packages/demo/bbs/appli/exampleViewing1.1.bbs

   1 description "3 slicers and a 3D view"
   2 author "jpr@creatis.insa-lyon.fr"
   3 category "example"
   4
   5 // To show how easy it is to add smthing
   6 // =====================================
   7
   8 load vtk
   9 include wxvtk
  10 load std
  11 load itk
  12 include vtk
  13 include wx
  14 load itkvtk
  15 load gdcmvtk
  16
  17 include wxvtk/boxes/bbSimpleSlicer
  18
  19 new LayoutX4 main
  20
  21 new LayoutLine  upright
  22 new LayoutLine  upleft
  23 new LayoutLine  downleft
  24 new LayoutSplit downright
  25    set downright.Proportion 85
  26
  27 connect upright.Widget   main.Widget1
  28 connect upleft.Widget    main.Widget2
  29 connect downleft.Widget  main.Widget3
  30 connect downright.Widget main.Widget4
  31
  32 # Use new box (choose the way you want to select images)
  33 # -----------------------------------------------------
  34 load creaImageIO
  35 new ImagesReader chooser
  36
  37 new ConcatImages reader
  38    connect chooser.Out reader.In
  39
  40 // Normally (?) the following lines {== BEGIN == / ==END ==}
  41 // are now useless; let here as a reminder/example
  42 // Don't remove them . JPRx
  43
  44 // ==== BEGIN ======================================================
  45 /*
  46 # Dummy way to get only the first image from the chooser
  47 # ------------------------------------------------------
  48 load creaImageIO
  49 new ImagesReader chooser
  50
  51 new GetVectorVtkImageDataElement reader
  52    set reader.I 0
  53    connect chooser.Out reader.In
  54 */
  55
  56 # Here loads 'hola.mhd'
  57 # ---------------------
  58
  59 # Don't forget to comment out the following 2 lines
  60 # If you want to check someting else.
  61
  62 /*
  63 include vtk/boxes/bbLoadHola
  64 new LoadHola reader
  65 */
  66
  67 # uncomment next lines to have a file selector
  68 # --------------------------------------------
  69 /*
  70 new FileSelector openFileDialog
  71 new ImageReader reader
  72   connect openFileDialog.Out reader.In
  73 */
  74
  75 # uncomment next lines to use a vtkgdcmReader
  76 # -------------------------------------
  77 /*
  78 new FileSelector openFileDialog
  79 new GetInfoGdcmReader reader
  80   connect openFileDialog.Out reader.In
  81 */
  82
  83 # uncomment next lines to use Gimmick
  84 # -----------------------------------
  85 /*
  86 load creaImageIO
  87 new Gimmick reader
  88 */
  89
  90 # uncomment next lines to Read a MHD file (and nothing else !)
  91 # ------------------------------------------------------------
  92 /*
  93 new FileSelector openFileDialog
  94  set openFileDialog.Wildcard  "(*.mhd)|*.mhd"
  95 new MetaImageReader reader
  96    connect openFileDialog.Out reader.In
  97 */
  98
  99 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
 100 # (only if file name order is meaningfull)
 101 # -------------------------------------------------------
 102 /*
 103 // To choose the directory
 104 new DirectorySelector ds
 105 // To get the image names into a vector
 106 new FilesFromDirectory fd
 107 // To read all the files, as a bbitk::ImagePointer
 108 new ImageSeriesReader reader
 109 // user choosen directory as input
 110 connect ds.Out fd.In
 111 set fd.Recursive false
 112 // list of files as input
 113 #print "Files found in $ds.Out$\n
 114 connect fd.Out reader.FileNames
 115 */
 116
 117 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
 118 # (if the directory contains a 'XCoherent" Serie)
 119 # -------------------------------------------------------
 120 /*
 121 // To choose the directory
 122 new DirectorySelector ds
 123 // To get the image names into a vector
 124 new FilesFromDirectory fd
 125 // user choosen directory as input
 126 connect ds.Out fd.In
 127 // order the files, computes an accurate ZSpacing
 128 new GetXCoherentInfoGdcmReader reader
 129 connect fd.Out reader.In
 130 */
 131
 132 # uncomment the following lines to read a 3D images stack
 133 # (with DICOMDirReader)
 134 # -------------------------------------------------------
 135 /*
 136 include itk/boxes/bbDICOMDirReader
 137 // To choose the directory
 138 new DirectorySelector ds
 139 new DICOMDirReader reader
 140    connect ds.Out reader.In
 141 */
 142
 143 // ==== END ======================================================
 144
 145 // We need that to set Sliders sizes
 146
 147 #Get image dimensions, ...
