packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetInfoGdcmReader.cxx

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la SantÈ)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27 #include "bbgdcmvtkGetInfoGdcmReader.h"
  28 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
  29
  30 #if defined USE_GDCM
  31         #include "gdcmFile.h"
  32         #include "gdcmFileHelper.h"
  33         #include "vtkImageData.h"
  34         #include "vtkGdcmReader.h"
  35 #endif
  36 #if defined USE_GDCM2
  37         #include <gdcmReader.h>
  38 //      #include "vtkImageData.h"
  39         #include <gdcmImageHelper.h>
  40         #include <vtkGDCMImageReader.h>
  41 #endif
  42 #include <vtkIndent.h>
  43
  44 namespace bbgdcmvtk
  45 {
  46
  47 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetInfoGdcmReader)
  48 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  49
  50 #if defined USE_GDCM
  51 void GetInfoGdcmReader::Process()
  52 {
  53         // Reset de reader, f
  54         bbUserFinalizeProcessing();
  55
  56    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  57    f->SetFileName( bbGetInputIn() );
  58    bool res = f->Load();
  59    if ( !res )
  60    {
  61       f->Delete();
  62       bbSetOutputOut(0);
  63       return;
  64    }
  65  // Get info from THE image file (only *one* as input)
  66    int i;
  67    std::vector<double> v_iop;
  68    float iop[6];
  69    f->GetImageOrientationPatient(iop);
  70
  71    for(i=0; i< 6; i++)
  72       v_iop.push_back(iop[i]);
  73    bbSetOutputIOP(v_iop );
  74
  75    std::vector<double> v_ipp;
  76    float ipp[3];
  77    f->GetImagePositionPatient(ipp);
  78
  79    for(i=0; i< 3; i++)
  80         {
  81       v_ipp.push_back(ipp[i]);
  82         } // for i
  83    bbSetOutputIPP(v_ipp );
  84
  85    std::vector<double> v_pixelspacing;
  86    v_pixelspacing.push_back(f->GetXSpacing());
  87    v_pixelspacing.push_back(f->GetYSpacing());
  88
  89    if (f->GetZSize() != 1)
  90    {
  91       v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
  92    } // if size
  93    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
  94
  95    //double interslice;
  96     bbSetOutputInterSlice(f->GetZSpacing());
  97
  98    reader = vtkGdcmReader::New();
  99    reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
 100    reader->SetFlipY(true);
 101    reader->Update();
 102    reader->GetOutput();
 103
 104 //   vtkIndent indent ;
 105 //   reader->GetOutput()->PrintSelf(std::cout, indent);
 106    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 107 }
 108 #endif
 109
 110 #if defined USE_GDCM2
 111 void GetInfoGdcmReader::Process()
 112 {
 113         // Reset de reader, f
 114         bbUserFinalizeProcessing();
 115         gdcm::Reader *read = new gdcm::Reader();
 116         read->SetFileName( bbGetInputIn().c_str());
 117
 118         bool res = read->Read();
 119    if ( !res )
 120    {
 121       delete read;
 122       bbSetOutputOut(0);
 123       return;
 124    }
 125
 126  // Get info from THE image file (only *one* as input)
 127    const gdcm::File &f = read->GetFile();
 128
 129    // Image Orientation (Patient)
 130    int i;
 131    std::vector<double> v_iop;
 132    const gdcm::DataElement &deIop = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(0x0020, 0x0037));
 133    std::stringstream ss;
 134    deIop.GetValue().Print(ss);
 135    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM6> iop;
 136    iop.Read( ss );
 137    for(i=0; i< 6; i++)
 138         {
 139       v_iop.push_back((float)(iop[i]));
 140         } // for i
 141    bbSetOutputIOP(v_iop );
 142
 143    // Image Position (Patient)
 144    std::vector<double> v_ipp;
 145    const gdcm::DataElement &deIpp = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag((0x0020,0x0032)));
 146    deIpp.GetValue().Print(ss);
 147    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM3> ipp;
 148    ipp.Read( ss );
 149    for(i=0; i< 3; i++)
 150         {
 151                 v_ipp.push_back((float)(ipp[i]));
 152         } // for
 153    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 154
 155    std::vector<double> v_pixelspacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 156    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 157
 158    //double interslice; ?? ==1 NO?
 159     bbSetOutputInterSlice(v_pixelspacing[2]);
 160
 161    reader = vtkGDCMImageReader::New();
 162    reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
 163    reader->Update();
 164    reader->GetOutput();
 165    vtkIndent indent ;
 166    reader->GetOutput()->PrintSelf(std::cout, indent);
 167    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 168 }
 169 #endif
 170
 171
 172 void GetInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
 173 {
 174 #if defined USE_GDCM2
 175    reader=NULL;
 176 #endif
 177 #if defined USE_GDCM
 178    reader=NULL;
 179    f=NULL;
 180 #endif
 181    bbSetInputIn("");
 182 }
 183
 184
 185 void GetInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
 186 {
 187 }
 188
 189
 190 void GetInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 191 {
 192 #if defined USE_GDCM2
 193    if( reader )
 194    {
 195       reader->Delete();
 196       reader=NULL;
 197    }
 198 #endif
 199
 200 #if defined USE_GDCM
 201    if( reader )
 202    {
 203       reader->Delete();
 204       reader=NULL;
 205    }
 206
 207    if(f)
 208    {
 209       f->Delete();
 210       f=NULL;
 211    }
 212 #endif
 213 }
 214 }
 215
 216 // EO namespace bbgdcmvtk
 217
 218