packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.cxx

   1 # ---------------------------------------------------------------------
   2 #
   3 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   4 #                        pour la SantÈ)
   5 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   6 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   7 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   8 #
   9 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  10 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  11 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  12 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  13 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  14 #  or in the file LICENSE.txt.
  15 #
  16 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  17 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  18 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  19 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  20 #  liability.
  21 #
  22 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  23 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  24 # ------------------------------------------------------------------------ */
  25
  26 #include "bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.h"
  27 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
  28
  29 #include "gdcmFile.h"
  30 #include "vtkImageData.h"
  31 #include <vtkIndent.h>
  32
  33 #if defined USE_GDCM
  34         #include "gdcmFileHelper.h"
  35 #endif
  36
  37 #if defined USE_GDCM2
  38         #include <gdcmReader.h>
  39         #include <gdcmImageHelper.h>
  40         #include <gdcmIPPSorter.h>
  41         #include <vtkGDCMImageReader.h>
  42         #include "vtkStringArray.h"
  43 #endif
  44
  45 namespace bbgdcmvtk
  46 {
  47
  48 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetXCoherentInfoGdcmReader)
  49 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetXCoherentInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  50 #if defined USE_GDCM
  51 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
  52 {
  53  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
  54    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  55    f->SetFileName( bbGetInputIn()[0] );
  56    bool res = f->Load();
  57    if ( !res )
  58    {
  59       f->Delete();
  60       bbSetOutputOut(0);
  61       return;
  62    }
  63  // Get info from the first image file
  64    int i;
  65    std::vector<double> v_iop;
  66    float iop[6];
  67    f->GetImageOrientationPatient(iop);
  68
  69    for(i=0; i< 6; i++)
  70       v_iop.push_back(iop[i]);
  71    bbSetOutputIOP(v_iop );
  72
  73    std::vector<double> v_ipp;
  74    float ipp[3];
  75    f->GetImagePositionPatient(ipp);
  76
  77    for(i=0; i< 3; i++)
  78       v_ipp.push_back(ipp[i]);
  79    bbSetOutputIPP(v_ipp );
  80
  81 // Add *all the files* to the SerieHelper
  82    sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
  83    std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
  84
  85    for(std::vector<std::string>::iterator it = gii.begin();
  86                                           it != gii.end();
  87                                         ++it)
  88    {
  89       sh->AddFileName(*it);
  90    }
  91
  92    GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator it;
  93    GDCM_NAME_SPACE::FileList *l;
  94
  95    // Should only contain one!
  96    l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
  97
  98    int nbFiles;
  99    double zspacing = 0.;
 100    nbFiles = l->size() ;
 101    sh->OrderFileList(l); // this one should compute the *actual* Z Spacing!
 102    zspacing = sh->GetZSpacing();
 103    std::vector<double> v_pixelspacing;
 104    v_pixelspacing.push_back( f->GetXSpacing() );
 105    v_pixelspacing.push_back( f->GetYSpacing() );
 106    v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 107 //   if (f->GetZSize() != 1) {
 108 //      v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
 109 //   }
 110    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 111
 112    if (reader!=NULL)
 113    {
 114       reader->Delete();
 115       reader=NULL;
 116    }
 117    reader = vtkGdcmReader::New();
 118
 119         //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
 120         reader->SetFlipY(false);
 121
 122
 123    //reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
 124    reader->SetCoherentFileList(l);
 125    reader->Update();
 126    reader->GetOutput();
 127
 128    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 129 }
 130 #endif
 131 // endif USE_GDCM
 132
 133 #if defined USE_GDCM2
 134 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
 135 {
 136  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
 137         gdcm::Reader *read = new gdcm::Reader();
 138         reader->SetFileName( bbGetInputIn()[0].c_str());
 139
 140         bool res = read->Read();
 141    if ( !res )
 142    {
 143       delete read;
 144       bbSetOutputOut(0);
 145       return;
 146    }
 147
 148  // Get info from the first image file
 149    const gdcm::File &f = read->GetFile();
 150    int i;
 151    std::vector<double> v_iop;
 152    const gdcm::DataElement &deIop = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(0x0020, 0x0037));
 153    std::stringstream ss;
 154    deIop.GetValue().Print(ss);
 155    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM6> iop;
 156    iop.Read( ss );
 157    for(i=0; i< 6; i++)
 158       v_iop.push_back((float)(iop[i]));
 159    bbSetOutputIOP(v_iop );
 160
 161   std::vector<double> v_ipp;
 162    const gdcm::DataElement &deIpp = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag((0x0020,0x0032)));
 163    deIpp.GetValue().Print(ss);
 164    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM3> ipp;
 165    ipp.Read( ss );
 166           for(i=0; i< 3; i++)
 167                 v_ipp.push_back((float)(ipp[i]));
 168    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 169
 170 // Add *all the files* to the IPPsorter
 171      gdcm::IPPSorter s;
 172          s.SetComputeZSpacing( true );
 173      s.SetZSpacingTolerance( 1e-3 );
 174      std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 175      s.Sort(gii);
 176
 177          //l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 178          // no Test if we have multiple series
 179          //s.GetFilenames();
 180          //int nbFiles;
 181
 182         double zspacing = 0.;
 183         zspacing = s.GetZSpacing();
 184         std::vector<double> v_pixelspacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 185         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[0] );
 186         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[1] );
 187         v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 188         bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 189
 190    if (reader!=NULL)
 191    {
 192       reader->Delete();
 193       reader=NULL;
 194    }
 195    reader = vtkGDCMImageReader::New();
 196    vtkStringArray *files = vtkStringArray::New();
 197    std::vector< std::string >::const_iterator it = s.GetFilenames().begin();
 198    for( ; it != s.GetFilenames().end(); ++it)
 199    {
 200           const std::string &f = *it;
 201       files->InsertNextValue( f.c_str() );
 202    }
 203    reader->SetFileNames(files);
 204    reader->Update();
 205    reader->GetOutput();
 206    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 207 }
 208 #endif
 209 // endif USE_GDCM2
 210
 211 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
 212 {
 213    std::vector<std::string> init;
 214    init.push_back("");
 215    bbSetInputIn(init);
 216    //reader=NULL;   /// \TODO fixme JPR
 217 }
 218
 219 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
 220 {
 221
 222 }
 223
 224 #if defined USE_GDCM
 225 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 226 {
 227    if(reader)
 228       reader->Delete();
 229    if(f)
 230       f->Delete();
 231    if(sh)
 232       sh->Delete();
 233 }
 234 #endif
 235
 236 #if defined USE_GDCM2
 237 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 238 {
 239    if(reader)
 240       reader->Delete();
 241 }
 242 #endif
 243
 244 }
 245 // EO namespace bbgdcmvtk