packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.cxx

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la SantÈ)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
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  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27 #include "bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.h"
  28 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
  29
  30 #include "gdcmFile.h"
  31 #include "vtkImageData.h"
  32 #include <vtkIndent.h>
  33
  34 #if defined USE_GDCM
  35         #include "gdcmFileHelper.h"
  36 #endif
  37
  38 #if defined USE_GDCM2
  39         #include <gdcmReader.h>
  40         #include <gdcmImageHelper.h>
  41         #include <gdcmIPPSorter.h>
  42         #include <vtkGDCMImageReader.h>
  43         #include "vtkStringArray.h"
  44 #endif
  45
  46 namespace bbgdcmvtk
  47 {
  48
  49 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetXCoherentInfoGdcmReader)
  50 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetXCoherentInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  51
  52
  53 vtkImageData* GetXCoherentInfoGdcmReader::CreateDefaultImage()
  54 {
  55         int i;
  56         int sizeX, sizeY, sizeZ;
  57         sizeX = 200;
  58         sizeY = sizeX;
  59         sizeZ = 1;
  60         vtkImageData *newImage = vtkImageData::New();
  61         newImage->Initialize();
  62         newImage->SetSpacing( 1,1,1 );
  63         newImage->SetDimensions(  sizeX,sizeY,sizeZ );
  64         newImage->SetExtent(0,  sizeX-1,0,sizeY-1,0,sizeZ-1 );
  65
  66 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
  67 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
  68         newImage->SetWholeExtent(0,  sizeX-1,0,sizeY-1,0,sizeZ-1 );
  69         newImage->SetScalarTypeToUnsignedChar();
  70         newImage->SetNumberOfScalarComponents(1);
  71         newImage->AllocateScalars();
  72         newImage->Update();
  73 #else
  74         newImage->AllocateScalars(VTK_UNSIGNED_CHAR,1);
  75 #endif
  76
  77         memset ( (void*)newImage->GetScalarPointer(), 0, sizeX*sizeY*1 );
  78         for (i=0; i<sizeX; i++)
  79         {
  80                 newImage->SetScalarComponentFromDouble(i,i,0, 0, 255 );
  81                 newImage->SetScalarComponentFromDouble(i,sizeY-1-i,0, 0, 255 );
  82         } // for i
  83         return newImage;
  84 }
  85
  86
  87 #if defined USE_GDCM
  88 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
  89 {
  90
  91  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
  92    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  93
  94         if ( bbGetInputIn().size()!=0 )
  95         {
  96                 f->SetFileName( bbGetInputIn()[0] );
  97         } else {
  98                 f->SetFileName( "" );
  99         } // if
 100
 101    bool res = f->Load();
 102    if ( !res )
 103    {
 104                 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process resultImage NULL\n");
 105         f->Delete();
 106         bbSetOutputOut( CreateDefaultImage() );
 107         return;
 108    } // if res
 109  // Get info from the first image file
 110    int i;
 111    std::vector<double> v_iop;
 112    float iop[6];
 113    f->GetImageOrientationPatient(iop);
 114
 115    for(i=0; i< 6; i++)
 116         {
 117       v_iop.push_back(iop[i]);
 118         } // for i
 119    bbSetOutputIOP(v_iop );
 120
 121    std::vector<double> v_ipp;
 122    float ipp[3];
 123    f->GetImagePositionPatient(ipp);
 124
 125    for(i=0; i< 3; i++)
 126         {
 127       v_ipp.push_back(ipp[i]);
 128         } // for i
 129    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 130
 131 // Add *all the files* to the SerieHelper
 132    sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
 133    std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 134
 135    for(std::vector<std::string>::iterator it = gii.begin();
 136                                           it != gii.end();
 137                                         ++it)
 138    {
 139       sh->AddFileName(*it);
 140    } //for vector
 141
 142
 143    GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator it;
 144    GDCM_NAME_SPACE::FileList *l;
 145
 146    // Should only contain one!
 147    l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 148
 149    double zspacing = 0.;
 150    sh->OrderFileList(l); // this one should compute the *actual* Z Spacing!
