packages/demo/bbs/appli/exampleViewing1-1.bbs

   1 description "3 slicers and a 3D view"
   2 author "jpr@creatis.insa-lyon.fr"
   3 category "example, tool"
   4
   5 // To show how easy it is to add smthing
   6 // =====================================
   7
   8 load vtk
   9 include wxvtk
  10 load std
  11 load itk
  12 include vtk
  13 include wx
  14 load itkvtk
  15 load gdcmvtk
  16
  17 include wxvtk/boxes/bbSimpleSlicer
  18
  19 new LayoutX4 main
  20
  21 new LayoutLine  upright
  22 new LayoutLine  upleft
  23 new LayoutLine  downleft
  24 new LayoutSplit downright
  25    set downright.Proportion 85
  26
  27 connect upright.Widget   main.Widget1
  28 connect upleft.Widget    main.Widget2
  29 connect downleft.Widget  main.Widget3
  30 connect downright.Widget main.Widget4
  31
  32 # Use new box (choose the way you want to select images)
  33 # -----------------------------------------------------
  34 load creaImageIO
  35 new ImagesChooserDialogBox chooser
  36
  37 # Concatenate all the supposed-to-be consistent 2D images into a single vtkImageData
  38 # WARNING : File names alphabetical order is suposed to be meaningful ...
  39
  40 new ConcatImages reader
  41    connect chooser.Out reader.In
  42
  43 // Normally (?) the following lines {== BEGIN == / ==END ==}
  44 // are now useless; let here as a reminder/example
  45 // Don't remove them . JPRx
  46
  47 // ==== BEGIN ======================================================
  48
  49 /*
  50 # Dummy way to get only the first image from the chooser
  51 # ------------------------------------------------------
  52 load creaImageIO
  53 new ImagesChooserDialogBox chooser
  54
  55 new GetVectorVtkImageDataElement reader
  56    set reader.I 0
  57    connect chooser.Out reader.In
  58 */
  59
  60 # Here loads 'hola.mhd'
  61 # ---------------------
  62
  63 # Don't forget to comment out the following 2 lines
  64 # If you want to check someting else.
  65
  66 /*
  67 include vtk/boxes/bbLoadHola
  68 new LoadHola reader
  69 */
  70
  71 # uncomment next lines to have a file selector
  72 # --------------------------------------------
  73 /*
  74 new FileSelector openFileDialog
  75 new ImageReader reader
  76   connect openFileDialog.Out reader.In
  77 */
  78
  79 # uncomment next lines to use a vtkgdcmReader
  80 # -------------------------------------
  81 /*
  82 new FileSelector openFileDialog
  83 new GetInfoGdcmReader reader
  84   connect openFileDialog.Out reader.In
  85 */
  86
  87 # uncomment next lines to use Gimmick
  88 # -----------------------------------
  89 /*
  90 load creaImageIO
  91 new Gimmick reader
  92 */
  93
  94 # uncomment next lines to Read a MHD file (and nothing else !)
  95 # ------------------------------------------------------------
  96 /*
  97 new FileSelector openFileDialog
  98  set openFileDialog.Wildcard  "(*.mhd)|*.mhd"
  99 new MetaImageReader reader
 100    connect openFileDialog.Out reader.In
 101 */
 102
 103 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
 104 # (only if file name order is meaningfull)
 105 # -------------------------------------------------------
 106 /*
 107 // To choose the directory
 108 new DirectorySelector ds
 109 // To get the image names into a vector
 110 new FilesFromDirectory fd
 111 // To read all the files, as a bbitk::ImagePointer
 112 new ImageSeriesReader reader
 113 // user choosen directory as input
 114 connect ds.Out fd.In
 115 set fd.Recursive false
 116 // list of files as input
 117 #print "Files found in $ds.Out$\n
 118 connect fd.Out reader.FileNames
 119 */
 120
 121 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
 122 # (if the directory contains a 'XCoherent" Serie)
 123 # -------------------------------------------------------
 124 /*
 125 // To choose the directory
 126 new DirectorySelector ds
 127 // To get the image names into a vector
 128 new FilesFromDirectory fd
 129 // user choosen directory as input
 130 connect ds.Out fd.In
 131 // order the files, computes an accurate ZSpacing
 132 new GetXCoherentInfoGdcmReader reader
 133 connect fd.Out reader.In
 134 */
 135
 136 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
 137 # (with DICOMDirReader)
 138 # -------------------------------------------------------
 139 /*
 140 include itk/boxes/bbDICOMDirReader
 141 // To choose the directory
 142 new DirectorySelector ds
 143 new DICOMDirReader reader
 144    connect ds.Out reader.In
 145 */
 146
 147 // ==== END ======================================================
 148
 149 // We need that to set Sliders sizes
 150
 151 #Get image dimensions, ...
