         1
  86                     set smoothSlider.ChangeResolution 1
  87                     connect  smoothSlider.Widget sliderLayout.Widget4
  88
  89            new LayoutLine buttonLayout
  90               set buttonLayout.Orientation V
  91               connect buttonLayout.Widget toolLayout.Widget2
  92
  93               new ColourSelectorButton colourSmooth
  94                  set colourSmooth.In "1 1 0"
  95                  connect colourSmooth.Widget buttonLayout.Widget1
  96
  97               new ColourSelectorButton colourThreshold
  98                  set colourThreshold.In "1 0 0"
  99                  connect colourThreshold.Widget buttonLayout.Widget2
 100
 101               new CommandButton refresh
 102                  set refresh.Label "Refresh (to be used once at start time)"
 103                  connect refresh.Widget buttonLayout.Widget3
 104
 105       new LayoutLine layout2D
 106          set layout2D.Orientation H
 107          connect layout2D.Widget splitUp.Widget2
 108
 109          new Viewer2D viewer2DImageOriginal
 110             connect viewer2DImageOriginal.Widget layout2D.Widget1
 111
 112          new Viewer2D viewer2DImageSegmented
 113             connect viewer2DImageSegmented.Widget layout2D.Widget2
 114
 115          new Viewer2D viewer2DImageSmooth
 116             connect viewer2DImageSmooth.Widget layout2D.Widget3
 117
 118    new LayoutSplit layout3D
 119      set layout3D.Orientation H
 120      set layout3D.Proportion 90
 121      connect layout3D.Widget  mainSplit.Widget2
 122
 123         new LayoutSplit layoutSurfaces
 124            set layoutSurfaces.Orientation H
 125            set layoutSurfaces.Proportion 50
 126            connect layoutSurfaces.Widget layout3D.Widget1
 127
 128            new Viewer3D  viewer3DSurfaceThreshold
 129            connect viewer3DSurfaceThreshold.Widget layoutSurfaces.Widget1
 130
 131            new Viewer3D  viewer3DSurfaceSmooth
 132            connect viewer3DSurfaceSmooth.Widget layoutSurfaces.Widget2
 133
 134         new LayoutLine vSliderLayout
 135            connect vSliderLayout.Widget layout3D.Widget2
 136
 137            new Slider lowerOpacitySlider
 138               set lowerOpacitySlider.Title "Opacity"
 139               set lowerOpacitySlider.Min        1
 140               set lowerOpacitySlider.Max        100
 141               set lowerOpacitySlider.In         20
 142               set lowerOpacitySlider.Orientation V
 143               connect lowerOpacitySlider.Widget vSliderLayout.Widget1
 144
 145 /*
 146            new Slider upperOpacitySlider
 147               set upperOpacitySlider.Title "UpperOpacity"
 148               set upperOpacitySlider.Max        100
 149               set upperOpacitySlider.In         100
 150               set upperOpacitySlider.Orientation V
 151               connect upperOpacitySlider.Widget vSliderLayout.Widget2
 152 */
 153
 154 //
 155 // End of Graphical organization
 156 // -----------------------------
 157
 158 //
 159 // Processing pipeline
 160 // -------------------
 161
 162   connect reader.Out                    viewer2DImageOriginal.In
 163   connect sliceSlider.Out               viewer2DImageOriginal.Slice
 164
 165   #Slider size is the number of planes
 166   connect gveZ.Out     sliceSlider.Max
 167   #initial slice is the middle one
 168   connect div2.Out sliceSlider.In
 169   set sliceSlider.ChangeResolution 1
 170
 171 // Images 2D
 172
 173  new BinaryThresholdImageFilter threshold
 174   set threshold.InsideValue 255
 175   set threshold.OutsideValue 0
 176
 177   connect upperThresholdSlider.Out threshold.UpperThreshold
 178   connect lowerThresholdSlider.Out threshold.LowerThreshold
 179   connect reader.Out threshold.In
 180
 181   connect threshold.Out                 viewer2DImageSegmented.In
 182   connect sliceSlider.Out               viewer2DImageSegmented.Slice
 183
 184 new ImageGaussianSmooth smooth
 185   connect threshold.Out smooth.In
 186   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevX
 187   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevY
 188   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevZ
 189
 190   connect smooth.Out            viewer2DImageSmooth.In
 191   connect sliceSlider.Out       viewer2DImageSmooth.Slice
 192
 193
 194 // Surfaces 3D
 195
 196 new IsoSurfaceExtractor  isoextractorThreshold
 197   connect threshold.Out isoextractorThreshold.In
 198   set isoextractorThreshold.Opacity 1
 199   set isoextractorThreshold.Isovalue 100
 200   connect colourThreshold.Out isoextractorThreshold.Colour
 201   connect isoextractorThreshold.Out  viewer3DSurfaceThreshold.In1
 202
 203 new Div div3
 204    connect lowerOpacitySlider.Out div3.In1
 205    set div3.In2 100
 206
 207 new IsoSurfaceExtractor  isoextractorSmooth
 208   connect smooth.Out isoextractorSmooth.In
 209   connect div3.Out isoextractorSmooth.Opacity
 210   set isoextractorSmooth.Isovalue 200
 211   connect colourSmooth.Out isoextractorSmooth.Colour
 212   connect isoextractorSmooth.Out  viewer3DSurfaceSmooth.In2
 213
 214 // Refresh issues
 215
 216  new MultipleInputs multInForImageOriginal
 217   connect sliceSlider.BoxChange multInForImageOriginal.In1
 218   connect refresh.BoxChange     multInForImageOriginal.In2
 219
 220  new MultipleInputs multInForImageSegmented
 221   connect lowerThresholdSlider.BoxChange multInForImageSegmented.In1
 222   connect upperThresholdSlider.BoxChange multInForImageSegmented.In2
 223   connect refresh.BoxChange              multInForImageSegmented.In3
 224
 225  new MultipleInputs multInForImageSmooth
 226   connect lowerThresholdSlider.BoxChange multInForImageSmooth.In1
 227   connect upperThresholdSlider.BoxChange multInForImageSmooth.In2
 228   connect smoothSlider.BoxChange         multInForImageSmooth.In3
 229   connect lowerOpacitySlider.BoxChange   multInForImageSmooth.In4
 230   connect refresh.BoxChange              multInForImageSmooth.In5
 231
 232  new MultipleInputs multInForSurfaceThreshold
 233   connect refresh.BoxChange multInForSurfaceThreshold.In1
 234   connect colourThreshold.BoxChange multInForSurfaceThreshold.In2
 235
 236  new MultipleInputs multInForSurfaceSmooth
 237   connect refresh.BoxChange multInForSurfaceSmooth.In1
 238   connect colourSmooth.BoxChange multInForSurfaceSmooth.In2
 239
 240   connect multInForImageOriginal.BoxChange     viewer2DImageOriginal.BoxExecute
 241   connect multInForImageSegmented.BoxChange    viewer2DImageSegmented.BoxExecute
 242   connect multInForImageSmooth.BoxChange       viewer2DImageSmooth.BoxExecute
 243
 244   connect multInForSurfaceThreshold.BoxChange  viewer3DSurfaceThreshold.BoxExecute
 245   connect multInForSurfaceSmooth.BoxChange     viewer3DSurfaceSmooth.BoxExecute
 246
 247
 248
 249   exec mainSplit