packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.cxx

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la SantÈ)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
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  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
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  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27 #include "bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.h"
  28 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
  29
  30 #include "gdcmFile.h"
  31 #include "vtkImageData.h"
  32 #include <vtkIndent.h>
  33
  34 #if defined USE_GDCM
  35         #include "gdcmFileHelper.h"
  36 #endif
  37
  38 #if defined USE_GDCM2
  39         #include <gdcmReader.h>
  40         #include <gdcmImageHelper.h>
  41         #include <gdcmIPPSorter.h>
  42         #include <vtkGDCMImageReader.h>
  43         #include "vtkStringArray.h"
  44 #endif
  45
  46 namespace bbgdcmvtk
  47 {
  48
  49 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetXCoherentInfoGdcmReader)
  50 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetXCoherentInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  51
  52
  53 vtkImageData* GetXCoherentInfoGdcmReader::CreateDefaultImage()
  54 {
  55         int i;
  56         int sizeX, sizeY, sizeZ;
  57         sizeX = 200;
  58         sizeY = sizeX;
  59         sizeZ = 1;
  60         vtkImageData *newImage = vtkImageData::New();
  61         newImage->Initialize();
  62         newImage->SetSpacing( 1,1,1 );
  63         newImage->SetDimensions(  sizeX,sizeY,sizeZ );
  64         newImage->SetExtent(0,  sizeX-1,0,sizeY-1,0,sizeZ-1 );
  65
  66 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
  67 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
  68         newImage->SetWholeExtent(0,  sizeX-1,0,sizeY-1,0,sizeZ-1 );
  69         newImage->SetScalarTypeToUnsignedChar();
  70         newImage->SetNumberOfScalarComponents(1);
  71         newImage->AllocateScalars();
  72         newImage->Update();
  73 #else
  74         newImage->AllocateScalars(VTK_UNSIGNED_CHAR,1);
  75 #endif
  76
  77         memset ( (void*)newImage->GetScalarPointer(), 0, sizeX*sizeY*1 );
  78         for (i=0; i<sizeX; i++)
  79         {
  80                 newImage->SetScalarComponentFromDouble(i,i,0, 0, 255 );
  81                 newImage->SetScalarComponentFromDouble(i,sizeY-1-i,0, 0, 255 );
  82         } // for i
  83         return newImage;
  84 }
  85
  86
  87 #if defined USE_GDCM
  88 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
  89 {
  90  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
  91    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  92
  93         if ( bbGetInputIn().size()!=0 )
  94         {
  95                 f->SetFileName( bbGetInputIn()[0] );
  96         } else {
  97                 f->SetFileName( "" );
  98         } // if
  99
 100    bool res = f->Load();
 101    if ( !res )
 102    {
 103                 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process resultImage NULL\n");
 104         f->Delete();
 105         bbSetOutputOut( CreateDefaultImage() );
 106         return;
 107    } // if res
 108
 109  // Get info from the first image file
 110    int i;
 111    std::vector<double> v_iop;
 112    float iop[6];
 113    f->GetImageOrientationPatient(iop);
 114
 115    for(i=0; i< 6; i++)
 116         {
 117       v_iop.push_back(iop[i]);
 118         } // for i
 119    bbSetOutputIOP(v_iop );
 120
 121 // EED 2022-12-15
 122 //   std::vector<double> v_ipp;
 123 //   float ipp[3];
 124 //   f->GetImagePositionPatient(ipp);
 125 //   for(i=0; i< 3; i++)
 126 //      {
 127 //      v_ipp.push_back(ipp[i]);
 128 //      } // for i
 129 //   bbSetOutputIPP(v_ipp );
 130
 131 // Add *all the files* to the SerieHelper
 132    sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
 133    std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 134    for(std::vector<std::string>::iterator it = gii.begin();
 135                                           it != gii.end();
 136                                         ++it)
 137    {
 138       sh->AddFileName(*it);
 139    } //for vector
 140
 141    GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator it;
 142    GDCM_NAME_SPACE::FileList *l;
 143    // Should only contain one!
 144    l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 145         if (l==NULL)
 146         {
 147                 return;
 148         }
 149
 150    double zspacing = 0.;
 151    sh->OrderFileList(l); // this one should compute the *actual* Z Spacing!
