packages/demo/bbs/appli/demoFiltering1.bbs

   1
   2 description "Basic segmentation and filtering of an image"
   3 author "jpr@creatis.insa-lyon.fr"
   4 category "demo, filter"
   5
   6 // 3 Slices, 2 volumes
   7
   8 include std
   9 include vtk
  10 include wx
  11 include itk
  12 include itkvtk
  13 include wxvtk
  14
  15 //
  16 // Get the image and determine Slice number, slider size, ...
  17 // ----------------------------------------------------------
  18
  19 # Here loads hola.mhd
  20 # -------------------
  21 # Don't forget to comment out the following 2 lines
  22 # If you want to check someting else.
  23
  24 include vtk/boxes/bbLoadHola
  25 new LoadHola reader
  26
  27 # uncomment next lines to have a file selector
  28 # --------------------------------------------
  29 /*
  30 new FileSelector openFileDialog
  31 new ImageReader reader
  32   connect openFileDialog.Out reader.In
  33 */
  34
  35 # uncomment next lines to use Gimmick
  36 # -----------------------------------
  37 /*
  38 load creaImageIO
  39 new Gimmick reader
  40 */
  41
  42 # uncomment next lines to Read a MHD file (and nothing else !)
  43 # ------------------------------------------------------------
  44 /*
  45 new FileSelector openFileDialog
  46 new MetaImageReader reader
  47    connect openFileDialog.Out reader.In
  48 */
  49
  50 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
  51 # (only if file name order is meaningfull)
  52 # -------------------------------------------------------
  53 /*
  54 // To choose the directory
  55 new DirectorySelector ds
  56 // To get the image names into a vector
  57 new FilesFromDirectory fd
  58 // To read all the files, as a bbitk::ImagePointer
  59 new ImageSeriesReader reader
  60 // user choosen directory as input
  61 connect ds.Out fd.In
  62 set fd.Recursive false
  63 // list of files as input
  64 #print "Files found in $ds.Out$\n
  65 connect fd.Out reader.FileNames
  66 */
  67
  68 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
  69 # (if the directory contains a 'XCoherent" Serie)
  70 # -------------------------------------------------------
  71 /*
  72 // To choose the directory
  73 new DirectorySelector ds
  74 // To get the image names into a vector
  75 new FilesFromDirectory fd
  76 // user choosen directory as input
  77 connect ds.Out fd.In
  78 // order the files, computes an accurate ZSpacing
  79 new GetXCoherentInfoGdcmReader reader
  80 connect fd.Out reader.In
  81 */
  82
  83 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
  84 # (with DICOMDirReader)
  85 # -------------------------------------------------------
  86 /*
  87 include itk/boxes/bbDICOMDirReader
  88 // To choose the directory
  89 new DirectorySelector ds
  90 new DICOMDirReader reader
  91    connect ds.Out reader.In
  92 */
  93
  94 // We need that to set Sliders sizes
  95
  96 #Get image dimensions, ...
  97 new ImageProperties mc
  98    connect reader.Out mc.In
  99
 100 #Get number of planes  (Z)
 101 new GetVectorIntElement gveZ
 102    connect mc.Size gveZ.In
 103    set gveZ.I 2
 104
 105 #Compute the number of the 'middle' slice on Z axis
 106 new Div div2
 107   connect   gveZ.Out div2.In1
 108   set div2.In2 2
 109
 110 //
 111 // Graphical organization
 112 // ----------------------
 113
 114 new LayoutSplit mainSplit
 115   set mainSplit.Proportion 60
 116   set mainSplit.WinHeight  1000
 117   set mainSplit.WinWidth   1400
 118   set mainSplit.WinTitle "Processing / Viewing example (demoFiltering1.bbs) "
 119
 120    new LayoutSplit splitUp
 121      set splitUp.Proportion 38
 122      connect splitUp.Widget  mainSplit.Widget1
 123
 124       new LayoutLine toolLayout
 125         set toolLayout.Orientation H
 126         connect toolLayout.Widget splitUp.Widget1
 127
 128            new LayoutLine sliderLayout
 129               set sliderLayout.Orientation V
 130               connect sliderLayout.Widget toolLayout.Widget1
 131
 132                  new Slider sliceSlider
 133                     set sliceSlider.Title "Slice"
 134                     set sliceSlider.ReactiveOnTrack true
 135                     connect sliceSlider.Widget sliderLayout.Widget1
 136
 137                  new Slider lowerThresholdSlider
