packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.cxx

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la SantÈ)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27 #include "bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.h"
  28 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
  29
  30 #include "gdcmFile.h"
  31 #include "vtkImageData.h"
  32 #include <vtkIndent.h>
  33
  34 #if defined USE_GDCM
  35         #include "gdcmFileHelper.h"
  36 #endif
  37
  38 #if defined USE_GDCM2
  39         #include <gdcmReader.h>
  40         #include <gdcmImageHelper.h>
  41         #include <gdcmIPPSorter.h>
  42         #include <vtkGDCMImageReader.h>
  43         #include "vtkStringArray.h"
  44 #endif
  45
  46 namespace bbgdcmvtk
  47 {
  48
  49 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetXCoherentInfoGdcmReader)
  50 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetXCoherentInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  51
  52
  53 vtkImageData* GetXCoherentInfoGdcmReader::CreateDefaultImage()
  54 {
  55         int i;
  56         int sizeX, sizeY, sizeZ;
  57         sizeX = 200;
  58         sizeY = sizeX;
  59         sizeZ = 1;
  60         vtkImageData *newImage = vtkImageData::New();
  61         newImage->Initialize();
  62         newImage->SetSpacing( 1,1,1 );
  63         newImage->SetDimensions(  sizeX,sizeY,sizeZ );
  64         newImage->SetExtent(0,  sizeX-1,0,sizeY-1,0,sizeZ-1 );
  65
  66 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
  67 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
  68         newImage->SetWholeExtent(0,  sizeX-1,0,sizeY-1,0,sizeZ-1 );
  69         newImage->SetScalarTypeToUnsignedChar();
  70         newImage->SetNumberOfScalarComponents(1);
  71         newImage->AllocateScalars();
  72         newImage->Update();
  73 #else
  74         newImage->AllocateScalars(VTK_UNSIGNED_CHAR,1);
  75 #endif
  76
  77         memset ( (void*)newImage->GetScalarPointer(), 0, sizeX*sizeY*1 );
  78         for (i=0; i<sizeX; i++)
  79         {
  80                 newImage->SetScalarComponentFromDouble(i,i,0, 0, 255 );
  81                 newImage->SetScalarComponentFromDouble(i,sizeY-1-i,0, 0, 255 );
  82         } // for i
  83         return newImage;
  84 }
  85
  86
  87 #if defined USE_GDCM
  88 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
  89 {
  90
  91  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
  92    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  93
  94         if ( bbGetInputIn().size()!=0 )
  95         {
  96                 f->SetFileName( bbGetInputIn()[0] );
  97         } else {
  98                 f->SetFileName( "" );
  99         }
 100
 101    bool res = f->Load();
 102    if ( !res )
 103    {
 104                 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process resultImage NULL\n");
 105         f->Delete();
 106         bbSetOutputOut( CreateDefaultImage() );
 107         return;
 108    }
 109  // Get info from the first image file
 110    int i;
 111    std::vector<double> v_iop;
 112    float iop[6];
 113    f->GetImageOrientationPatient(iop);
 114
 115    for(i=0; i< 6; i++)
 116       v_iop.push_back(iop[i]);
 117    bbSetOutputIOP(v_iop );
 118
 119    std::vector<double> v_ipp;
 120    float ipp[3];
 121    f->GetImagePositionPatient(ipp);
 122
 123    for(i=0; i< 3; i++)
 124       v_ipp.push_back(ipp[i]);
 125    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 126
 127 // Add *all the files* to the SerieHelper
 128    sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
 129    std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 130
 131    for(std::vector<std::string>::iterator it = gii.begin();
 132                                           it != gii.end();
 133                                         ++it)
 134    {
 135       sh->AddFileName(*it);
 136    }
 137
 138
 139    GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator it;
 140    GDCM_NAME_SPACE::FileList *l;
 141
 142    // Should only contain one!
 143    l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 144
 145    int nbFiles;
 146    double zspacing = 0.;
 147    nbFiles = l->size() ;
 148    sh->OrderFileList(l); // this one should compute the *actual* Z Spacing!
