packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.cxx

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la SantÈ)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27 #include "bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.h"
  28 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
  29
  30 #include "gdcmFile.h"
  31 #include "vtkImageData.h"
  32 #include <vtkIndent.h>
  33
  34 #if defined USE_GDCM
  35         #include "gdcmFileHelper.h"
  36 #endif
  37
  38 #if defined USE_GDCM2
  39         #include <gdcmReader.h>
  40         #include <gdcmImageHelper.h>
  41         #include <gdcmIPPSorter.h>
  42         #include <vtkGDCMImageReader.h>
  43         #include "vtkStringArray.h"
  44 #endif
  45
  46 namespace bbgdcmvtk
  47 {
  48
  49 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetXCoherentInfoGdcmReader)
  50 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetXCoherentInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  51
  52
  53 vtkImageData* GetXCoherentInfoGdcmReader::CreateDefaultImage()
  54 {
  55         int i;
  56         int sizeX, sizeY, sizeZ;
  57         sizeX = 200;
  58         sizeY = sizeX;
  59         sizeZ = 1;
  60         vtkImageData *newImage = vtkImageData::New();
  61         newImage->Initialize();
  62         newImage->SetSpacing( 1,1,1 );
  63         newImage->SetDimensions(  sizeX,sizeY,sizeZ );
  64         newImage->SetExtent(0,  sizeX-1,0,sizeY-1,0,sizeZ-1 );
  65
  66 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
  67 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
  68         newImage->SetWholeExtent(0,  sizeX-1,0,sizeY-1,0,sizeZ-1 );
  69         newImage->SetScalarTypeToUnsignedChar();
  70         newImage->SetNumberOfScalarComponents(1);
  71         newImage->AllocateScalars();
  72         newImage->Update();
  73 #else
  74         newImage->AllocateScalars(VTK_UNSIGNED_CHAR,1);
  75 #endif
  76
  77         memset ( (void*)newImage->GetScalarPointer(), 0, sizeX*sizeY*1 );
  78         for (i=0; i<sizeX; i++)
  79         {
  80                 newImage->SetScalarComponentFromDouble(i,i,0, 0, 255 );
  81                 newImage->SetScalarComponentFromDouble(i,sizeY-1-i,0, 0, 255 );
  82         } // for i
  83         return newImage;
  84 }
  85
  86
  87 #if defined USE_GDCM
  88
  89 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process2()
  90 {
  91     printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process >>>>>> \n" );
  92     GDCM_NAME_SPACE::FileList   lstFiles;
  93     int i,size=bbGetInputIn().size();
  94     for (i=0;i<size;i++)
  95     {
  96         printf("a: %s\n",bbGetInputIn()[i].c_str() );
  97         f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  98         f->SetFileName( bbGetInputIn()[i] );
  99         bool res = f->Load();
 100         if ( res==true )
 101         {
 102             lstFiles.push_back(f);
 103         }
 104     } // for
 105     sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
 106     sh->ImagePositionPatientOrdering( &lstFiles );
 107     size=lstFiles.size();
 108     for (i=0;i<size;i++)
 109     {
 110         printf("d:  %s\n", lstFiles[i]->GetFileName().c_str() );
 111     } // for
 112 }
 113
 114
 115 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
 116 {
 117  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
 118    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 119
 120         if ( bbGetInputIn().size()!=0 )
 121         {
 122                 f->SetFileName( bbGetInputIn()[0] );
 123         } else {
 124                 f->SetFileName( "" );
 125         } // if
 126
 127    bool res = f->Load();
 128    if ( !res )
 129    {
 130                 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process resultImage NULL\n");
 131         f->Delete();
 132         bbSetOutputOut( CreateDefaultImage() );
 133         return;
 134    } // if res
 135
 136  // Get info from the first image file
 137    int i;
 138    std::vector<double> v_iop;
 139    float iop[6];
 140    f->GetImageOrientationPatient(iop);
 141
 142    for(i=0; i< 6; i++)
 143         {
 144       v_iop.push_back(iop[i]);
 145         } // for i
 146    bbSetOutputIOP(v_iop );
 147
 148 // EED 2022-12-15
 149 //   std::vector<double> v_ipp;
 150 //   float ipp[3];
 151 //   f->GetImagePositionPatient(ipp);
 152 //   for(i=0; i< 3; i++)
 153 //      {
 154 //      v_ipp.push_back(ipp[i]);
 155 //      } // for i
 156 //   bbSetOutputIPP(v_ipp );
 157
