packages/demo/bbs/appli/demoFiltering1.bbs

   1 description "Basic segmentation and filtering of an image"
   2 author "jpr@creatis.insa-lyon.fr"
   3 category "demo"
   4
   5 // 3 Slices, 2 volumes
   6
   7 include std
   8 include vtk
   9 include wx
  10 include itk
  11 include itkvtk
  12 include wxvtk
  13
  14 # Here loads hola.mhd
  15 include vtk/boxes/bbLoadHola
  16 new LoadHola reader
  17 # uncomment next lines to have a file selector
  18 #new FileSelector openFileDialog
  19 #new ImageReader reader
  20 #  connect openFileDialog.Out reader.In
  21
  22 #Get image dimensions, ...
  23 new ImageProperties mc
  24    connect reader.Out mc.In
  25
  26 #Get number of planes  (Z)
  27 new GetVectorIntElement gveZ
  28    connect mc.Size gveZ.In
  29    set gveZ.I 2
  30
  31 #Compute the number of the 'middle' slice on Z axis
  32 new Div div2
  33   connect   gveZ.Out div2.In1
  34   set div2.In2 2
  35
  36 #---------------------------------------------------------------------
  37
  38 new Slider slider
  39   set slider.Title "Slice"
  40
  41   #Slider size is the number of planes
  42   connect gveZ.Out     slider.Max
  43   #initial slice is the middle one
  44   connect div2.Out slider.In
  45   set slider.ChangeResolution 1
  46
  47 new Slider lowerThresholdSlider
  48   set lowerThresholdSlider.Title "LowerThreshold"
  49   set lowerThresholdSlider.Max  50
  50   set lowerThresholdSlider.In   20
  51   set lowerThresholdSlider.ChangeResolution 1
  52
  53 new Slider upperThresholdSlider
  54   set upperThresholdSlider.Title "UpperThreshold"
  55   set upperThresholdSlider.Max  50
  56   set upperThresholdSlider.In   500
  57   set upperThresholdSlider.ChangeResolution 1
  58
  59 new Slider smoothSlider
  60   set smoothSlider.Title "Smooth"
  61   set smoothSlider.Max  10
  62   set smoothSlider.In   1
  63   set smoothSlider.ChangeResolution 1
  64
  65 new CommandButton refresh
  66    set refresh.Label "Refresh"
  67    set refresh.In "exec isoextractorthreshold;exec isoextractorsmooth;exec mainSplit"
  68
  69 new MultipleInputs refreshimages
  70   //connect slider.BoxChange             refreshimages.In1
  71   connect upperThresholdSlider.BoxChange refreshimages.In2
  72   connect lowerThresholdSlider.BoxChange refreshimages.In3
  73   connect smoothSlider.BoxChange         refreshimages.In4
  74
  75 #---------------------------------------------------------------------
  76
  77 new Viewer2D viewer2DImageOriginal
  78   connect reader.Out                    viewer2DImageOriginal.In
  79   connect slider.Out                    viewer2DImageOriginal.Slice
  80   connect slider.BoxChange              viewer2DImageOriginal.BoxExecute
  81
  82 #---------------------------------------------------------------------
  83
  84 new BinaryThresholdImageFilter threshold
  85   connect upperThresholdSlider.Out threshold.UpperThreshold
  86   connect lowerThresholdSlider.Out threshold.LowerThreshold
  87   set threshold.InsideValue 255
  88   set threshold.OutsideValue 0
  89   connect reader.Out threshold.In
  90
  91 new Viewer2D viewer2DImageSegmented
  92   connect threshold.Out                 viewer2DImageSegmented.In
  93   connect slider.Out                    viewer2DImageSegmented.Slice
  94 //  connect slider.BoxChange            viewer2DImageSegmented.BoxExecute
  95   connect refreshimages.Out             viewer2DImageSegmented.BoxExecute
  96
  97 #---------------------------------------------------------------------
  98
  99 new ImageGaussianSmooth smooth
 100   connect threshold.Out smooth.In
 101   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevX
 102   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevY
 103   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevZ
 104
