packages/demo/bbs/appli/exampleViewing1-1.bbs

   1  # ---------------------------------------------------------------------
   2  #
   3  # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   4  #                        pour la SantÈ)
   5  # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   6  # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   7  # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   8  #
   9  #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  10  #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  11  #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  12  #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  13  #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  14  #  or in the file LICENSE.txt.
  15  #
  16  #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  17  #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  18  #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  19  #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  20  #  liability.
  21  #
  22  #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  23  #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  24  # ------------------------------------------------------------------------ */
  25
  26 description "3 slicers and a 3D view"
  27 author "jpr@creatis.insa-lyon.fr"
  28 category "example, tool"
  29
  30 // To show how easy it is to add smthing
  31 // =====================================
  32
  33 load vtk
  34 include wxvtk
  35 load std
  36 load itk
  37 include vtk
  38 include wx
  39 load itkvtk
  40 load gdcmvtk
  41
  42 include wxvtk/boxes/bbSimpleSlicer
  43
  44 new LayoutX4 main
  45
  46 new LayoutLine  upright
  47 new LayoutLine  upleft
  48 new LayoutLine  downleft
  49 new LayoutSplit downright
  50    set downright.Proportion 85
  51
  52 connect upright.Widget   main.Widget1
  53 connect upleft.Widget    main.Widget2
  54 connect downleft.Widget  main.Widget3
  55 connect downright.Widget main.Widget4
  56
  57 # Use new box (choose the way you want to select images)
  58 # -----------------------------------------------------
  59 load creaImageIO
  60 new ImagesChooserDialogBox chooser
  61
  62 # Concatenate all the supposed-to-be consistent 2D images into a single vtkImageData
  63 # WARNING : File names alphabetical order is suposed to be meaningful ...
  64
  65 new ConcatImages reader
  66    connect chooser.Out reader.In
  67
  68 // Normally (?) the following lines {== BEGIN == / ==END ==}
  69 // are now useless; let here as a reminder/example
  70 // Don't remove them . JPRx
  71
  72 // ==== BEGIN ======================================================
  73
  74 /*
  75 # Dummy way to get only the first image from the chooser
  76 # ------------------------------------------------------
  77 load creaImageIO
  78 new ImagesChooserDialogBox chooser
  79
  80 new GetVectorVtkImageDataElement reader
  81    set reader.I 0
  82    connect chooser.Out reader.In
  83 */
  84
  85 # Here loads 'hola.mhd'
  86 # ---------------------
  87
  88 # Don't forget to comment out the following 2 lines
  89 # If you want to check someting else.
  90
  91 /*
  92 include vtk/boxes/bbLoadHola
  93 new LoadHola reader
  94 */
  95
  96 # uncomment next lines to have a file selector
  97 # --------------------------------------------
  98 /*
  99 new FileSelector openFileDialog
 100 new ImageReader reader
 101   connect openFileDialog.Out reader.In
 102 */
 103
 104 # uncomment next lines to use a vtkgdcmReader
 105 # -------------------------------------
 106 /*
 107 new FileSelector openFileDialog
 108 new GetInfoGdcmReader reader
 109   connect openFileDialog.Out reader.In
 110 */
 111
 112 # uncomment next lines to use Gimmick
 113 # -----------------------------------
 114 /*
 115 load creaImageIO
 116 new Gimmick reader
 117 */
 118
 119 # uncomment next lines to Read a MHD file (and nothing else !)
 120 # ------------------------------------------------------------
 121 /*
 122 new FileSelector openFileDialog
 123  set openFileDialog.Wildcard  "(*.mhd)|*.mhd"
 124 new MetaImageReader reader
 125    connect openFileDialog.Out reader.In
 126 */
 127
 128 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
 129 # (only if file name order is meaningfull)
 130 # -------------------------------------------------------
 131 /*
 132 // To choose the directory
 133 new DirectorySelector ds
 134 // To get the image names into a vector
 135 new FilesFromDirectory fd
 136 // To read all the files, as a bbitk::ImagePointer
 137 new ImageSeriesReader reader
 138 // user choosen directory as input
 139 connect ds.Out fd.In
 140 set fd.Recursive false
 141 // list of files as input
 142 #print "Files found in $ds.Out$\n
 143 connect fd.Out reader.FileNames
 144 */
 145
 146 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
 147 # (if the directory contains a 'XCoherent" Serie)
 148 # -------------------------------------------------------
 149 /*
 150 // To choose the directory
 151 new DirectorySelector ds
 152 // To get the image names into a vector
 153 new FilesFromDirectory fd
 154 // user choosen directory as input
 155 connect ds.Out fd.In
 156 // order the files, computes an accurate ZSpacing
 157 new GetXCoherentInfoGdcmReader reader
 158 connect fd.Out reader.In
 159 */
 160
 161 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
 162 # (with DICOMDirReader)
 163 # -------------------------------------------------------
 164 /*
 165 include itk/boxes/bbDICOMDirReader
 166 // To choose the directory
 167 new DirectorySelector ds
 168 new DICOMDirReader reader
 169    connect ds.Out reader.In
 170 */
 171
 172 // ==== END ======================================================
 173
 174 // We need that to set Sliders sizes
 175
 176 #Get image dimensions, ...
