packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.cxx

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la SantÈ)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
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  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27 #include "bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.h"
  28 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
  29
  30 #include "gdcmFile.h"
  31 #include "vtkImageData.h"
  32 #include <vtkIndent.h>
  33
  34 #if defined USE_GDCM
  35         #include "gdcmFileHelper.h"
  36 #endif
  37
  38 #if defined USE_GDCM2
  39         #include <gdcmReader.h>
  40         #include <gdcmImageHelper.h>
  41         #include <gdcmIPPSorter.h>
  42         #include <vtkGDCMImageReader.h>
  43         #include "vtkStringArray.h"
  44 #endif
  45
  46 namespace bbgdcmvtk
  47 {
  48
  49 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetXCoherentInfoGdcmReader)
  50 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetXCoherentInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  51
  52
  53 vtkImageData* GetXCoherentInfoGdcmReader::CreateDefaultImage()
  54 {
  55         int i;
  56         int sizeX, sizeY, sizeZ;
  57         sizeX = 200;
  58         sizeY = sizeX;
  59         sizeZ = 1;
  60         vtkImageData *newImage = vtkImageData::New();
  61         newImage->Initialize();
  62         newImage->SetSpacing( 1,1,1 );
  63         newImage->SetDimensions(  sizeX,sizeY,sizeZ );
  64         newImage->SetExtent(0,  sizeX-1,0,sizeY-1,0,sizeZ-1 );
  65
  66 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
  67 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
  68         newImage->SetWholeExtent(0,  sizeX-1,0,sizeY-1,0,sizeZ-1 );
  69         newImage->SetScalarTypeToUnsignedChar();
  70         newImage->SetNumberOfScalarComponents(1);
  71         newImage->AllocateScalars();
  72         newImage->Update();
  73 #else
  74         newImage->AllocateScalars(VTK_UNSIGNED_CHAR,1);
  75 #endif
  76
  77         memset ( (void*)newImage->GetScalarPointer(), 0, sizeX*sizeY*1 );
  78         for (i=0; i<sizeX; i++)
  79         {
  80                 newImage->SetScalarComponentFromDouble(i,i,0, 0, 255 );
  81                 newImage->SetScalarComponentFromDouble(i,sizeY-1-i,0, 0, 255 );
  82         } // for i
  83         return newImage;
  84 }
  85
  86
  87 #if defined USE_GDCM
  88 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
  89 {
  90 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process Start\n");
  91  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
  92    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  93
  94         if ( bbGetInputIn().size()!=0 )
  95         {
  96                 f->SetFileName( bbGetInputIn()[0] );
  97         } else {
  98                 f->SetFileName( "" );
  99         } // if
 100 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process 1\n");
 101
 102    bool res = f->Load();
 103    if ( !res )
 104    {
 105                 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process resultImage NULL\n");
 106         f->Delete();
 107         bbSetOutputOut( CreateDefaultImage() );
 108         return;
 109    } // if res
 110  // Get info from the first image file
 111    int i;
 112    std::vector<double> v_iop;
 113    float iop[6];
 114    f->GetImageOrientationPatient(iop);
 115
 116    for(i=0; i< 6; i++)
 117         {
 118       v_iop.push_back(iop[i]);
 119         } // for i
 120    bbSetOutputIOP(v_iop );
 121 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process 2\n");
 122
 123    std::vector<double> v_ipp;
 124    float ipp[3];
 125    f->GetImagePositionPatient(ipp);
 126
 127    for(i=0; i< 3; i++)
 128         {
 129       v_ipp.push_back(ipp[i]);
 130         } // for i
 131    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 132
 133 // Add *all the files* to the SerieHelper
 134    sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
 135    std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 136
 137 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process 3\n");
 138
 139    for(std::vector<std::string>::iterator it = gii.begin();
 140                                           it != gii.end();
 141                                         ++it)
 142    {
 143       sh->AddFileName(*it);
 144    } //for vector
 145
 146    GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator it;
 147    GDCM_NAME_SPACE::FileList *l;
 148
 149 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process 4\n");
 150    // Should only contain one!
 151    l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 152 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process 5\n");
 153
 154         if (l==NULL)
 155         {
 156                 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process Warnning not coherent list/file \n");
 157                 return;
 158         }
 159 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process 6\n");
 160
 161    double zspacing = 0.;
 162    sh->OrderFileList(l); // this one should compute the *actual* Z Spacing!