 105
 106 new Viewer2D viewer2DImageSmooth
 107   connect smooth.Out                    viewer2DImageSmooth.In
 108   connect slider.Out                    viewer2DImageSmooth.Slice
 109   connect slider.BoxChange              viewer2DImageSmooth.BoxExecute
 110
 111
 112 #---------------------------------------------------------------------
 113
 114 new LayoutLine upLayout
 115   set upLayout.Orientation H
 116   connect viewer2DImageOriginal.Widget          upLayout.Widget1
 117   connect viewer2DImageSegmented.Widget         upLayout.Widget2
 118   connect viewer2DImageSmooth.Widget            upLayout.Widget3
 119
 120
 121 new ColourSelectorButton colourLower
 122    set colourLower.In "1 1 0"
 123
 124 new ColourSelectorButton colourUpper
 125    set colourUpper.In "1 0 0"
 126
 127 #---------------------------------------------------------------------
 128
 129 new Viewer3D  viewernvImagethreshold3D
 130 #  set viewernvImagethreshold3D.nTypeView "5"
 131
 132 new IsoSurfaceExtractor  isoextractorthreshold
 133   connect threshold.Out isoextractorthreshold.In
 134   set isoextractorthreshold.Opacity 1.0
 135   set isoextractorthreshold.Isovalue 100
 136   connect colourUpper.Out isoextractorthreshold.Colour
 137   connect viewernvImagethreshold3D.Renderer     isoextractorthreshold.Renderer
 138
 139
 140 #---------------------------------------------------------------------
 141 new Viewer3D  viewernvImageSmooth3D
 142 #  set viewernvImageSmooth3D.nTypeView "5"
 143   //connect refreshimages.Out           viewernvImageSmooth3D.BoxExecute
 144
 145 new IsoSurfaceExtractor  isoextractorsmooth
 146   connect smooth.Out isoextractorsmooth.In
 147   set isoextractorsmooth.Opacity 0.2
 148   set isoextractorsmooth.Isovalue 200
 149   connect colourLower.Out isoextractorsmooth.Colour
 150   connect viewernvImageSmooth3D.Renderer        isoextractorsmooth.Renderer
 151
 152
 153 #---------------------------------------------------------------------
 154
 155 new LayoutSplit downLayout
 156   set downLayout.Orientation H
 157   set downLayout.Proportion 50
 158   connect viewernvImagethreshold3D.Widget       downLayout.Widget1
 159   connect viewernvImageSmooth3D.Widget          downLayout.Widget2
 160
 161 new LayoutLine sliderLayout
 162   set sliderLayout.Orientation V
 163
 164 new LayoutLine buttonLayout
 165   set buttonLayout.Orientation V
 166   connect colourLower.Widget buttonLayout.Widget1
 167   connect colourUpper.Widget   buttonLayout.Widget2
 168   connect refresh.Widget       buttonLayout.Widget3
 169
 170 new LayoutLine toolLayout
 171   set toolLayout.Orientation H
 172   connect  sliderLayout.Widget toolLayout.Widget1
 173   connect  buttonLayout.Widget toolLayout.Widget2
 174
 175
 176 //new ImageWriter imw
 177 //  connect smooth.Out imw.In
 178   connect refresh.BoxChange smooth.BoxExecute
 179
 180
 181 #---------------------------------------------------------------------
 182 new LayoutSplit splitUp
 183   set splitUp.Proportion 50
 184   connect toolLayout.Widget     splitUp.Widget1
 185   connect upLayout.Widget       splitUp.Widget2
 186
 187   connect slider.Widget                 sliderLayout.Widget1
 188   connect lowerThresholdSlider.Widget   sliderLayout.Widget2
 189   connect upperThresholdSlider.Widget   sliderLayout.Widget3
 190   connect smoothSlider.Widget           sliderLayout.Widget4
 191
 192
 193 new LayoutSplit mainSplit
 194   set mainSplit.Proportion 66
 195   connect splitUp.Widget        mainSplit.Widget1
 196   connect downLayout.Widget     mainSplit.Widget2
 197
 198 #---------------------------------------------------------------------
 199
 200 exec isoextractorthreshold
 201 exec isoextractorsmooth
 202
 203
 204 set mainSplit.WinTitle "demoFiltering1"
 205 exec mainSplit