 152    zspacing             = sh->GetZSpacing();
 153    std::vector<double> v_pixelspacing;
 154    v_pixelspacing.push_back( f->GetXSpacing() );
 155    v_pixelspacing.push_back( f->GetYSpacing() );
 156    v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 157 //   if (f->GetZSize() != 1) {
 158 //      v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
 159 //   }
 160    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 161
 162         VectorMapInfoDicom vectormapinfodicom;
 163         uint16_t group;
 164         uint16_t elem;
 165         std::string key;
 166         std::string strTagValue;  // read on disc
 167         int iTag,sizeDicomTagsVector=bbGetInputDicomTags().size();
 168         GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator iitt = l->begin();
 169     float px,py,pz;
 170
 171     for ( ; iitt != l->end(); ++iitt)
 172         {
 173         // EED 2022-12-15
 174         if ( iitt == l->begin() )   // The first ordered element IPP
 175         {
 176             group       = 0;
 177             elem        = 0;
 178             strTagValue = std::string("void");
 179             sscanf("D0020_0032","D%04hx_%04hx",&group,&elem);
 180             strTagValue = (*iitt)->GetEntryString(group,elem);
 181             sscanf(strTagValue.c_str(),"%f\\%f\\%f\\%f", &px , &py , &pz);
 182             std::vector<double> v_ipp;
 183             v_ipp.push_back( (double)px );
 184             v_ipp.push_back( (double)py );
 185             v_ipp.push_back( (double)pz );
 186             bbSetOutputIPP(v_ipp );
 187         } // if first elemetn  get IPP
 188
 189                 MapInfoDicom mapinfodicom;
 190                 for (iTag=0; iTag<sizeDicomTagsVector; iTag++)
 191                 {
 192                         key = bbGetInputDicomTags()[iTag];
 193                         group = elem = 0;
 194                         if ( (key.size()==10) && (key[0] == 'D') && (key[5] == '_') )
 195                         {
 196                                 sscanf(key.c_str(),"D%04hx_%04hx ",&group,&elem);
 197                         }// if key
 198                         strTagValue = (*iitt)->GetEntryString(group,elem);
 199                         mapinfodicom.insert ( std::pair<std::string,std::string>(key,strTagValue) );
 200                 } // for iTag
 201                 vectormapinfodicom.push_back( mapinfodicom );
 202    } // for iitt
 203    bbSetOutputDicomInfo( vectormapinfodicom );
 204
 205         if (bbGetInputReadRaw()==true)
 206         {
 207            if (reader!=NULL)
 208            {
 209                   reader->Delete();
 210                   reader = NULL;
 211            }
 212            reader = vtkGdcmReader::New();
 213                 //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
 214                 reader->SetFlipY(false);
 215            //reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
 216            reader->SetCoherentFileList(l);
 217            reader->Update();
 218            reader->GetOutput();
 219            bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 220         } // if bGetInputReadRaw
 221 }
 222 #endif
 223 // endif USE_GDCM
 224
 225 #if defined USE_GDCM2
 226 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
 227 {
 228 //      printf("GetXCoherentInfoGdcmReader   %d files.\n", bbGetInputIn().size() );
 229  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
 230         gdcm::Reader *read = new gdcm::Reader();
 231         reader->SetFileName( bbGetInputIn()[0].c_str() );
 232         bool res = read->Read();
 233         if ( !res )
 234         {
 235         delete read;
 236         bbSetOutputOut(NULL);
 237         return;
 238         }
 239
 240  // Get info from the first image file
 241    const gdcm::File &f = read->GetFile();
 242    int i;
 243    std::vector<double> v_iop;
 244    const gdcm::DataElement &deIop = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(0x0020, 0x0037));
 245    std::stringstream ss;
 246    deIop.GetValue().Print(ss);
 247    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM6> iop;
 248    iop.Read( ss );
 249    for(i=0; i< 6; i++)
 250    {
 251         v_iop.push_back((float)(iop[i]));
 252    }
 253    bbSetOutputIOP(v_iop );
 254
 255    std::vector<double> v_ipp;
 256    const gdcm::DataElement &deIpp = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag((0x0020,0x0032)));
 257    deIpp.GetValue().Print(ss);
 258    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM3> ipp;
 259    ipp.Read( ss );
 260    for(i=0; i< 3; i++)
 261         {
 262                 v_ipp.push_back((float)(ipp[i]));
 263         } // for 3
 264    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 265
 266 // Add *all the files* to the IPPsorter
 267      gdcm::IPPSorter s;
 268          s.SetComputeZSpacing( true );
 269      s.SetZSpacingTolerance( 1e-3 );
 270      std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 271      s.Sort(gii);
 272
 273          //l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 274          // no Test if we have multiple series
 275          //s.GetFilenames();
 276          //int nbFiles;
 277
 278         double zspacing = 0.;
 279         zspacing = s.GetZSpacing();
 280         std::vector<double> v_pixelspacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 281         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[0] );
 282         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[1] );
 283         v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 284         bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 285
 286    if (reader!=NULL)
 287    {
 288       reader->Delete();
 289       reader=NULL;
 290    }
 291    reader = vtkGDCMImageReader::New();
 292    vtkStringArray *files = vtkStringArray::New();
 293    std::vector< std::string >::const_iterator it = s.GetFilenames().begin();
 294    for( ; it != s.GetFilenames().end(); ++it)
 295    {
 296           const std::string &f = *it;
 297       files->InsertNextValue( f.c_str() );
 298    }
 299    reader->SetFileNames(files);
 300    reader->Update();
 301    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 302 }
 303 #endif
 304 // endif USE_GDCM2
 305
 306 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
 307 {
 308    reader=NULL;
 309    std::vector<std::string> init;
 310    init.push_back("");
 311    bbSetInputIn(init);
 312    bbSetInputReadRaw(true);
 313    //reader=NULL;   /// \TODO fixme JPR
 314 }
 315
 316 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
 317 {
 318 }
 319
 320 #if defined USE_GDCM
 321 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 322 {
 323    if(reader)
 324         {
 325       reader->Delete();
 326         } // if reader
 327    if(f)
 328         {
 329       f->Delete();
 330         } // if f
 331    if(sh)
 332         {
 333       sh->Delete();
 334         } // if sh
 335 }
 336 #endif
 337
 338 #if defined USE_GDCM2
 339 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 340 {
 341    if(reader)
 342         {
 343       reader->Delete();
 344         }
 345 }
 346 #endif
 347
 348 }
 349 // EO namespace bbgdcmvtk