packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetInfoGdcmReader.cxx

   1 # ---------------------------------------------------------------------
   2 #
   3 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   4 #                        pour la SantÈ)
   5 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   6 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   7 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   8 #
   9 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  10 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  11 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  12 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  13 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  14 #  or in the file LICENSE.txt.
  15 #
  16 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  17 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  18 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  19 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  20 #  liability.
  21 #
  22 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  23 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  24 # ------------------------------------------------------------------------ */
  25
  26 #include "bbgdcmvtkGetInfoGdcmReader.h"
  27 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
  28
  29 #if defined USE_GDCM
  30         #include "gdcmFile.h"
  31         #include "gdcmFileHelper.h"
  32         #include "vtkImageData.h"
  33         #include "vtkGdcmReader.h"
  34 #endif
  35 #if defined USE_GDCM2
  36         #include <gdcmReader.h>
  37 //      #include "vtkImageData.h"
  38         #include <gdcmImageHelper.h>
  39         #include <vtkGDCMImageReader.h>
  40 #endif
  41 #include <vtkIndent.h>
  42
  43 namespace bbgdcmvtk
  44 {
  45
  46 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetInfoGdcmReader)
  47 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  48
  49 #if defined USE_GDCM
  50 void GetInfoGdcmReader::Process()
  51 {
  52         // Reset de reader, f
  53         bbUserFinalizeProcessing();
  54
  55    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  56    f->SetFileName( bbGetInputIn() );
  57    bool res = f->Load();
  58    if ( !res )
  59    {
  60       f->Delete();
  61       bbSetOutputOut(0);
  62       return;
  63    }
  64  // Get info from THE image file (only *one* as input)
  65    int i;
  66    std::vector<double> v_iop;
  67    float iop[6];
  68    f->GetImageOrientationPatient(iop);
  69
  70    for(i=0; i< 6; i++)
  71       v_iop.push_back(iop[i]);
  72    bbSetOutputIOP(v_iop );
  73
  74    std::vector<double> v_ipp;
  75    float ipp[3];
  76    f->GetImagePositionPatient(ipp);
  77
  78    for(i=0; i< 3; i++)
  79       v_ipp.push_back(ipp[i]);
  80    bbSetOutputIPP(v_ipp );
  81
  82    std::vector<double> v_pixelspacing;
  83    v_pixelspacing.push_back(f->GetXSpacing());
  84    v_pixelspacing.push_back(f->GetYSpacing());
  85
  86    if (f->GetZSize() != 1)
  87    {
  88       v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
  89    }
  90    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
  91
  92    //double interslice;
  93     bbSetOutputInterSlice(f->GetZSpacing());
  94
  95    reader = vtkGdcmReader::New();
  96    reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
  97    reader->Update();
  98    reader->GetOutput();
  99
 100    vtkIndent indent ;
 101    reader->GetOutput()->PrintSelf(std::cout, indent);
 102    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 103 }
 104 #endif
 105
 106 #if defined USE_GDCM2
 107 void GetInfoGdcmReader::Process()
 108 {
 109         // Reset de reader, f
 110         bbUserFinalizeProcessing();
 111         gdcm::Reader *read = new gdcm::Reader();
 112         read->SetFileName( bbGetInputIn().c_str());
 113
 114         bool res = read->Read();
 115    if ( !res )
 116    {
 117       delete read;
 118       bbSetOutputOut(0);
 119       return;
 120    }
 121
 122  // Get info from THE image file (only *one* as input)
 123    const gdcm::File &f = read->GetFile();
 124
 125    // Image Orientation (Patient)
 126    int i;
 127    std::vector<double> v_iop;
 128    const gdcm::DataElement &deIop = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(0x0020, 0x0037));
 129    std::stringstream ss;
 130    deIop.GetValue().Print(ss);
 131    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM6> iop;
 132    iop.Read( ss );
 133    for(i=0; i< 6; i++)
 134       v_iop.push_back((float)(iop[i]));
 135    bbSetOutputIOP(v_iop );
 136
 137    // Image Position (Patient)
 138    std::vector<double> v_ipp;
 139    const gdcm::DataElement &deIpp = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag((0x0020,0x0032)));
 140    deIpp.GetValue().Print(ss);
 141    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM3> ipp;
 142    ipp.Read( ss );
 143           for(i=0; i< 3; i++)
 144                 v_ipp.push_back((float)(ipp[i]));
 145    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 146
 147    std::vector<double> v_pixelspacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 148    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 149
 150    //double interslice; ?? ==1 NO?
 151     bbSetOutputInterSlice(v_pixelspacing[2]);
 152
 153    reader = vtkGDCMImageReader::New();
 154    reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
 155    reader->Update();
 156    reader->GetOutput();
 157    vtkIndent indent ;
 158    reader->GetOutput()->PrintSelf(std::cout, indent);
 159    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 160 }
 161 #endif
 162
 163
 164 void GetInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
 165 {
 166 #if defined USE_GDCM2
 167    read=NULL;
 168 #endif
 169 #if defined USE_GDCM
 170    reader=NULL;
 171    f=NULL;
 172 #endif
 173    bbSetInputIn("");
 174 }
 175
 176
 177 void GetInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
 178 {
 179 }
 180
 181
 182 void GetInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 183 {
 184 #if defined USE_GDCM2
 185    if( reader )
 186    {
 187       reader->Delete();
 188       reader=NULL;
 189    }
 190 #endif
 191
 192 #if defined USE_GDCM
 193    if( reader )
 194    {
 195       reader->Delete();
 196       reader=NULL;
 197    }
 198
 199    if(f)
 200    {
 201       f->Delete();
 202       f=NULL;
 203    }
 204 #endif
 205 }
 206 }
 207
 208 // EO namespace bbgdcmvtk
 209
 210