 152 new ImageProperties mc
 153    connect reader.Out mc.In
 154
 155 #Get number of column (X)
 156 new GetVectorIntElement gveX
 157    connect mc.Size gveX.In
 158    set gveX.I 0
 159
 160 #Get number of rows (Y)
 161 new GetVectorIntElement gveY
 162    connect mc.Size gveY.In
 163    set gveY.I 1
 164
 165 #Get number of planes  (Z)
 166 new GetVectorIntElement gveZ
 167    connect mc.Size gveZ.In
 168    set gveZ.I 2
 169 //print "Dim Z $gveZ.Out"
 170
 171 #Compute the number of the 'middle' slice on X axis
 172 new Div div0
 173   connect   gveX.Out div0.In1
 174   set div0.In2 2
 175
 176 #Compute the number of the 'middle' slice on Y axis
 177 new Div div1
 178   connect   gveY.Out div1.In1
 179   set div1.In2 2
 180
 181 #Compute the number of the 'middle' slice on Z axis
 182 new Div div2
 183   connect   gveZ.Out div2.In1
 184   set div2.In2 2
 185
 186 // For X axis
 187 new SimpleSlicer viewerUL
 188   connect reader.Out viewerUL.In
 189   connect viewerUL.Widget upleft.Widget1
 190   #initial slice is the middle one
 191   connect div0.Out viewerUL.Slice
 192   #Slider size is the number of planes
 193   connect  gveX.Out viewerUL.SliderSize
 194   set viewerUL.SliderReactiveOnTrack 1
 195   set viewerUL.Orientation 0
 196   set viewerUL.SliderOrientation H
 197   set viewerUL.SliderTitle "Planes YZ"
 198
 199 // For Y axis
 200 new SimpleSlicer viewerUR
 201   connect reader.Out viewerUR.In
 202   connect viewerUR.Widget upright.Widget1
 203   #initial slice is the middle one
 204   connect div1.Out viewerUR.Slice
 205   #Slider size is the number of planes
 206   connect  gveY.Out viewerUR.SliderSize
 207   set viewerUR.SliderReactiveOnTrack 1
 208   set viewerUR.SliderOrientation H
 209   set viewerUR.Orientation 1
 210   set viewerUR.SliderTitle "Planes XZ"
 211
 212 // For Z axis
 213 new SimpleSlicer viewerTD
 214   connect reader.Out viewerTD.In
 215   connect viewerTD.Widget downleft.Widget1
 216   #initial slice is the middle one
 217   connect div2.Out viewerTD.Slice
 218   #Slider size is the number of planes
 219   connect  gveZ.Out viewerTD.SliderSize
 220   set viewerTD.SliderReactiveOnTrack 1
 221   set viewerTD.SliderOrientation H
 222   set viewerTD.Orientation 2
 223   set viewerTD.SliderTitle "Planes XY"
 224
 225 //For 3D Viewer
 226
 227 new ImagePlanes planes
 228   connect reader.Out planes.In
 229
 230 new Viewer3D viewer
 231   connect planes.PlaneX viewer.Obs1
 232   connect planes.PlaneY viewer.Obs2
 233   connect planes.PlaneZ viewer.Obs3
 234
 235 new CheckBox   chkbox
 236   set chkbox.Title "Interpolate Pixels (in '2D' images)"
 237   set chkbox.In 1
 238   connect chkbox.BoxChange   viewerUL.BoxExecute
 239   connect chkbox.BoxChange   viewerUR.BoxExecute
 240   connect chkbox.BoxChange   viewerTD.BoxExecute
 241
 242   connect viewer.Widget downright.Widget1
 243   connect chkbox.Widget downright.Widget2
 244
 245   connect chkbox.Out viewerUL.Interpolate
 246   connect chkbox.Out viewerUR.Interpolate
 247   connect chkbox.Out viewerTD.Interpolate
 248
 249 set main.WinTitle "demoViewing1"
 250 exec main
 251 exec viewerTD