packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.cxx

   1 #include "bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.h"
   2 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
   3
   4 #include "gdcmFile.h"
   5 #include "gdcmFileHelper.h"
   6 #include "vtkImageData.h"
   7 #include "vtkGdcmReader.h"
   8 #include <vtkIndent.h>
   9
  10 namespace bbgdcmvtk
  11 {
  12
  13 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetXCoherentInfoGdcmReader)
  14 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetXCoherentInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  15 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
  16 {
  17  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
  18    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  19    f->SetFileName( bbGetInputIn()[0] );
  20    bool res = f->Load();
  21    if ( !res )
  22    {
  23       f->Delete();
  24       bbSetOutputOut(0);
  25       return;
  26    }
  27  // Get info from the first image file
  28    int i;
  29    std::vector<double> v_iop;
  30    float iop[6];
  31    f->GetImageOrientationPatient(iop);
  32
  33    for(i=0; i< 6; i++)
  34       v_iop.push_back(iop[i]);
  35    bbSetOutputIOP(v_iop );
  36
  37    std::vector<double> v_ipp;
  38    float ipp[3];
  39    f->GetImagePositionPatient(ipp);
  40
  41    for(i=0; i< 3; i++)
  42       v_ipp.push_back(ipp[i]);
  43    bbSetOutputIPP(v_ipp );
  44
  45 // Add *all the files* to the SerieHelper
  46    sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
  47    std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
  48
  49    for(std::vector<std::string>::iterator it = gii.begin();
  50                                           it != gii.end();
  51                                         ++it)
  52    {
  53       sh->AddFileName(*it);
  54    }
  55
  56    GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator it;
  57    GDCM_NAME_SPACE::FileList *l;
  58
  59    // Should only contain one!
  60    l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
  61
  62    int nbFiles;
  63    double zspacing = 0.;
  64    nbFiles = l->size() ;
  65    sh->OrderFileList(l); // this one should compute the *actual* Z Spacing!
  66    zspacing = sh->GetZSpacing();
  67    std::vector<double> v_pixelspacing;
  68    v_pixelspacing.push_back( f->GetXSpacing() );
  69    v_pixelspacing.push_back( f->GetYSpacing() );
  70    v_pixelspacing.push_back( zspacing );
  71 //   if (f->GetZSize() != 1) {
  72 //      v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
  73 //   }
  74    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
  75
  76    if (reader!=NULL)
  77    {
  78       reader->Delete();
  79       reader=NULL;
  80    }
  81    reader = vtkGdcmReader::New();
  82    //reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
  83    reader->SetCoherentFileList(l);
  84    reader->Update();
  85    reader->GetOutput();
  86
  87    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
  88 }
  89
  90 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
  91 {
  92    std::vector<std::string> init;
  93    init.push_back("");
  94    bbSetInputIn(init);
  95    reader=NULL;
  96 }
  97
  98 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
  99 {
 100
 101 }
 102
 103 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 104 {
 105    if(reader)
 106       reader->Delete();
 107    if(f)
 108       f->Delete();
 109    if(sh)
 110       sh->Delete();
 111 }
 112
 113 }
 114 // EO namespace bbgdcmvtk