 158 // EED 2023-01-13
 159     GDCM_NAME_SPACE::FileList   lstFiles;
 160     GDCM_NAME_SPACE::FileList   *l;
 161
 162     if (bbGetInputRespectSerieUID()==false)
 163     {
 164         int i,size=bbGetInputIn().size();
 165         for (i=0;i<size;i++)
 166         {
 167             f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 168             f->SetFileName( bbGetInputIn()[i] );
 169             bool res = f->Load();
 170             if ( res==true )
 171             {
 172                 lstFiles.push_back(f);
 173             }
 174         } // for i
 175         sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
 176         l = &lstFiles;
 177         sh->ImagePositionPatientOrdering( l );
 178     } else{
 179     // Add *all the files* to the SerieHelper
 180        sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
 181        std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 182        for(std::vector<std::string>::iterator it = gii.begin();
 183                                               it != gii.end();
 184                                             ++it)
 185        {
 186           sh->AddFileName(*it);
 187        } //for vector
 188        GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator it;
 189        // Should only contain one!
 190        l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 191         if (l==NULL)
 192         {
 193             return;
 194         }
 195     } // if  bbGetInputForceRead
 196
 197    double zspacing = 0.;
 198    sh->OrderFileList(l); // this one should compute the *actual* Z Spacing!
 199    zspacing             = sh->GetZSpacing();
 200    std::vector<double> v_pixelspacing;
 201    v_pixelspacing.push_back( f->GetXSpacing() );
 202    v_pixelspacing.push_back( f->GetYSpacing() );
 203    v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 204 //   if (f->GetZSize() != 1) {
 205 //      v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
 206 //   }
 207    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 208
 209         VectorMapInfoDicom vectormapinfodicom;
 210         uint16_t group;
 211         uint16_t elem;
 212         std::string key;
 213         std::string strTagValue;  // read on disc
 214         int iTag,sizeDicomTagsVector=bbGetInputDicomTags().size();
 215         GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator iitt = l->begin();
 216     float px,py,pz;
 217
 218     std::vector<std::string> lstFileNames;
 219
 220     for ( ; iitt != l->end(); ++iitt)
 221         {
 222         lstFileNames.push_back( (*iitt)->GetFileName() );
 223         // EED 2022-12-15
 224         if ( iitt == l->begin() )   // The first ordered element IPP
 225         {
 226             group       = 0;
 227             elem        = 0;
 228             strTagValue = std::string("void");
 229             sscanf("D0020_0032","D%04hx_%04hx",&group,&elem);
 230             strTagValue = (*iitt)->GetEntryString(group,elem);
 231             sscanf(strTagValue.c_str(),"%f\\%f\\%f\\%f", &px , &py , &pz);
 232             std::vector<double> v_ipp;
 233             v_ipp.push_back( (double)px );
 234             v_ipp.push_back( (double)py );
 235             v_ipp.push_back( (double)pz );
 236             bbSetOutputIPP(v_ipp );
 237         } // if first elemetn  get IPP
 238
 239                 MapInfoDicom mapinfodicom;
 240                 for (iTag=0; iTag<sizeDicomTagsVector; iTag++)
 241                 {
 242                         key = bbGetInputDicomTags()[iTag];
 243                         group = elem = 0;
 244                         if ( (key.size()==10) && (key[0] == 'D') && (key[5] == '_') )
 245                         {
 246                                 sscanf(key.c_str(),"D%04hx_%04hx ",&group,&elem);
 247                         }// if key
 248                         strTagValue = (*iitt)->GetEntryString(group,elem);
 249                         mapinfodicom.insert ( std::pair<std::string,std::string>(key,strTagValue) );
 250                 } // for iTag
 251                 vectormapinfodicom.push_back( mapinfodicom );
 252    } // for iitt
 253    bbSetOutputDicomInfo( vectormapinfodicom );
 254    bbSetOutputOutFileNames( lstFileNames );
 255
 256         if (bbGetInputReadRaw()==true)
 257         {
 258            if (reader!=NULL)
 259            {
 260                   reader->Delete();
 261                   reader = NULL;
 262            }
 263            reader = vtkGdcmReader::New();