 138                     set lowerThresholdSlider.Title "LowerThreshold"
 139                     set lowerThresholdSlider.Max        200
 140                     set lowerThresholdSlider.In         10
 141                     set lowerThresholdSlider.ChangeResolution 1
 142                     connect lowerThresholdSlider.Widget sliderLayout.Widget2
 143
 144                  new Slider upperThresholdSlider
 145                     set upperThresholdSlider.Title "UpperThreshold"
 146                     set upperThresholdSlider.Max        500
 147                     set upperThresholdSlider.In         150
 148                     set upperThresholdSlider.ChangeResolution 1
 149                     connect upperThresholdSlider.Widget sliderLayout.Widget3
 150
 151                  new Slider smoothSlider
 152                     set smoothSlider.Title "Smooth"
 153                     set smoothSlider.Max        10
 154                     set smoothSlider.In         3
 155                     set smoothSlider.ChangeResolution 1
 156                     connect  smoothSlider.Widget sliderLayout.Widget4
 157
 158            new LayoutLine buttonLayout
 159               set buttonLayout.Orientation H
 160               connect buttonLayout.Widget toolLayout.Widget2
 161
 162               new ColourSelectorButton colourThreshold
 163                  set colourThreshold.In "1 0 0"
 164                  connect colourThreshold.Widget buttonLayout.Widget1
 165
 166               new ColourSelectorButton colourSmooth
 167                  set colourSmooth.In "1 1 0"
 168                  connect colourSmooth.Widget buttonLayout.Widget2
 169
 170 /*
 171               new CommandButton refresh
 172                  set refresh.Label "Refresh (to be used once at start time)"
 173                  connect refresh.Widget buttonLayout.Widget3
 174 */
 175       new LayoutLine layout2D
 176          set layout2D.Orientation H
 177          connect layout2D.Widget splitUp.Widget2
 178
 179          new Viewer2D viewer2DImageOriginal
 180             connect viewer2DImageOriginal.Widget layout2D.Widget1
 181
 182          new Viewer2D viewer2DImageSegmented
 183             connect viewer2DImageSegmented.Widget layout2D.Widget2
 184
 185          new Viewer2D viewer2DImageSmooth
 186             connect viewer2DImageSmooth.Widget layout2D.Widget3
 187
 188    new LayoutSplit layout3D
 189      set layout3D.Orientation H
 190      set layout3D.Proportion 90
 191      connect layout3D.Widget  mainSplit.Widget2
 192
 193         new LayoutSplit layoutSurfaces
 194            set layoutSurfaces.Orientation H
 195            set layoutSurfaces.Proportion 50
 196            connect layoutSurfaces.Widget layout3D.Widget1
 197
 198            new Viewer3D  viewer3DSurfaceThreshold
 199            connect viewer3DSurfaceThreshold.Widget layoutSurfaces.Widget1
 200
 201            new Viewer3D  viewer3DSurfaceSmooth
 202            connect viewer3DSurfaceSmooth.Widget layoutSurfaces.Widget2
 203
 204         new LayoutLine vSliderLayout
 205            connect vSliderLayout.Widget layout3D.Widget2
 206
 207            new Slider lowerOpacitySlider
 208               set lowerOpacitySlider.Title "Opacity"
 209               set lowerOpacitySlider.Min        1
 210               set lowerOpacitySlider.Max        100
 211               set lowerOpacitySlider.In         50
 212               set lowerOpacitySlider.Orientation V
 213               connect lowerOpacitySlider.Widget vSliderLayout.Widget1
 214
 215 /*
 216            new Slider upperOpacitySlider
 217               set upperOpacitySlider.Title "UpperOpacity"
 218               set upperOpacitySlider.Max        100
 219               set upperOpacitySlider.In         100
 220               set upperOpacitySlider.Orientation V
 221               connect upperOpacitySlider.Widget vSliderLayout.Widget2
 222 */
 223
 224 //
 225 // End of Graphical organization
 226 // -----------------------------
 227
 228 //
 229 // Processing pipeline
 230 // -------------------
 231
 232   connect reader.Out                    viewer2DImageOriginal.In
 233   connect sliceSlider.Out               viewer2DImageOriginal.Slice
 234
 235   #Slider size is the number of planes
 236   connect gveZ.Out     sliceSlider.Max
