packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetInfoGdcmReader.cxx

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la SantÈ)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27 #include "bbgdcmvtkGetInfoGdcmReader.h"
  28 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
  29
  30 #if defined USE_GDCM
  31         #include "gdcmFile.h"
  32         #include "gdcmFileHelper.h"
  33         #include "vtkImageData.h"
  34         #include "vtkGdcmReader.h"
  35 #endif
  36 #if defined USE_GDCM2
  37         #include <gdcmReader.h>
  38 //      #include "vtkImageData.h"
  39         #include <gdcmImageHelper.h>
  40         #include <vtkGDCMImageReader.h>
  41 #endif
  42 #include <vtkIndent.h>
  43
  44 namespace bbgdcmvtk
  45 {
  46
  47 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetInfoGdcmReader)
  48 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  49
  50 #if defined USE_GDCM
  51 void GetInfoGdcmReader::Process()
  52 {
  53         // Reset de reader, f
  54         bbUserFinalizeProcessing();
  55
  56    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  57    f->SetFileName( bbGetInputIn() );
  58    bool res = f->Load();
  59    if ( !res )
  60    {
  61       f->Delete();
  62       bbSetOutputOut(0);
  63       return;
  64    }
  65  // Get info from THE image file (only *one* as input)
  66    int i;
  67    std::vector<double> v_iop;
  68    float iop[6];
  69    f->GetImageOrientationPatient(iop);
  70
  71    for(i=0; i< 6; i++)
  72       v_iop.push_back(iop[i]);
  73    bbSetOutputIOP(v_iop );
  74
  75    std::vector<double> v_ipp;
  76    float ipp[3];
  77    f->GetImagePositionPatient(ipp);
  78
  79    for(i=0; i< 3; i++)
  80       v_ipp.push_back(ipp[i]);
  81    bbSetOutputIPP(v_ipp );
  82
  83    std::vector<double> v_pixelspacing;
  84    v_pixelspacing.push_back(f->GetXSpacing());
  85    v_pixelspacing.push_back(f->GetYSpacing());
  86
  87    if (f->GetZSize() != 1)
  88    {
  89       v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
  90    }
  91    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
  92
  93    //double interslice;
  94     bbSetOutputInterSlice(f->GetZSpacing());
  95
  96    reader = vtkGdcmReader::New();
  97    reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
  98    reader->Update();
  99    reader->GetOutput();
 100
 101    vtkIndent indent ;
 102 //   reader->GetOutput()->PrintSelf(std::cout, indent);
 103    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 104 }
 105 #endif
 106
 107 #if defined USE_GDCM2
 108 void GetInfoGdcmReader::Process()
 109 {
 110         // Reset de reader, f
 111         bbUserFinalizeProcessing();
 112         gdcm::Reader *read = new gdcm::Reader();
 113         read->SetFileName( bbGetInputIn().c_str());
 114
 115         bool res = read->Read();
 116    if ( !res )
 117    {
 118       delete read;
 119       bbSetOutputOut(0);
 120       return;
 121    }
 122
 123  // Get info from THE image file (only *one* as input)
 124    const gdcm::File &f = read->GetFile();
 125
 126    // Image Orientation (Patient)
 127    int i;
 128    std::vector<double> v_iop;
 129    const gdcm::DataElement &deIop = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(0x0020, 0x0037));
 130    std::stringstream ss;
 131    deIop.GetValue().Print(ss);
 132    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM6> iop;
 133    iop.Read( ss );
 134    for(i=0; i< 6; i++)
 135       v_iop.push_back((float)(iop[i]));
 136    bbSetOutputIOP(v_iop );
 137
 138    // Image Position (Patient)
 139    std::vector<double> v_ipp;
 140    const gdcm::DataElement &deIpp = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag((0x0020,0x0032)));
 141    deIpp.GetValue().Print(ss);
 142    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM3> ipp;
 143    ipp.Read( ss );
 144           for(i=0; i< 3; i++)
 145                 v_ipp.push_back((float)(ipp[i]));
 146    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 147
 148    std::vector<double> v_pixelspacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 149    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 150
 151    //double interslice; ?? ==1 NO?
 152     bbSetOutputInterSlice(v_pixelspacing[2]);
 153
 154    reader = vtkGDCMImageReader::New();
 155    reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
 156    reader->Update();
 157    reader->GetOutput();
 158    vtkIndent indent ;
 159    reader->GetOutput()->PrintSelf(std::cout, indent);
 160    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 161 }
 162 #endif
 163
 164
 165 void GetInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
 166 {
 167 #if defined USE_GDCM2
 168    reader=NULL;
 169 #endif
 170 #if defined USE_GDCM
 171    reader=NULL;
 172    f=NULL;
 173 #endif
 174    bbSetInputIn("");
 175 }
 176
 177
 178 void GetInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
 179 {
 180 }
 181
 182
 183 void GetInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 184 {
 185 #if defined USE_GDCM2
 186    if( reader )
 187    {
 188       reader->Delete();
 189       reader=NULL;
 190    }
 191 #endif
 192
 193 #if defined USE_GDCM
 194    if( reader )
 195    {
 196       reader->Delete();
 197       reader=NULL;
 198    }
 199
 200    if(f)
 201    {
 202       f->Delete();
 203       f=NULL;
 204    }
 205 #endif
 206 }
 207 }
 208
 209 // EO namespace bbgdcmvtk
 210
 211