 151    zspacing             = sh->GetZSpacing();
 152    std::vector<double> v_pixelspacing;
 153    v_pixelspacing.push_back( f->GetXSpacing() );
 154    v_pixelspacing.push_back( f->GetYSpacing() );
 155    v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 156 //   if (f->GetZSize() != 1) {
 157 //      v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
 158 //   }
 159    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 160
 161         VectorMapInfoDicom vectormapinfodicom;
 162         uint16_t group;
 163         uint16_t elem;
 164         std::string key;
 165         std::string strTagValue;  // read on disc
 166         int iTag,sizeDicomTagsVector=bbGetInputDicomTags().size();
 167         GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator iitt = l->begin();
 168         //iitt ++;
 169         for ( ; iitt != l->end(); ++iitt)
 170         {
 171                 MapInfoDicom mapinfodicom;
 172
 173                 for (iTag=0; iTag<sizeDicomTagsVector; iTag++)
 174                 {
 175                         key = bbGetInputDicomTags()[iTag];
 176                         group = elem = 0;
 177                         if ( (key.size()==10) && (key[0] == 'D') && (key[5] == '_') )
 178                         {
 179                                 sscanf(key.c_str(),"D%04hx_%04hx ",&group,&elem);
 180                         }// if key
 181                         strTagValue = (*iitt)->GetEntryString(group,elem);
 182                         mapinfodicom.insert ( std::pair<std::string,std::string>(key,strTagValue) );
 183                 } // for iTag
 184
 185                 vectormapinfodicom.push_back( mapinfodicom );
 186    } // for iitt
 187    bbSetOutputDicomInfo( vectormapinfodicom );
 188
 189    if (reader!=NULL)
 190    {
 191       reader->Delete();
 192       reader = NULL;
 193    }
 194    reader = vtkGdcmReader::New();
 195         //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
 196         reader->SetFlipY(false);
 197    //reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
 198    reader->SetCoherentFileList(l);
 199    reader->Update();
 200    reader->GetOutput();
 201
 202    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 203 }
 204 #endif
 205 // endif USE_GDCM
 206
 207 #if defined USE_GDCM2
 208 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
 209 {
 210  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
 211         gdcm::Reader *read = new gdcm::Reader();
 212         reader->SetFileName( bbGetInputIn()[0].c_str() );
 213
 214         bool res = read->Read();
 215         if ( !res )
 216         {
 217         delete read;
 218         bbSetOutputOut(NULL);
 219         return;
 220         }
 221
 222
 223
 224  // Get info from the first image file
 225    const gdcm::File &f = read->GetFile();
 226    int i;
 227    std::vector<double> v_iop;
 228    const gdcm::DataElement &deIop = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(0x0020, 0x0037));
 229    std::stringstream ss;
 230    deIop.GetValue().Print(ss);
 231    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM6> iop;
 232    iop.Read( ss );
 233    for(i=0; i< 6; i++)
 234         {
 235         v_iop.push_back((float)(iop[i]));
 236         }
 237    bbSetOutputIOP(v_iop );
 238
 239   std::vector<double> v_ipp;
 240    const gdcm::DataElement &deIpp = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag((0x0020,0x0032)));
 241    deIpp.GetValue().Print(ss);
 242    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM3> ipp;
 243    ipp.Read( ss );
 244         for(i=0; i< 3; i++)
 245         {
 246                 v_ipp.push_back((float)(ipp[i]));
 247         } // for 3
 248    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 249
 250 // Add *all the files* to the IPPsorter
 251      gdcm::IPPSorter s;
 252          s.SetComputeZSpacing( true );
 253      s.SetZSpacingTolerance( 1e-3 );
 254      std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 255      s.Sort(gii);
 256
 257          //l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 258          // no Test if we have multiple series
 259          //s.GetFilenames();
 260          //int nbFiles;
 261
 262         double zspacing = 0.;
 263         zspacing = s.GetZSpacing();
 264         std::vector<double> v_pixelspacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 265         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[0] );
 266         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[1] );
 267         v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 268         bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 269
 270    if (reader!=NULL)
 271    {
 272       reader->Delete();
 273       reader=NULL;
 274    }
 275    reader = vtkGDCMImageReader::New();
 276    vtkStringArray *files = vtkStringArray::New();
 277    std::vector< std::string >::const_iterator it = s.GetFilenames().begin();
 278    for( ; it != s.GetFilenames().end(); ++it)
 279    {
 280           const std::string &f = *it;
 281       files->InsertNextValue( f.c_str() );
 282    }
 283    reader->SetFileNames(files);
 284    reader->Update();
 285    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 286 }
 287 #endif
 288 // endif USE_GDCM2
 289
 290 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
 291 {
 292    std::vector<std::string> init;
 293    init.push_back("");
 294    bbSetInputIn(init);
 295    //reader=NULL;   /// \TODO fixme JPR
 296 }
 297
 298 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
 299 {
 300
 301 }
 302
 303 #if defined USE_GDCM
 304 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 305 {
 306    if(reader)
 307         {
 308       reader->Delete();
 309         } // if reader
 310    if(f)
 311         {
 312       f->Delete();
 313         } // if f
 314    if(sh)
 315         {
 316       sh->Delete();
 317         } // if sh
 318 }
 319 #endif
 320
 321 #if defined USE_GDCM2
 322 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 323 {
 324    if(reader)
 325         {
 326       reader->Delete();
 327         }
 328 }
 329 #endif
 330
 331 }
 332 // EO namespace bbgdcmvtk