 149    zspacing = sh->GetZSpacing();
 150    std::vector<double> v_pixelspacing;
 151    v_pixelspacing.push_back( f->GetXSpacing() );
 152    v_pixelspacing.push_back( f->GetYSpacing() );
 153    v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 154 //   if (f->GetZSize() != 1) {
 155 //      v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
 156 //   }
 157    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 158
 159    if (reader!=NULL)
 160    {
 161       reader->Delete();
 162       reader=NULL;
 163    }
 164    reader = vtkGdcmReader::New();
 165
 166         //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
 167         reader->SetFlipY(false);
 168
 169
 170    //reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
 171    reader->SetCoherentFileList(l);
 172    reader->Update();
 173    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 174 }
 175 #endif
 176 // endif USE_GDCM
 177
 178 #if defined USE_GDCM2
 179 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
 180 {
 181  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
 182         gdcm::Reader *read = new gdcm::Reader();
 183         reader->SetFileName( bbGetInputIn()[0].c_str() );
 184
 185         bool res = read->Read();
 186         if ( !res )
 187         {
 188         delete read;
 189         bbSetOutputOut(NULL);
 190         return;
 191         }
 192
 193
 194
 195  // Get info from the first image file
 196    const gdcm::File &f = read->GetFile();
 197    int i;
 198    std::vector<double> v_iop;
 199    const gdcm::DataElement &deIop = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(0x0020, 0x0037));
 200    std::stringstream ss;
 201    deIop.GetValue().Print(ss);
 202    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM6> iop;
 203    iop.Read( ss );
 204    for(i=0; i< 6; i++)
 205       v_iop.push_back((float)(iop[i]));
 206    bbSetOutputIOP(v_iop );
 207
 208   std::vector<double> v_ipp;
 209    const gdcm::DataElement &deIpp = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag((0x0020,0x0032)));
 210    deIpp.GetValue().Print(ss);
 211    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM3> ipp;
 212    ipp.Read( ss );
 213           for(i=0; i< 3; i++)
 214                 v_ipp.push_back((float)(ipp[i]));
 215    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 216
 217 // Add *all the files* to the IPPsorter
 218      gdcm::IPPSorter s;
 219          s.SetComputeZSpacing( true );
 220      s.SetZSpacingTolerance( 1e-3 );
 221      std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 222      s.Sort(gii);
 223
 224          //l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 225          // no Test if we have multiple series
 226          //s.GetFilenames();
 227          //int nbFiles;
 228
 229         double zspacing = 0.;
 230         zspacing = s.GetZSpacing();
 231         std::vector<double> v_pixelspacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 232         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[0] );
 233         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[1] );
 234         v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 235         bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 236
 237    if (reader!=NULL)
 238    {
 239       reader->Delete();
 240       reader=NULL;
 241    }
 242    reader = vtkGDCMImageReader::New();
 243    vtkStringArray *files = vtkStringArray::New();
 244    std::vector< std::string >::const_iterator it = s.GetFilenames().begin();
 245    for( ; it != s.GetFilenames().end(); ++it)
 246    {
 247           const std::string &f = *it;
 248       files->InsertNextValue( f.c_str() );
 249    }
 250    reader->SetFileNames(files);
 251    reader->Update();
 252    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 253 }
 254 #endif
 255 // endif USE_GDCM2
 256
 257 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
 258 {
 259    std::vector<std::string> init;
 260    init.push_back("");
 261    bbSetInputIn(init);
 262    //reader=NULL;   /// \TODO fixme JPR
 263 }
 264
 265 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
 266 {
 267
 268 }
 269
 270 #if defined USE_GDCM
 271 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 272 {
 273    if(reader)
 274       reader->Delete();
 275    if(f)
 276       f->Delete();
 277    if(sh)
 278       sh->Delete();
 279 }
 280 #endif
 281
 282 #if defined USE_GDCM2
 283 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 284 {
 285    if(reader)
 286       reader->Delete();
 287 }
 288 #endif
 289
 290 }
 291 // EO namespace bbgdcmvtk