packages/demo/bbs/appli/demoViewingHairXRayImages.bbs

   1 description "Interactive Segmenting of hair X-Ray images"
   2 author "info-dev at creatis.insa-lyon.fr"
   3 category "demo"
   4
   5 // 3 Slices, 2 volumes
   6
   7 include std
   8 include vtk
   9 include wx
  10 include itk
  11 include itkvtk
  12 include wxvtk
  13
  14 new FileSelector openFileDialog
  15
  16 new ImageReader reader
  17   connect openFileDialog.Out reader.In
  18
  19 #Get image dimensions, ...
  20 new ImageProperties mc
  21    connect reader.Out mc.In
  22
  23 #Get number of planes  (Z)
  24 new GetVectorIntElement gveZ
  25    connect mc.Size gveZ.In
  26    set gveZ.I 2
  27
  28 #Compute the number of the 'middle' slice on Z axis
  29 new Div div2
  30   connect   gveZ.Out div2.In1
  31   set div2.In2 2
  32
  33 #---------------------------------------------------------------------
  34
  35 new Slider slider
  36   set slider.Title "Slice"
  37
  38   #Slider size is the number of planes
  39   connect gveZ.Out     slider.Max
  40   #initial slice is the middle one
  41   connect div2.Out slider.In
  42   set slider.ChangeResolution 1
  43
  44 new Slider lowerThresholdSlider
  45   set lowerThresholdSlider.Title "LowerThreshold"
  46   set lowerThresholdSlider.Max  50
  47   set lowerThresholdSlider.In   20
  48   set lowerThresholdSlider.ChangeResolution 1
  49
  50 new Slider upperThresholdSlider
  51   set upperThresholdSlider.Title "UpperThreshold"
  52   set upperThresholdSlider.Max  50
  53   set upperThresholdSlider.In   500
  54   set upperThresholdSlider.ChangeResolution 1
  55
  56 new Slider smoothSlider
  57   set smoothSlider.Title "Smooth"
  58   set smoothSlider.Max  10
  59   set smoothSlider.In   1
  60   set smoothSlider.ChangeResolution 1
  61
  62 new CommandButton refresh
  63    set refresh.Label "Refresh"
  64    set refresh.In "exec isoextractorthreshold;exec isoextractorsmooth;exec mainSplit"
  65
  66 new MultipleInputs refreshimages
  67   //connect slider.BoxChange             refreshimages.In1
  68   connect upperThresholdSlider.BoxChange refreshimages.In2
  69   connect lowerThresholdSlider.BoxChange refreshimages.In3
  70   connect smoothSlider.BoxChange         refreshimages.In4
  71
  72 #---------------------------------------------------------------------
  73
  74 new Viewer2D viewer2DImageOriginal
  75   connect reader.Out                    viewer2DImageOriginal.In
  76   connect slider.Out                    viewer2DImageOriginal.Slice
  77   connect slider.BoxChange              viewer2DImageOriginal.BoxExecute
  78
  79 #---------------------------------------------------------------------
  80
  81 new BinaryThresholdImageFilter threshold
  82   connect upperThresholdSlider.Out threshold.UpperThreshold
  83   connect lowerThresholdSlider.Out threshold.LowerThreshold
  84   set threshold.InsideValue 255
  85   set threshold.OutsideValue 0
  86   connect reader.Out threshold.In
  87
  88 new Viewer2D viewer2DImageSegmented
  89   connect threshold.Out                 viewer2DImageSegmented.In
  90   connect slider.Out                    viewer2DImageSegmented.Slice
  91 //  connect slider.BoxChange            viewer2DImageSegmented.BoxExecute
  92   connect refreshimages.Out             viewer2DImageSegmented.BoxExecute
  93
  94 #---------------------------------------------------------------------
  95
  96 new ImageGaussianSmooth smooth
  97   connect threshold.Out smooth.In
  98   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevX
  99   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevY
 100   connect smoothSlider.Out smooth.StdDevZ
 101
 102
 103 new Viewer2D viewer2DImageSmooth
