packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.cxx

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la SantÈ)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
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  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
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  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27 #include "bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.h"
  28 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
  29
  30 #include "gdcmFile.h"
  31 #include "vtkImageData.h"
  32 #include <vtkIndent.h>
  33
  34 #if defined USE_GDCM
  35         #include "gdcmFileHelper.h"
  36 #endif
  37
  38 #if defined USE_GDCM2
  39         #include <gdcmReader.h>
  40         #include <gdcmImageHelper.h>
  41         #include <gdcmIPPSorter.h>
  42         #include <vtkGDCMImageReader.h>
  43         #include "vtkStringArray.h"
  44 #endif
  45
  46 namespace bbgdcmvtk
  47 {
  48
  49 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetXCoherentInfoGdcmReader)
  50 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetXCoherentInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  51
  52
  53 vtkImageData* GetXCoherentInfoGdcmReader::CreateDefaultImage()
  54 {
  55         int i;
  56         int sizeX, sizeY, sizeZ;
  57         sizeX = 200;
  58         sizeY = sizeX;
  59         sizeZ = 1;
  60         vtkImageData *newImage = vtkImageData::New();
  61         newImage->Initialize();
  62         newImage->SetSpacing( 1,1,1 );
  63         newImage->SetDimensions(  sizeX,sizeY,sizeZ );
  64         newImage->SetExtent(0,  sizeX-1,0,sizeY-1,0,sizeZ-1 );
  65
  66 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
  67 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
  68         newImage->SetWholeExtent(0,  sizeX-1,0,sizeY-1,0,sizeZ-1 );
  69         newImage->SetScalarTypeToUnsignedChar();
  70         newImage->SetNumberOfScalarComponents(1);
  71         newImage->AllocateScalars();
  72         newImage->Update();
  73 #else
  74         newImage->AllocateScalars(VTK_UNSIGNED_CHAR,1);
  75 #endif
  76
  77         memset ( (void*)newImage->GetScalarPointer(), 0, sizeX*sizeY*1 );
  78         for (i=0; i<sizeX; i++)
  79         {
  80                 newImage->SetScalarComponentFromDouble(i,i,0, 0, 255 );
  81                 newImage->SetScalarComponentFromDouble(i,sizeY-1-i,0, 0, 255 );
  82         } // for i
  83         return newImage;
  84 }
  85
  86
  87 #if defined USE_GDCM
  88 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
  89 {
  90  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
  91    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  92
  93         if ( bbGetInputIn().size()!=0 )
  94         {
  95                 f->SetFileName( bbGetInputIn()[0] );
  96         } else {
  97                 f->SetFileName( "" );
  98         } // if
  99
 100    bool res = f->Load();
 101    if ( !res )
 102    {
 103                 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process resultImage NULL\n");
 104         f->Delete();
 105         bbSetOutputOut( CreateDefaultImage() );
 106         return;
 107    } // if res
 108
 109  // Get info from the first image file
 110    int i;
 111    std::vector<double> v_iop;
 112    float iop[6];
 113    f->GetImageOrientationPatient(iop);
 114
 115    for(i=0; i< 6; i++)
 116         {
 117       v_iop.push_back(iop[i]);
 118         } // for i
 119    bbSetOutputIOP(v_iop );
 120
 121    std::vector<double> v_ipp;
 122    float ipp[3];
 123    f->GetImagePositionPatient(ipp);
 124
 125    for(i=0; i< 3; i++)
 126         {
 127       v_ipp.push_back(ipp[i]);
 128         } // for i
 129    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 130
 131 // Add *all the files* to the SerieHelper
 132    sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
 133    std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 134
 135    for(std::vector<std::string>::iterator it = gii.begin();
 136                                           it != gii.end();
 137                                         ++it)
 138    {
 139       sh->AddFileName(*it);
 140    } //for vector
 141
 142    GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator it;
 143    GDCM_NAME_SPACE::FileList *l;
 144
 145    // Should only contain one!
 146    l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 147
 148         if (l==NULL)
 149         {
 150                 return;
 151         }
 152
 153    double zspacing = 0.;
 154    sh->OrderFileList(l); // this one should compute the *actual* Z Spacing!