 163    zspacing             = sh->GetZSpacing();
 164    std::vector<double> v_pixelspacing;
 165    v_pixelspacing.push_back( f->GetXSpacing() );
 166    v_pixelspacing.push_back( f->GetYSpacing() );
 167    v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 168 //   if (f->GetZSize() != 1) {
 169 //      v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
 170 //   }
 171    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 172
 173         VectorMapInfoDicom vectormapinfodicom;
 174         uint16_t group;
 175         uint16_t elem;
 176         std::string key;
 177         std::string strTagValue;  // read on disc
 178         int iTag,sizeDicomTagsVector=bbGetInputDicomTags().size();
 179         GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator iitt = l->begin();
 180         //iitt ++;
 181
 182         for ( ; iitt != l->end(); ++iitt)
 183         {
 184                 MapInfoDicom mapinfodicom;
 185                 for (iTag=0; iTag<sizeDicomTagsVector; iTag++)
 186                 {
 187                         key = bbGetInputDicomTags()[iTag];
 188                         group = elem = 0;
 189                         if ( (key.size()==10) && (key[0] == 'D') && (key[5] == '_') )
 190                         {
 191                                 sscanf(key.c_str(),"D%04hx_%04hx ",&group,&elem);
 192                         }// if key
 193                         strTagValue = (*iitt)->GetEntryString(group,elem);
 194                         mapinfodicom.insert ( std::pair<std::string,std::string>(key,strTagValue) );
 195                 } // for iTag
 196
 197                 vectormapinfodicom.push_back( mapinfodicom );
 198    } // for iitt
 199    bbSetOutputDicomInfo( vectormapinfodicom );
 200
 201    if (reader!=NULL)
 202    {
 203       reader->Delete();
 204       reader = NULL;
 205    }
 206    reader = vtkGdcmReader::New();
 207         //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
 208         reader->SetFlipY(false);
 209    //reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
 210    reader->SetCoherentFileList(l);
 211    reader->Update();
 212    reader->GetOutput();
 213    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 214 }
 215 #endif
 216 // endif USE_GDCM
 217
 218 #if defined USE_GDCM2
 219 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
 220 {
 221  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
 222         gdcm::Reader *read = new gdcm::Reader();
 223         reader->SetFileName( bbGetInputIn()[0].c_str() );
 224         bool res = read->Read();
 225         if ( !res )
 226         {
 227         delete read;
 228         bbSetOutputOut(NULL);
 229         return;
 230         }
 231
 232  // Get info from the first image file
 233    const gdcm::File &f = read->GetFile();
 234    int i;
 235    std::vector<double> v_iop;
 236    const gdcm::DataElement &deIop = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(0x0020, 0x0037));
 237    std::stringstream ss;
 238    deIop.GetValue().Print(ss);
 239    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM6> iop;
 240    iop.Read( ss );
 241    for(i=0; i< 6; i++)
 242    {
 243         v_iop.push_back((float)(iop[i]));
 244    }
 245    bbSetOutputIOP(v_iop );
 246
 247    std::vector<double> v_ipp;
 248    const gdcm::DataElement &deIpp = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag((0x0020,0x0032)));
 249    deIpp.GetValue().Print(ss);
 250    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM3> ipp;
 251    ipp.Read( ss );
 252    for(i=0; i< 3; i++)
 253         {
 254                 v_ipp.push_back((float)(ipp[i]));
 255         } // for 3
 256    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 257
 258 // Add *all the files* to the IPPsorter
 259      gdcm::IPPSorter s;
 260          s.SetComputeZSpacing( true );
 261      s.SetZSpacingTolerance( 1e-3 );
 262      std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 263      s.Sort(gii);
 264
 265          //l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 266          // no Test if we have multiple series
 267          //s.GetFilenames();
 268          //int nbFiles;
 269
 270         double zspacing = 0.;
 271         zspacing = s.GetZSpacing();
 272         std::vector<double> v_pixelspacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 273         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[0] );
 274         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[1] );
 275         v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 276         bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 277
 278    if (reader!=NULL)
 279    {
 280       reader->Delete();
 281       reader=NULL;
 282    }
 283    reader = vtkGDCMImageReader::New();
 284    vtkStringArray *files = vtkStringArray::New();
 285    std::vector< std::string >::const_iterator it = s.GetFilenames().begin();
 286    for( ; it != s.GetFilenames().end(); ++it)
 287    {
 288           const std::string &f = *it;
 289       files->InsertNextValue( f.c_str() );
 290    }
 291    reader->SetFileNames(files);
 292    reader->Update();
 293    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 294 }
 295 #endif
 296 // endif USE_GDCM2
 297
 298 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
 299 {
 300    reader=NULL;
 301    std::vector<std::string> init;
 302    init.push_back("");
 303    bbSetInputIn(init);
 304    //reader=NULL;   /// \TODO fixme JPR
 305 }
 306
 307 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
 308 {
 309
 310 }
 311
 312 #if defined USE_GDCM
 313 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 314 {
 315    if(reader)
 316         {
 317       reader->Delete();
 318         } // if reader
 319    if(f)
 320         {
 321       f->Delete();
 322         } // if f
 323    if(sh)
 324         {
 325       sh->Delete();
 326         } // if sh
 327 }
 328 #endif
 329
 330 #if defined USE_GDCM2
 331 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 332 {
 333    if(reader)
 334         {
 335       reader->Delete();
 336         }
 337 }
 338 #endif
 339
 340 }
 341 // EO namespace bbgdcmvtk