packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetInfoGdcmReader.cxx

   1 #include "bbgdcmvtkGetInfoGdcmReader.h"
   2 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
   3
   4 #if defined USE_GDCM
   5         #include "gdcmFile.h"
   6         #include "gdcmFileHelper.h"
   7         #include "vtkImageData.h"
   8         #include "vtkGdcmReader.h"
   9 #endif
  10 #if defined USE_GDCM2
  11         #include <gdcmReader.h>
  12 //      #include "vtkImageData.h"
  13         #include <gdcmImageHelper.h>
  14         #include <vtkGDCMImageReader.h>
  15 #endif
  16 #include <vtkIndent.h>
  17
  18 namespace bbgdcmvtk
  19 {
  20
  21 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetInfoGdcmReader)
  22 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  23
  24 #if defined USE_GDCM
  25 void GetInfoGdcmReader::Process()
  26 {
  27         // Reset de reader, f
  28         bbUserFinalizeProcessing();
  29
  30    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  31    f->SetFileName( bbGetInputIn() );
  32    bool res = f->Load();
  33    if ( !res )
  34    {
  35       f->Delete();
  36       bbSetOutputOut(0);
  37       return;
  38    }
  39  // Get info from THE image file (only *one* as input)
  40    int i;
  41    std::vector<double> v_iop;
  42    float iop[6];
  43    f->GetImageOrientationPatient(iop);
  44
  45    for(i=0; i< 6; i++)
  46       v_iop.push_back(iop[i]);
  47    bbSetOutputIOP(v_iop );
  48
  49    std::vector<double> v_ipp;
  50    float ipp[3];
  51    f->GetImagePositionPatient(ipp);
  52
  53    for(i=0; i< 3; i++)
  54       v_ipp.push_back(ipp[i]);
  55    bbSetOutputIPP(v_ipp );
  56
  57    std::vector<double> v_pixelspacing;
  58    v_pixelspacing.push_back(f->GetXSpacing());
  59    v_pixelspacing.push_back(f->GetYSpacing());
  60
  61    if (f->GetZSize() != 1)
  62    {
  63       v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
  64    }
  65    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
  66
  67    //double interslice;
  68     bbSetOutputInterSlice(f->GetZSpacing());
  69
  70    reader = vtkGdcmReader::New();
  71    reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
  72    reader->Update();
  73    reader->GetOutput();
  74
  75    vtkIndent indent ;
  76    reader->GetOutput()->PrintSelf(std::cout, indent);
  77    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
  78 }
  79 #endif
  80
  81 #if defined USE_GDCM2
  82 void GetInfoGdcmReader::Process()
  83 {
  84         // Reset de reader, f
  85         bbUserFinalizeProcessing();
  86         gdcm::Reader *read = new gdcm::Reader();
  87         read->SetFileName( bbGetInputIn().c_str());
  88
  89         bool res = read->Read();
  90    if ( !res )
  91    {
  92       delete read;
  93       bbSetOutputOut(0);
  94       return;
  95    }
  96
  97  // Get info from THE image file (only *one* as input)
  98    const gdcm::File &f = read->GetFile();
  99
 100    // Image Orientation (Patient)
 101    int i;
 102    std::vector<double> v_iop;
 103    const gdcm::DataElement &deIop = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(0x0020, 0x0037));
 104    std::stringstream ss;
 105    deIop.GetValue().Print(ss);
 106    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM6> iop;
 107    iop.Read( ss );
 108    for(i=0; i< 6; i++)
 109       v_iop.push_back((float)(iop[i]));
 110    bbSetOutputIOP(v_iop );
 111
 112    // Image Position (Patient)
 113    std::vector<double> v_ipp;
 114    const gdcm::DataElement &deIpp = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag((0x0020,0x0032)));
 115    deIpp.GetValue().Print(ss);
 116    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM3> ipp;
 117    ipp.Read( ss );
 118           for(i=0; i< 3; i++)
 119                 v_ipp.push_back((float)(ipp[i]));
 120    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 121
 122    std::vector<double> v_pixelspacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 123    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 124
 125    //double interslice; ?? ==1 NO?
 126     bbSetOutputInterSlice(v_pixelspacing[2]);
 127
 128    reader = vtkGDCMImageReader::New();
 129    reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
 130    reader->Update();
 131    reader->GetOutput();
 132    vtkIndent indent ;
 133    reader->GetOutput()->PrintSelf(std::cout, indent);
 134    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 135 }
 136 #endif
 137
 138
 139 void GetInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
 140 {
 141 #if defined USE_GDCM2
 142    read=NULL;
 143 #endif
 144 #if defined USE_GDCM
 145    reader=NULL;
 146    f=NULL;
 147 #endif
 148    bbSetInputIn("");
 149 }
 150
 151
 152 void GetInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
 153 {
 154 }
 155
 156
 157 void GetInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 158 {
 159 #if defined USE_GDCM2
 160    if( reader )
 161    {
 162       reader->Delete();
 163       reader=NULL;
 164    }
 165 #endif
 166
 167 #if defined USE_GDCM
 168    if( reader )
 169    {
 170       reader->Delete();
 171       reader=NULL;
 172    }
 173
 174    if(f)
 175    {
 176       f->Delete();
 177       f=NULL;
 178    }
 179 #endif
 180 }
 181 }
 182
 183 // EO namespace bbgdcmvtk
 184
 185