 155    zspacing             = sh->GetZSpacing();
 156    std::vector<double> v_pixelspacing;
 157    v_pixelspacing.push_back( f->GetXSpacing() );
 158    v_pixelspacing.push_back( f->GetYSpacing() );
 159    v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 160 //   if (f->GetZSize() != 1) {
 161 //      v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
 162 //   }
 163    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 164
 165         VectorMapInfoDicom vectormapinfodicom;
 166         uint16_t group;
 167         uint16_t elem;
 168         std::string key;
 169         std::string strTagValue;  // read on disc
 170         int iTag,sizeDicomTagsVector=bbGetInputDicomTags().size();
 171         GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator iitt = l->begin();
 172         //iitt ++;
 173
 174         for ( ; iitt != l->end(); ++iitt)
 175         {
 176                 MapInfoDicom mapinfodicom;
 177                 for (iTag=0; iTag<sizeDicomTagsVector; iTag++)
 178                 {
 179                         key = bbGetInputDicomTags()[iTag];
 180                         group = elem = 0;
 181                         if ( (key.size()==10) && (key[0] == 'D') && (key[5] == '_') )
 182                         {
 183                                 sscanf(key.c_str(),"D%04hx_%04hx ",&group,&elem);
 184                         }// if key
 185                         strTagValue = (*iitt)->GetEntryString(group,elem);
 186                         mapinfodicom.insert ( std::pair<std::string,std::string>(key,strTagValue) );
 187                 } // for iTag
 188
 189                 vectormapinfodicom.push_back( mapinfodicom );
 190    } // for iitt
 191    bbSetOutputDicomInfo( vectormapinfodicom );
 192
 193         if (bbGetInputReadRaw()==true)
 194         {
 195            if (reader!=NULL)
 196            {
 197                   reader->Delete();
 198                   reader = NULL;
 199            }
 200            reader = vtkGdcmReader::New();
 201                 //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
 202                 reader->SetFlipY(false);
 203            //reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
 204            reader->SetCoherentFileList(l);
 205            reader->Update();
 206            reader->GetOutput();
 207            bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 208         } // if bGetInputReadRaw
 209 }
 210 #endif
 211 // endif USE_GDCM
 212
 213 #if defined USE_GDCM2
 214 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
 215 {
 216  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
 217         gdcm::Reader *read = new gdcm::Reader();
 218         reader->SetFileName( bbGetInputIn()[0].c_str() );
 219         bool res = read->Read();
 220         if ( !res )
 221         {
 222         delete read;
 223         bbSetOutputOut(NULL);
 224         return;
 225         }
 226
 227  // Get info from the first image file
 228    const gdcm::File &f = read->GetFile();
 229    int i;
 230    std::vector<double> v_iop;
 231    const gdcm::DataElement &deIop = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(0x0020, 0x0037));
 232    std::stringstream ss;
 233    deIop.GetValue().Print(ss);
 234    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM6> iop;
 235    iop.Read( ss );
 236    for(i=0; i< 6; i++)
 237    {
 238         v_iop.push_back((float)(iop[i]));
 239    }
 240    bbSetOutputIOP(v_iop );
 241
 242    std::vector<double> v_ipp;
 243    const gdcm::DataElement &deIpp = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag((0x0020,0x0032)));
 244    deIpp.GetValue().Print(ss);
 245    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM3> ipp;
 246    ipp.Read( ss );
 247    for(i=0; i< 3; i++)
 248         {
 249                 v_ipp.push_back((float)(ipp[i]));
 250         } // for 3
 251    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 252
 253 // Add *all the files* to the IPPsorter
 254      gdcm::IPPSorter s;
 255          s.SetComputeZSpacing( true );
 256      s.SetZSpacingTolerance( 1e-3 );
 257      std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 258      s.Sort(gii);
 259
 260          //l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 261          // no Test if we have multiple series
 262          //s.GetFilenames();
 263          //int nbFiles;
 264
 265         double zspacing = 0.;
 266         zspacing = s.GetZSpacing();
 267         std::vector<double> v_pixelspacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 268         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[0] );
 269         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[1] );
 270         v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 271         bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 272
 273    if (reader!=NULL)
 274    {
 275       reader->Delete();
 276       reader=NULL;
 277    }
 278    reader = vtkGDCMImageReader::New();
 279    vtkStringArray *files = vtkStringArray::New();
 280    std::vector< std::string >::const_iterator it = s.GetFilenames().begin();
 281    for( ; it != s.GetFilenames().end(); ++it)
 282    {
 283           const std::string &f = *it;
 284       files->InsertNextValue( f.c_str() );
 285    }
 286    reader->SetFileNames(files);
 287    reader->Update();
 288    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 289 }
 290 #endif
 291 // endif USE_GDCM2
 292
 293 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
 294 {
 295    reader=NULL;
 296    std::vector<std::string> init;
 297    init.push_back("");
 298    bbSetInputIn(init);
 299    bbSetInputReadRaw(true);
 300    //reader=NULL;   /// \TODO fixme JPR
 301 }
 302
 303 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
 304 {
 305
 306 }
 307
 308 #if defined USE_GDCM
 309 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 310 {
 311    if(reader)
 312         {
 313       reader->Delete();
 314         } // if reader
 315    if(f)
 316         {
 317       f->Delete();
 318         } // if f
 319    if(sh)
 320         {
 321       sh->Delete();
 322         } // if sh
 323 }
 324 #endif
 325
 326 #if defined USE_GDCM2
 327 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 328 {
 329    if(reader)
 330         {
 331       reader->Delete();
 332         }
 333 }
 334 #endif
 335
 336 }
 337 // EO namespace bbgdcmvtk