packages/demo/bbs/appli/demoFiltering1.bbs

   1 description "Basic segmentation and filtering of an image"
   2 author "jpr@creatis.insa-lyon.fr"
   3 category "demo"
   4
   5 // 3 Slices, 2 volumes
   6
   7 include std
   8 include vtk
   9 include wx
  10 include itk
  11 include itkvtk
  12 include wxvtk
  13
  14 # Here loads hola.mhd
  15 include vtk/boxes/bbLoadHola
  16 new LoadHola reader
  17 # uncomment next lines to have a file selector
  18 #new FileSelector openFileDialog
  19 #new ImageReader reader
  20 #  connect openFileDialog.Out reader.In
  21
  22 #Get image dimensions, ...
  23 new ImageProperties mc
  24    connect reader.Out mc.In
  25
  26 #Get number of planes  (Z)
  27 new GetVectorIntElement gveZ
  28    connect mc.Size gveZ.In
  29    set gveZ.I 2
  30
  31 #Compute the number of the 'middle' slice on Z axis
  32 new Div div2
  33   connect   gveZ.Out div2.In1
  34   set div2.In2 2
  35
  36 #---------------------------------------------------------------------
  37
  38 new Slider sliceSider
  39   set sliceSider.Title "Slice"
  40
  41   #Slider size is the number of planes
  42   connect gveZ.Out     sliceSider.Max
  43   #initial slice is the middle one
  44   connect div2.Out sliceSider.In
  45   set sliceSider.ChangeResolution 1
  46
  47 new Slider lowerThresholdSlider
  48   set lowerThresholdSlider.Title "LowerThreshold"
  49   set lowerThresholdSlider.Max  50
  50   set lowerThresholdSlider.In   20
  51   set lowerThresholdSlider.ChangeResolution 1
  52
  53 new Slider lowerOpacitySlider
  54   set lowerOpacitySlider.Title "LowerOpacity"
  55   set lowerOpacitySlider.Max    100
  56   set lowerOpacitySlider.In     20
  57   set lowerOpacitySlider.Orientation V
  58
  59 new Slider upperThresholdSlider
  60   set upperThresholdSlider.Title "UpperThreshold"
  61   set upperThresholdSlider.Max  50
  62   set upperThresholdSlider.In   500
  63   set upperThresholdSlider.ChangeResolution 1
  64
  65 new Slider upperOpacitySlider
  66   set upperOpacitySlider.Title "UpperOpacity"
  67   set upperOpacitySlider.Max    100
  68   set upperOpacitySlider.In     100
  69   set upperOpacitySlider.Orientation V
  70
  71 new Slider smoothSlider
  72   set smoothSlider.Title "Smooth"
  73   set smoothSlider.Max  10
  74   set smoothSlider.In   1
  75   set smoothSlider.ChangeResolution 1
  76
  77 new CommandButton refresh
  78    set refresh.Label "Refresh"
  79    set refresh.In "exec isoextractorthreshold;exec isoextractorsmooth;exec viewer2DImageSegmented; exec viewer2DImageSmooth; exec viewer2DImageOriginal; exec mainSplit"
  80
  81 new MultipleInputs refreshimages
  82   connect sliceSider.BoxChange           refreshimages.In1
  83   connect upperThresholdSlider.BoxChange refreshimages.In2
  84   connect lowerThresholdSlider.BoxChange refreshimages.In3
  85   connect smoothSlider.BoxChange         refreshimages.In4
  86
  87 #---------------------------------------------------------------------
  88
  89 new Viewer2D viewer2DImageOriginal
  90   connect reader.Out                    viewer2DImageOriginal.In
  91   connect sliceSider.Out                viewer2DImageOriginal.Slice
  92   connect sliceSider.BoxChange          viewer2DImageOriginal.BoxExecute
  93
  94 #---------------------------------------------------------------------
  95
  96 new BinaryThresholdImageFilter threshold
  97   connect upperThresholdSlider.Out threshold.UpperThreshold
  98   connect lowerThresholdSlider.Out threshold.LowerThreshold
  99   set threshold.InsideValue 255
 100   set threshold.OutsideValue 0
 101   connect reader.Out threshold.In
 102
 103 new Viewer2D viewer2DImageSegmented
 104   connect threshold.Out                 viewer2DImageSegmented.In
 105   connect sliceSider.Out                viewer2DImageSegmented.Slice
 106 //  connect sliceSider.BoxChange        viewer2DImageSegmented.BoxExecute
 107   connect refreshimages.Out             viewer2DImageSegmented.BoxExecute
 108
 109 #---------------------------------------------------------------------
 110
 111 new ImageGaussianSmooth smooth
 112   connect threshold.Out smooth.In
 113   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevX
 114   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevY
 115   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevZ
 116
 117
 118 new Viewer2D viewer2DImageSmooth