 104   connect smooth.Out                    viewer2DImageSmooth.In
 105   connect slider.Out                    viewer2DImageSmooth.Slice
 106   connect slider.BoxChange              viewer2DImageSmooth.BoxExecute
 107
 108
 109 #---------------------------------------------------------------------
 110
 111 new LayoutLine upLayout
 112   set upLayout.Orientation H
 113   connect viewer2DImageOriginal.Widget          upLayout.Widget1
 114   connect viewer2DImageSegmented.Widget         upLayout.Widget2
 115   connect viewer2DImageSmooth.Widget            upLayout.Widget3
 116
 117
 118 new ColourSelectorButton colourLower
 119    set colourLower.In "0.5 0 0.5"
 120
 121 new ColourSelectorButton colourUpper
 122    set colourUpper.In "0.5 0.5 0.0"
 123
 124 #---------------------------------------------------------------------
 125
 126 new Viewer3D  viewernvImagethreshold3D
 127 #  set viewernvImagethreshold3D.nTypeView "5"
 128
 129 new IsoSurfaceExtractor  isoextractorthreshold
 130   connect threshold.Out isoextractorthreshold.In
 131   set isoextractorthreshold.Opacity 1
 132   set isoextractorthreshold.Isovalue 10
 133   connect colourUpper.Out isoextractorthreshold.Colour
 134   connect viewernvImagethreshold3D.Renderer     isoextractorthreshold.Renderer
 135
 136
 137 #---------------------------------------------------------------------
 138 new Viewer3D  viewernvImageSmooth3D
 139 #  set viewernvImageSmooth3D.nTypeView "5"
 140   //connect refreshimages.Out           viewernvImageSmooth3D.BoxExecute
 141
 142 new IsoSurfaceExtractor  isoextractorsmooth
 143   connect smooth.Out isoextractorsmooth.In
 144   set isoextractorsmooth.Opacity 1
 145   set isoextractorsmooth.Isovalue 10
 146   connect colourLower.Out isoextractorsmooth.Colour
 147   connect viewernvImageSmooth3D.Renderer        isoextractorsmooth.Renderer
 148
 149
 150 #---------------------------------------------------------------------
 151
 152 new LayoutSplit downLayout
 153   set downLayout.Orientation H
 154   set downLayout.Proportion 50
 155   connect viewernvImagethreshold3D.Widget       downLayout.Widget1
 156   connect viewernvImageSmooth3D.Widget          downLayout.Widget2
 157
 158 new LayoutLine sliderLayout
 159   set sliderLayout.Orientation V
 160
 161 new LayoutLine buttonLayout
 162   set buttonLayout.Orientation V
 163   connect colourLower.Widget buttonLayout.Widget1
 164   connect colourUpper.Widget   buttonLayout.Widget2
 165   connect refresh.Widget       buttonLayout.Widget3
 166
 167 new LayoutLine toolLayout
 168   set toolLayout.Orientation H
 169   connect  sliderLayout.Widget toolLayout.Widget1
 170   connect  buttonLayout.Widget toolLayout.Widget2
 171
 172
 173 //new ImageWriter imw
 174 //  connect smooth.Out imw.In
 175   connect refresh.BoxChange smooth.BoxExecute
 176 //  set imw.Filename "/home/jpr/t8_eau_smooth.mhd"
 177
 178 #---------------------------------------------------------------------
 179 new LayoutSplit splitUp
 180   connect toolLayout.Widget     splitUp.Widget1
 181   connect upLayout.Widget       splitUp.Widget2
 182
 183   connect slider.Widget                 sliderLayout.Widget1
 184   connect lowerThresholdSlider.Widget   sliderLayout.Widget2
 185   connect upperThresholdSlider.Widget   sliderLayout.Widget3
 186   connect smoothSlider.Widget           sliderLayout.Widget4
 187
 188
 189 new LayoutSplit mainSplit
 190   set mainSplit.Proportion 30
 191   connect splitUp.Widget        mainSplit.Widget1
 192   connect downLayout.Widget     mainSplit.Widget2
 193
 194 #---------------------------------------------------------------------
 195
 196 exec isoextractorthreshold
 197 exec isoextractorsmooth
 198 exec mainSplit