packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.cxx

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la SantÈ)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
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  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27 #include "bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.h"
  28 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
  29
  30 #include "gdcmFile.h"
  31 #include "vtkImageData.h"
  32 #include <vtkIndent.h>
  33
  34 #if defined USE_GDCM
  35         #include "gdcmFileHelper.h"
  36 #endif
  37
  38 #if defined USE_GDCM2
  39         #include <gdcmReader.h>
  40         #include <gdcmImageHelper.h>
  41         #include <gdcmIPPSorter.h>
  42         #include <vtkGDCMImageReader.h>
  43         #include "vtkStringArray.h"
  44 #endif
  45
  46 namespace bbgdcmvtk
  47 {
  48
  49 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetXCoherentInfoGdcmReader)
  50 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetXCoherentInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  51
  52
  53 vtkImageData* GetXCoherentInfoGdcmReader::CreateDefaultImage()
  54 {
  55         int i;
  56         int sizeX, sizeY, sizeZ;
  57         sizeX = 200;
  58         sizeY = sizeX;
  59         sizeZ = 1;
  60         vtkImageData *newImage = vtkImageData::New();
  61         newImage->Initialize();
  62         newImage->SetSpacing( 1,1,1 );
  63         newImage->SetDimensions(  sizeX,sizeY,sizeZ );
  64         newImage->SetExtent(0,  sizeX-1,0,sizeY-1,0,sizeZ-1 );
  65
  66 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
  67 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
  68         newImage->SetWholeExtent(0,  sizeX-1,0,sizeY-1,0,sizeZ-1 );
  69         newImage->SetScalarTypeToUnsignedChar();
  70         newImage->SetNumberOfScalarComponents(1);
  71         newImage->AllocateScalars();
  72         newImage->Update();
  73 #else
  74         newImage->AllocateScalars(VTK_UNSIGNED_CHAR,1);
  75 #endif
  76
  77         memset ( (void*)newImage->GetScalarPointer(), 0, sizeX*sizeY*1 );
  78         for (i=0; i<sizeX; i++)
  79         {
  80                 newImage->SetScalarComponentFromDouble(i,i,0, 0, 255 );
  81                 newImage->SetScalarComponentFromDouble(i,sizeY-1-i,0, 0, 255 );
  82         } // for i
  83         return newImage;
  84 }
  85
  86
  87 #if defined USE_GDCM
  88 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
  89 {
  90 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process Start\n");
  91  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
  92    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  93
  94         if ( bbGetInputIn().size()!=0 )
  95         {
  96                 f->SetFileName( bbGetInputIn()[0] );
  97         } else {
  98                 f->SetFileName( "" );
  99         } // if
 100 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process 1\n");
 101
 102    bool res = f->Load();
 103    if ( !res )
 104    {
 105                 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process resultImage NULL\n");
 106         f->Delete();
 107         bbSetOutputOut( CreateDefaultImage() );
 108         return;
 109    } // if res
 110
 111 try {
 112  // Get info from the first image file
 113    int i;
 114    std::vector<double> v_iop;
 115    float iop[6];
 116    f->GetImageOrientationPatient(iop);
 117
 118    for(i=0; i< 6; i++)
 119         {
 120       v_iop.push_back(iop[i]);
 121         } // for i
 122    bbSetOutputIOP(v_iop );
 123 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process 2\n");
 124
 125    std::vector<double> v_ipp;
 126    float ipp[3];
 127    f->GetImagePositionPatient(ipp);
 128
 129    for(i=0; i< 3; i++)
 130         {
 131       v_ipp.push_back(ipp[i]);
 132         } // for i
 133    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 134
 135 // Add *all the files* to the SerieHelper
 136    sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
 137    std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 138
 139 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process 3\n");
 140
 141    for(std::vector<std::string>::iterator it = gii.begin();
 142                                           it != gii.end();
 143                                         ++it)
 144    {
 145       sh->AddFileName(*it);
 146    } //for vector
 147
 148    GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator it;
 149    GDCM_NAME_SPACE::FileList *l;
 150
 151 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process 4\n");
 152    // Should only contain one!
 153    l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 154 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process 5\n");
 155
 156         if (l==NULL)
 157         {
 158                 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process Warnning (1) not coherent list/file \n");
 159                 return;
 160         }
 161 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process 6\n");
 162
 163    double zspacing = 0.;
 164    sh->OrderFileList(l); // this one should compute the *actual* Z Spacing!