 177 new ImageProperties mc
 178    connect reader.Out mc.In
 179
 180 #Get number of column (X)
 181 new GetVectorIntElement gveX
 182    connect mc.Size gveX.In
 183    set gveX.I 0
 184
 185 #Get number of rows (Y)
 186 new GetVectorIntElement gveY
 187    connect mc.Size gveY.In
 188    set gveY.I 1
 189
 190 #Get number of planes  (Z)
 191 new GetVectorIntElement gveZ
 192    connect mc.Size gveZ.In
 193    set gveZ.I 2
 194 //print "Dim Z $gveZ.Out"
 195
 196 #Compute the number of the 'middle' slice on X axis
 197 new Div div0
 198   connect   gveX.Out div0.In1
 199   set div0.In2 2
 200
 201 #Compute the number of the 'middle' slice on Y axis
 202 new Div div1
 203   connect   gveY.Out div1.In1
 204   set div1.In2 2
 205
 206 #Compute the number of the 'middle' slice on Z axis
 207 new Div div2
 208   connect   gveZ.Out div2.In1
 209   set div2.In2 2
 210
 211 // For X axis
 212 new SimpleSlicer viewerUL
 213   connect reader.Out viewerUL.In
 214   connect viewerUL.Widget upleft.Widget1
 215   #initial slice is the middle one
 216   connect div0.Out viewerUL.Slice
 217   #Slider size is the number of planes
 218   connect  gveX.Out viewerUL.SliderSize
 219   set viewerUL.SliderReactiveOnTrack 1
 220   set viewerUL.Orientation 0
 221   set viewerUL.SliderOrientation H
 222   set viewerUL.SliderTitle "Planes YZ"
 223
 224 // For Y axis
 225 new SimpleSlicer viewerUR
 226   connect reader.Out viewerUR.In
 227   connect viewerUR.Widget upright.Widget1
 228   #initial slice is the middle one
 229   connect div1.Out viewerUR.Slice
 230   #Slider size is the number of planes
 231   connect  gveY.Out viewerUR.SliderSize
 232   set viewerUR.SliderReactiveOnTrack 1
 233   set viewerUR.SliderOrientation H
 234   set viewerUR.Orientation 1
 235   set viewerUR.SliderTitle "Planes XZ"
 236
 237 // For Z axis
 238 new SimpleSlicer viewerTD
 239   connect reader.Out viewerTD.In
 240   connect viewerTD.Widget downleft.Widget1
 241   #initial slice is the middle one
 242   connect div2.Out viewerTD.Slice
 243   #Slider size is the number of planes
 244   connect  gveZ.Out viewerTD.SliderSize
 245   set viewerTD.SliderReactiveOnTrack 1
 246   set viewerTD.SliderOrientation H
 247   set viewerTD.Orientation 2
 248   set viewerTD.SliderTitle "Planes XY"
 249
 250 //For 3D Viewer
 251
 252 new ImagePlanes planes
 253   connect reader.Out planes.In
 254
 255 new Viewer3D viewer
 256   connect planes.PlaneX viewer.Obs1
 257   connect planes.PlaneY viewer.Obs2
 258   connect planes.PlaneZ viewer.Obs3
 259
 260 new CheckBox   chkbox
 261   set chkbox.Title "Interpolate Pixels (in '2D' images)"
 262   set chkbox.In 1
 263   connect chkbox.BoxChange   viewerUL.BoxExecute
 264   connect chkbox.BoxChange   viewerUR.BoxExecute
 265   connect chkbox.BoxChange   viewerTD.BoxExecute
 266
 267   connect viewer.Widget downright.Widget1
 268   connect chkbox.Widget downright.Widget2
 269
 270   connect chkbox.Out viewerUL.Interpolate
 271   connect chkbox.Out viewerUR.Interpolate
 272   connect chkbox.Out viewerTD.Interpolate
 273
 274 set main.WinTitle "demoViewing1"
 275 exec main
 276 exec viewerTD