packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetInfoGdcmReader.cxx

   1 #include "bbgdcmvtkGetInfoGdcmReader.h"
   2 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
   3
   4 #if defined USE_GDCM
   5         #include "gdcmFile.h"
   6         #include "gdcmFileHelper.h"
   7         #include "vtkImageData.h"
   8         #include "vtkGdcmReader.h"
   9 #endif
  10 #if defined USE_GDCM2
  11         #include <gdcmReader.h>
  12         #include <gdcmImageHelper.h>
  13         #include <vtkGDCMImageReader.h>
  14 #endif
  15 #include <vtkIndent.h>
  16
  17 namespace bbgdcmvtk
  18 {
  19
  20 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetInfoGdcmReader)
  21 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  22
  23 #if defined USE_GDCM
  24 void GetInfoGdcmReader::Process()
  25 {
  26         // Reset de reader, f
  27         bbUserFinalizeProcessing();
  28
  29    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  30    f->SetFileName( bbGetInputIn() );
  31    bool res = f->Load();
  32    if ( !res )
  33    {
  34       f->Delete();
  35       bbSetOutputOut(0);
  36       return;
  37    }
  38  // Get info from THE image file (only *one* as input)
  39    int i;
  40    std::vector<double> v_iop;
  41    float iop[6];
  42    f->GetImageOrientationPatient(iop);
  43
  44    for(i=0; i< 6; i++)
  45       v_iop.push_back(iop[i]);
  46    bbSetOutputIOP(v_iop );
  47
  48    std::vector<double> v_ipp;
  49    float ipp[3];
  50    f->GetImagePositionPatient(ipp);
  51
  52    for(i=0; i< 3; i++)
  53       v_ipp.push_back(ipp[i]);
  54    bbSetOutputIPP(v_ipp );
  55
  56    std::vector<double> v_pixelspacing;
  57    v_pixelspacing.push_back(f->GetXSpacing());
  58    v_pixelspacing.push_back(f->GetYSpacing());
  59
  60    if (f->GetZSize() != 1)
  61    {
  62       v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
  63    }
  64    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
  65
  66    //double interslice;
  67     bbSetOutputInterSlice(f->GetZSpacing());
  68
  69    reader = vtkGdcmReader::New();
  70    reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
  71    reader->Update();
  72    reader->GetOutput();
  73
  74    vtkIndent indent ;
  75    reader->GetOutput()->PrintSelf(std::cout, indent);
  76    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
  77 }
  78 #endif
  79
  80 #if defined USE_GDCM2
  81 void GetInfoGdcmReader::Process()
  82 {
  83         // Reset de reader, f
  84         bbUserFinalizeProcessing();
  85         gdcm::Reader *read = new gdcm::Reader();
  86         read->SetFileName( bbGetInputIn().c_str());
  87
  88         bool res = read->Read();
  89    if ( !res )
  90    {
  91       delete read;
  92       bbSetOutputOut(0);
  93       return;
  94    }
  95
  96  // Get info from THE image file (only *one* as input)
  97    const gdcm::File &f = read->GetFile();
  98
  99    // Image Orientation (Patient)
 100    int i;
 101    std::vector<double> v_iop;
 102    const gdcm::DataElement &deIop = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(0x0020, 0x0037));
 103    std::stringstream ss;
 104    deIop.GetValue().Print(ss);
 105    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM6> iop;
 106    iop.Read( ss );
 107    for(i=0; i< 6; i++)
 108       v_iop.push_back((float)(iop[i]));
 109    bbSetOutputIOP(v_iop );
 110
 111    // Image Position (Patient)
 112    std::vector<double> v_ipp;
 113    const gdcm::DataElement &deIpp = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag((0x0020,0x0032)));
 114    deIpp.GetValue().Print(ss);
 115    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM3> ipp;
 116    ipp.Read( ss );
 117           for(i=0; i< 3; i++)
 118                 v_ipp.push_back((float)(ipp[i]));
 119    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 120
 121    std::vector<double> v_pixelspacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 122    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 123
 124    //double interslice; ?? ==1 NO?
 125     bbSetOutputInterSlice(v_pixelspacing[2]);
 126
 127    reader = vtkGDCMImageReader::New();
 128    reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
 129    reader->Update();
 130    reader->GetOutput();
 131    vtkIndent indent ;
 132    reader->GetOutput()->PrintSelf(std::cout, indent);
 133    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 134 }
 135 #endif
 136 void GetInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
 137 {
 138    reader=NULL;
 139 #if defined USE_GDCM
 140    f=NULL;
 141 #endif
 142    bbSetInputIn("");
 143 }
 144
 145 void GetInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
 146 {
 147 }
 148
 149
 150
 151 void GetInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 152 {
 153    if( reader )
 154    {
 155       reader->Delete();
 156       reader=NULL;
 157    }
 158 #if defined USE_GDCM
 159    if(f)
 160    {
 161       f->Delete();
 162       f=NULL;
 163    }
 164 #endif
 165 }
 166 }
 167
 168 // EO namespace bbgdcmvtk
 169
 170