 119   connect smooth.Out                    viewer2DImageSmooth.In
 120   connect sliceSider.Out                        viewer2DImageSmooth.Slice
 121   connect sliceSider.BoxChange          viewer2DImageSmooth.BoxExecute
 122
 123
 124 #---------------------------------------------------------------------
 125
 126 new LayoutLine upLayout
 127   set upLayout.Orientation H
 128   connect viewer2DImageOriginal.Widget          upLayout.Widget1
 129   connect viewer2DImageSegmented.Widget         upLayout.Widget2
 130   connect viewer2DImageSmooth.Widget            upLayout.Widget3
 131
 132
 133 new ColourSelectorButton colourLower
 134    set colourLower.In "1 1 0"
 135
 136 new ColourSelectorButton colourUpper
 137    set colourUpper.In "1 0 0"
 138
 139 #---------------------------------------------------------------------
 140
 141 new Viewer3D  viewernvImagethreshold3D
 142 #  set viewernvImagethreshold3D.nTypeView "5"
 143
 144 new IsoSurfaceExtractor  isoextractorthreshold
 145   connect threshold.Out isoextractorthreshold.In
 146   set isoextractorthreshold.Opacity 1
 147   #set isoextractorthreshold.Isovalue 10
 148 set isoextractorthreshold.Isovalue 100
 149   connect colourUpper.Out isoextractorthreshold.Colour
 150   connect viewernvImagethreshold3D.Renderer     isoextractorthreshold.Renderer
 151
 152
 153 #---------------------------------------------------------------------
 154 new Viewer3D  viewernvImageSmooth3D
 155 #  set viewernvImageSmooth3D.nTypeView "5"
 156   //connect refreshimages.Out           viewernvImageSmooth3D.BoxExecute
 157
 158 new Div div3
 159    connect lowerOpacitySlider.Out div3.In1
 160    set div3.In2 100
 161
 162 new IsoSurfaceExtractor  isoextractorsmooth
 163   connect smooth.Out isoextractorsmooth.In
 164   connect div3.Out isoextractorsmooth.Opacity
 165   set isoextractorsmooth.Isovalue 200
 166   connect colourLower.Out isoextractorsmooth.Colour
 167   connect viewernvImageSmooth3D.Renderer        isoextractorsmooth.Renderer
 168
 169
 170 #---------------------------------------------------------------------
 171
 172 new LayoutSplit downLayout
 173   set downLayout.Orientation H
 174   set downLayout.Proportion 50
 175   connect viewernvImagethreshold3D.Widget       downLayout.Widget1
 176   connect viewernvImageSmooth3D.Widget          downLayout.Widget2
 177
 178 new LayoutLine sliderLayout
 179   set sliderLayout.Orientation V
 180
 181 new LayoutLine buttonLayout
 182   set buttonLayout.Orientation V
 183   connect colourLower.Widget buttonLayout.Widget1
 184   connect colourUpper.Widget   buttonLayout.Widget2
 185   connect refresh.Widget       buttonLayout.Widget3
 186
 187 new LayoutLine toolLayout
 188   set toolLayout.Orientation H
 189   connect  sliderLayout.Widget toolLayout.Widget1
 190   connect  buttonLayout.Widget toolLayout.Widget2
 191
 192
 193 //new ImageWriter imw
 194 //  connect smooth.Out imw.In
 195   connect refresh.BoxChange smooth.BoxExecute
 196
 197 new LayoutLine vSliderLayout
 198    connect lowerOpacitySlider.Widget  vSliderLayout.Widget1
 199    connect upperOpacitySlider.Widget  vSliderLayout.Widget2
 200
 201 new LayoutSplit layout3D
 202   set layout3D.Orientation H
 203   set layout3D.Proportion 90
 204   connect downLayout.Widget    layout3D.Widget1
 205   connect vSliderLayout.Widget layout3D.Widget2
 206
 207 #---------------------------------------------------------------------
 208 new LayoutSplit splitUp
 209   set splitUp.Proportion 38
 210   connect toolLayout.Widget     splitUp.Widget1
 211   connect upLayout.Widget       splitUp.Widget2
 212
 213   connect sliceSider.Widget                 sliderLayout.Widget1
 214   connect lowerThresholdSlider.Widget   sliderLayout.Widget2
 215   connect upperThresholdSlider.Widget   sliderLayout.Widget3
 216   connect smoothSlider.Widget           sliderLayout.Widget4
 217
 218
 219 new LayoutSplit mainSplit
 220   set mainSplit.Proportion 50
 221   set mainSplit.WinHeight 1200
 222   set mainSplit.WinWidth 1600
 223   set mainSplit.WinTitle "Processing / Viewing example (demoFiltering1.bbs) "
 224   connect splitUp.Widget        mainSplit.Widget1
 225   connect layout3D.Widget       mainSplit.Widget2
 226
 227 #---------------------------------------------------------------------
 228
 229 exec isoextractorthreshold
 230 exec isoextractorsmooth
 231
 232
 233 exec mainSplit