 165    zspacing             = sh->GetZSpacing();
 166    std::vector<double> v_pixelspacing;
 167    v_pixelspacing.push_back( f->GetXSpacing() );
 168    v_pixelspacing.push_back( f->GetYSpacing() );
 169    v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 170 //   if (f->GetZSize() != 1) {
 171 //      v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
 172 //   }
 173    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 174
 175         VectorMapInfoDicom vectormapinfodicom;
 176         uint16_t group;
 177         uint16_t elem;
 178         std::string key;
 179         std::string strTagValue;  // read on disc
 180         int iTag,sizeDicomTagsVector=bbGetInputDicomTags().size();
 181         GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator iitt = l->begin();
 182         //iitt ++;
 183
 184         for ( ; iitt != l->end(); ++iitt)
 185         {
 186                 MapInfoDicom mapinfodicom;
 187                 for (iTag=0; iTag<sizeDicomTagsVector; iTag++)
 188                 {
 189                         key = bbGetInputDicomTags()[iTag];
 190                         group = elem = 0;
 191                         if ( (key.size()==10) && (key[0] == 'D') && (key[5] == '_') )
 192                         {
 193                                 sscanf(key.c_str(),"D%04hx_%04hx ",&group,&elem);
 194                         }// if key
 195                         strTagValue = (*iitt)->GetEntryString(group,elem);
 196                         mapinfodicom.insert ( std::pair<std::string,std::string>(key,strTagValue) );
 197                 } // for iTag
 198
 199                 vectormapinfodicom.push_back( mapinfodicom );
 200    } // for iitt
 201    bbSetOutputDicomInfo( vectormapinfodicom );
 202
 203    if (reader!=NULL)
 204    {
 205       reader->Delete();
 206       reader = NULL;
 207    }
 208    reader = vtkGdcmReader::New();
 209         //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
 210         reader->SetFlipY(false);
 211    //reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
 212    reader->SetCoherentFileList(l);
 213    reader->Update();
 214    reader->GetOutput();
 215    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 216 } catch (...) {
 217                 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process Warnning (2) not coherent list/file \n");
 218                 return;
 219 } // try
 220
 221 }
 222 #endif
 223 // endif USE_GDCM
 224
 225 #if defined USE_GDCM2
 226 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
 227 {
 228  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
 229         gdcm::Reader *read = new gdcm::Reader();
 230         reader->SetFileName( bbGetInputIn()[0].c_str() );
 231         bool res = read->Read();
 232         if ( !res )
 233         {
 234         delete read;
 235         bbSetOutputOut(NULL);
 236         return;
 237         }
 238
 239  // Get info from the first image file
 240    const gdcm::File &f = read->GetFile();
 241    int i;
 242    std::vector<double> v_iop;
 243    const gdcm::DataElement &deIop = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(0x0020, 0x0037));
 244    std::stringstream ss;
 245    deIop.GetValue().Print(ss);
 246    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM6> iop;
 247    iop.Read( ss );
 248    for(i=0; i< 6; i++)
 249    {
 250         v_iop.push_back((float)(iop[i]));
 251    }
 252    bbSetOutputIOP(v_iop );
 253
 254    std::vector<double> v_ipp;
 255    const gdcm::DataElement &deIpp = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag((0x0020,0x0032)));
 256    deIpp.GetValue().Print(ss);
 257    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM3> ipp;
 258    ipp.Read( ss );
 259    for(i=0; i< 3; i++)
 260         {
 261                 v_ipp.push_back((float)(ipp[i]));
 262         } // for 3
 263    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 264
 265 // Add *all the files* to the IPPsorter
 266      gdcm::IPPSorter s;
 267          s.SetComputeZSpacing( true );
 268      s.SetZSpacingTolerance( 1e-3 );
 269      std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 270      s.Sort(gii);
 271
 272          //l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 273          // no Test if we have multiple series
 274          //s.GetFilenames();
 275          //int nbFiles;
 276
 277         double zspacing = 0.;
 278         zspacing = s.GetZSpacing();
 279         std::vector<double> v_pixelspacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 280         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[0] );
 281         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[1] );
 282         v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 283         bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 284
 285    if (reader!=NULL)
 286    {
 287       reader->Delete();
 288       reader=NULL;
 289    }
 290    reader = vtkGDCMImageReader::New();
 291    vtkStringArray *files = vtkStringArray::New();
 292    std::vector< std::string >::const_iterator it = s.GetFilenames().begin();
 293    for( ; it != s.GetFilenames().end(); ++it)
 294    {
 295           const std::string &f = *it;
 296       files->InsertNextValue( f.c_str() );
 297    }
 298    reader->SetFileNames(files);
 299    reader->Update();
 300    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 301 }
 302 #endif
 303 // endif USE_GDCM2
 304
 305 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
 306 {
 307    reader=NULL;
 308    std::vector<std::string> init;
 309    init.push_back("");
 310    bbSetInputIn(init);
 311    //reader=NULL;   /// \TODO fixme JPR
 312 }
 313
 314 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
 315 {
 316
 317 }
 318
 319 #if defined USE_GDCM
 320 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 321 {
 322    if(reader)
 323         {
 324       reader->Delete();
 325         } // if reader
 326    if(f)
 327         {
 328       f->Delete();
 329         } // if f
 330    if(sh)
 331         {
 332       sh->Delete();
 333         } // if sh
 334 }
 335 #endif
 336
 337 #if defined USE_GDCM2
 338 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 339 {
 340    if(reader)
 341         {
 342       reader->Delete();
 343         }
 344 }
 345 #endif
 346
 347 }
 348 // EO namespace bbgdcmvtk