 237   #initial slice is the middle one
 238   connect div2.Out sliceSlider.In
 239   set sliceSlider.ChangeResolution 1
 240
 241 // Images 2D
 242
 243  new BinaryThresholdImageFilter threshold
 244   set threshold.InsideValue 255
 245   set threshold.OutsideValue 0
 246
 247   connect upperThresholdSlider.Out threshold.UpperThreshold
 248   connect lowerThresholdSlider.Out threshold.LowerThreshold
 249   connect reader.Out threshold.In
 250
 251   connect threshold.Out                 viewer2DImageSegmented.In
 252   connect sliceSlider.Out               viewer2DImageSegmented.Slice
 253
 254 new ImageGaussianSmooth smooth
 255   connect threshold.Out smooth.In
 256   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevX
 257   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevY
 258   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevZ
 259
 260   connect smooth.Out            viewer2DImageSmooth.In
 261   connect sliceSlider.Out       viewer2DImageSmooth.Slice
 262
 263
 264 // Planes
 265 new ImagePlanes planes
 266   connect reader.Out planes.In
 267   connect planes.PlaneX viewer3DSurfaceSmooth.Obs1
 268   connect planes.PlaneY viewer3DSurfaceSmooth.Obs2
 269   connect planes.PlaneZ viewer3DSurfaceSmooth.Obs3
 270
 271 // Surfaces 3D
 272
 273 new IsoSurfaceExtractor  isoextractorThreshold
 274   connect threshold.Out isoextractorThreshold.In
 275   set isoextractorThreshold.Opacity 1
 276   set isoextractorThreshold.Isovalue 100
 277   connect colourThreshold.Out isoextractorThreshold.Colour
 278   connect isoextractorThreshold.Out  viewer3DSurfaceThreshold.In1
 279
 280 new Div div3
 281    connect lowerOpacitySlider.Out div3.In1
 282    set div3.In2 100
 283
 284 new IsoSurfaceExtractor  isoextractorSmooth
 285   connect smooth.Out isoextractorSmooth.In
 286   connect div3.Out isoextractorSmooth.Opacity
 287   set isoextractorSmooth.Isovalue 200
 288   connect colourSmooth.Out isoextractorSmooth.Colour
 289   connect isoextractorSmooth.Out  viewer3DSurfaceSmooth.In2
 290
 291 // Refresh issues
 292
 293 new MultipleInputs multInForImageOriginal
 294   connect sliceSlider.BoxChange multInForImageOriginal.In1
 295 #  connect refresh.BoxChange     multInForImageOriginal.In2
 296
 297
 298  new MultipleInputs multInForImageSegmented
 299   connect lowerThresholdSlider.BoxChange multInForImageSegmented.In1
 300   connect upperThresholdSlider.BoxChange multInForImageSegmented.In2
 301 #  connect refresh.BoxChange              multInForImageSegmented.In3
 302   connect sliceSlider.BoxChange  multInForImageSegmented.In4
 303
 304  new MultipleInputs multInForImageSmooth
 305   connect lowerThresholdSlider.BoxChange multInForImageSmooth.In1
 306   connect upperThresholdSlider.BoxChange multInForImageSmooth.In2
 307   connect smoothSlider.BoxChange         multInForImageSmooth.In3
 308 #  connect refresh.BoxChange              multInForImageSmooth.In4
 309   connect sliceSlider.BoxChange multInForImageSmooth.In5
 310
 311  new MultipleInputs multInForSurfaceThreshold
 312 #  connect refresh.BoxChange multInForSurfaceThreshold.In1
 313   connect colourThreshold.BoxChange multInForSurfaceThreshold.In2
 314   connect lowerThresholdSlider.BoxChange multInForSurfaceThreshold.In3
 315   connect upperThresholdSlider.BoxChange multInForSurfaceThreshold.In4
 316
 317  new MultipleInputs multInForSurfaceSmooth
 318 #  connect refresh.BoxChange multInForSurfaceSmooth.In1
 319   connect lowerOpacitySlider.BoxChange multInForSurfaceSmooth.In1
 320   connect colourSmooth.BoxChange multInForSurfaceSmooth.In2
 321   connect lowerThresholdSlider.BoxChange multInForSurfaceSmooth.In3
 322   connect upperThresholdSlider.BoxChange multInForSurfaceSmooth.In4
 323   connect smoothSlider.BoxChange         multInForSurfaceSmooth.In5
 324
 325   connect multInForImageOriginal.BoxChange     viewer2DImageOriginal.BoxExecute
 326   connect multInForImageSegmented.BoxChange    viewer2DImageSegmented.BoxExecute
 327   connect multInForImageSmooth.BoxChange       viewer2DImageSmooth.BoxExecute
 328
 329   connect multInForSurfaceThreshold.BoxChange  viewer3DSurfaceThreshold.BoxExecute
 330   connect multInForSurfaceSmooth.BoxChange     viewer3DSurfaceSmooth.BoxExecute
 331
 332
 333
 334   exec mainSplit