 148 new ImageProperties mc
 149    connect reader.Out mc.In
 150
 151 #Get number of column (X)
 152 new GetVectorIntElement gveX
 153    connect mc.Size gveX.In
 154    set gveX.I 0
 155
 156 #Get number of rows (Y)
 157 new GetVectorIntElement gveY
 158    connect mc.Size gveY.In
 159    set gveY.I 1
 160
 161 #Get number of planes  (Z)
 162 new GetVectorIntElement gveZ
 163    connect mc.Size gveZ.In
 164    set gveZ.I 2
 165 //print "Dim Z $gveZ.Out"
 166
 167 #Compute the number of the 'middle' slice on X axis
 168 new Div div0
 169   connect   gveX.Out div0.In1
 170   set div0.In2 2
 171
 172 #Compute the number of the 'middle' slice on Y axis
 173 new Div div1
 174   connect   gveY.Out div1.In1
 175   set div1.In2 2
 176
 177 #Compute the number of the 'middle' slice on Z axis
 178 new Div div2
 179   connect   gveZ.Out div2.In1
 180   set div2.In2 2
 181
 182 // For X axis
 183 new SimpleSlicer viewerUL
 184   connect reader.Out viewerUL.In
 185   connect viewerUL.Widget upleft.Widget1
 186   #initial slice is the middle one
 187   connect div0.Out viewerUL.Slice
 188   #Slider size is the number of planes
 189   connect  gveX.Out viewerUL.SliderSize
 190   set viewerUL.SliderReactiveOnTrack 1
 191   set viewerUL.Orientation 0
 192   set viewerUL.SliderOrientation H
 193   set viewerUL.SliderTitle "Planes YZ"
 194
 195 // For Y axis
 196 new SimpleSlicer viewerUR
 197   connect reader.Out viewerUR.In
 198   connect viewerUR.Widget upright.Widget1
 199   #initial slice is the middle one
 200   connect div1.Out viewerUR.Slice
 201   #Slider size is the number of planes
 202   connect  gveY.Out viewerUR.SliderSize
 203   set viewerUR.SliderReactiveOnTrack 1
 204   set viewerUR.SliderOrientation H
 205   set viewerUR.Orientation 1
 206   set viewerUR.SliderTitle "Planes XZ"
 207
 208 // For Z axis
 209 new SimpleSlicer viewerTD
 210   connect reader.Out viewerTD.In
 211   connect viewerTD.Widget downleft.Widget1
 212   #initial slice is the middle one
 213   connect div2.Out viewerTD.Slice
 214   #Slider size is the number of planes
 215   connect  gveZ.Out viewerTD.SliderSize
 216   set viewerTD.SliderReactiveOnTrack 1
 217   set viewerTD.SliderOrientation H
 218   set viewerTD.Orientation 2
 219   set viewerTD.SliderTitle "Planes XY"
 220
 221 //For 3D Viewer
 222
 223 new ImagePlanes planes
 224   connect reader.Out planes.In
 225
 226 new Viewer3D viewer
 227   connect planes.PlaneX viewer.Obs1
 228   connect planes.PlaneY viewer.Obs2
 229   connect planes.PlaneZ viewer.Obs3
 230
 231 new CheckBox   chkbox
 232   set chkbox.Title "Interpolate Pixels (in '2D' images)"
 233   set chkbox.In 1
 234   connect chkbox.BoxChange   viewerUL.BoxExecute
 235   connect chkbox.BoxChange   viewerUR.BoxExecute
 236   connect chkbox.BoxChange   viewerTD.BoxExecute
 237
 238   connect viewer.Widget downright.Widget1
 239   connect chkbox.Widget downright.Widget2
 240
 241   connect chkbox.Out viewerUL.Interpolate
 242   connect chkbox.Out viewerUR.Interpolate
 243   connect chkbox.Out viewerTD.Interpolate
 244
 245 set main.WinTitle "demoViewing1"
 246 exec main
 247 exec viewerTD