 264                 //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
 265                 reader->SetFlipY(false);
 266            //reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
 267            reader->SetCoherentFileList(l);
 268            reader->Update();
 269            reader->GetOutput();
 270            bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 271         } // if bGetInputReadRaw
 272 }
 273 #endif
 274 // endif USE_GDCM
 275
 276
 277 #if defined USE_GDCM2
 278 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
 279 {
 280 //      printf("GetXCoherentInfoGdcmReader   %d files.\n", bbGetInputIn().size() );
 281  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
 282         gdcm::Reader *read = new gdcm::Reader();
 283         reader->SetFileName( bbGetInputIn()[0].c_str() );
 284         bool res = read->Read();
 285         if ( !res )
 286         {
 287         delete read;
 288         bbSetOutputOut(NULL);
 289         return;
 290         }
 291
 292  // Get info from the first image file
 293    const gdcm::File &f = read->GetFile();
 294    int i;
 295    std::vector<double> v_iop;
 296    const gdcm::DataElement &deIop = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(0x0020, 0x0037));
 297    std::stringstream ss;
 298    deIop.GetValue().Print(ss);
 299    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM6> iop;
 300    iop.Read( ss );
 301    for(i=0; i< 6; i++)
 302    {
 303         v_iop.push_back((float)(iop[i]));
 304    }
 305    bbSetOutputIOP(v_iop );
 306
 307    std::vector<double> v_ipp;
 308    const gdcm::DataElement &deIpp = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag((0x0020,0x0032)));
 309    deIpp.GetValue().Print(ss);
 310    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM3> ipp;
 311    ipp.Read( ss );
 312    for(i=0; i< 3; i++)
 313         {
 314                 v_ipp.push_back((float)(ipp[i]));
 315         } // for 3
 316    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 317
 318 // Add *all the files* to the IPPsorter
 319      gdcm::IPPSorter s;
 320          s.SetComputeZSpacing( true );
 321      s.SetZSpacingTolerance( 1e-3 );
 322      std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 323      s.Sort(gii);
 324
 325          //l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 326          // no Test if we have multiple series
 327          //s.GetFilenames();
 328          //int nbFiles;
 329
 330         double zspacing = 0.;
 331         zspacing = s.GetZSpacing();
 332         std::vector<double> v_pixelspacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 333         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[0] );
 334         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[1] );
 335         v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 336         bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 337
 338    if (reader!=NULL)
 339    {
 340       reader->Delete();
 341       reader=NULL;
 342    }
 343    reader = vtkGDCMImageReader::New();
 344    vtkStringArray *files = vtkStringArray::New();
 345    std::vector< std::string >::const_iterator it = s.GetFilenames().begin();
 346    for( ; it != s.GetFilenames().end(); ++it)
 347    {
 348           const std::string &f = *it;
 349       files->InsertNextValue( f.c_str() );
 350    }
 351    reader->SetFileNames(files);
 352    reader->Update();
 353    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 354 }
 355 #endif
 356 // endif USE_GDCM2
 357
 358 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
 359 {
 360    reader=NULL;
 361    std::vector<std::string> init;
 362    init.push_back("");
 363    bbSetInputIn(init);
 364    bbSetInputReadRaw(true);
 365    bbSetInputRespectSerieUID(true);
 366    //reader=NULL;   /// \TODO fixme JPR
 367 }
 368
 369 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
 370 {
 371 }
 372
 373 #if defined USE_GDCM
 374 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 375 {
 376    if(reader)
 377         {
 378       reader->Delete();
 379         } // if reader
 380    if(f)
 381         {
 382       f->Delete();
 383         } // if f
 384    if(sh)
 385         {
 386       sh->Delete();
 387         } // if sh
 388 }
 389 #endif
 390
 391 #if defined USE_GDCM2
 392 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 393 {
 394    if(reader)
 395         {
 396       reader->Delete();
 397         }
 398 }
 399 #endif
 400
 401 }
 402 // EO namespace bbgdcmvtk