packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.cxx

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la SantÈ)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
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  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27 #include "bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.h"
  28 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
  29
  30 #include "gdcmFile.h"
  31 #include "vtkImageData.h"
  32 #include <vtkIndent.h>
  33
  34 #if defined USE_GDCM
  35         #include "gdcmFileHelper.h"
  36 #endif
  37
  38 #if defined USE_GDCM2
  39         #include <gdcmReader.h>
  40         #include <gdcmImageHelper.h>
  41         #include <gdcmIPPSorter.h>
  42         #include <vtkGDCMImageReader.h>
  43         #include "vtkStringArray.h"
  44 #endif
  45
  46 namespace bbgdcmvtk
  47 {
  48
  49 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetXCoherentInfoGdcmReader)
  50 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetXCoherentInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  51
  52
  53 vtkImageData* GetXCoherentInfoGdcmReader::CreateDefaultImage()
  54 {
  55         int i;
  56         int sizeX, sizeY, sizeZ;
  57         sizeX = 200;
  58         sizeY = sizeX;
  59         sizeZ = 1;
  60         vtkImageData *newImage = vtkImageData::New();
  61         newImage->Initialize();
  62         newImage->SetSpacing( 1,1,1 );
  63         newImage->SetDimensions(  sizeX,sizeY,sizeZ );
  64         newImage->SetExtent(0,  sizeX-1,0,sizeY-1,0,sizeZ-1 );
  65
  66 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
  67 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
  68         newImage->SetWholeExtent(0,  sizeX-1,0,sizeY-1,0,sizeZ-1 );
  69         newImage->SetScalarTypeToUnsignedChar();
  70         newImage->SetNumberOfScalarComponents(1);
  71         newImage->AllocateScalars();
  72         newImage->Update();
  73 #else
  74         newImage->AllocateScalars(VTK_UNSIGNED_CHAR,1);
  75 #endif
  76
  77         memset ( (void*)newImage->GetScalarPointer(), 0, sizeX*sizeY*1 );
  78         for (i=0; i<sizeX; i++)
  79         {
  80                 newImage->SetScalarComponentFromDouble(i,i,0, 0, 255 );
  81                 newImage->SetScalarComponentFromDouble(i,sizeY-1-i,0, 0, 255 );
  82         } // for i
  83         return newImage;
  84 }
  85
  86
  87 #if defined USE_GDCM
  88 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
  89 {
  90  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
  91    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  92
  93         if ( bbGetInputIn().size()!=0 )
  94         {
  95                 f->SetFileName( bbGetInputIn()[0] );
  96         } else {
  97                 f->SetFileName( "" );
  98         } // if
  99
 100    bool res = f->Load();
 101    if ( !res )
 102    {
 103                 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process resultImage NULL\n");
 104         f->Delete();
 105         bbSetOutputOut( CreateDefaultImage() );
 106         return;
 107    } // if res
 108  // Get info from the first image file
 109    int i;
 110    std::vector<double> v_iop;
 111    float iop[6];
 112    f->GetImageOrientationPatient(iop);
 113
 114    for(i=0; i< 6; i++)
 115         {
 116       v_iop.push_back(iop[i]);
 117         } // for i
 118    bbSetOutputIOP(v_iop );
 119
 120    std::vector<double> v_ipp;
 121    float ipp[3];
 122    f->GetImagePositionPatient(ipp);
 123
 124    for(i=0; i< 3; i++)
 125         {
 126       v_ipp.push_back(ipp[i]);
 127         } // for i
 128    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 129
 130 // Add *all the files* to the SerieHelper
 131    sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
 132    std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 133
 134    for(std::vector<std::string>::iterator it = gii.begin();
 135                                           it != gii.end();
 136                                         ++it)
 137    {
 138       sh->AddFileName(*it);
 139    } //for vector
 140
 141    GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator it;
 142    GDCM_NAME_SPACE::FileList *l;
 143
 144    // Should only contain one!
 145    l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 146
 147    double zspacing = 0.;
 148    sh->OrderFileList(l); // this one should compute the *actual* Z Spacing!
 149    zspacing             = sh->GetZSpacing();
 150    std::vector<double> v_pixelspacing;
 151    v_pixelspacing.push_back( f->GetXSpacing() );
 152    v_pixelspacing.push_back( f->GetYSpacing() );
 153    v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 154 //   if (f->GetZSize() != 1) {
 155 //      v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
 156 //   }
 157    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 158
 159         VectorMapInfoDicom vectormapinfodicom;
 160         uint16_t group;
 161         uint16_t elem;
 162         std::string key;
 163         std::string strTagValue;  // read on disc
 164         int iTag,sizeDicomTagsVector=bbGetInputDicomTags().size();
 165         GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator iitt = l->begin();
 166         //iitt ++;
 167
 168         for ( ; iitt != l->end(); ++iitt)
 169         {
 170                 MapInfoDicom mapinfodicom;
 171
 172                 for (iTag=0; iTag<sizeDicomTagsVector; iTag++)
 173                 {
 174                         key = bbGetInputDicomTags()[iTag];
 175                         group = elem = 0;
 176                         if ( (key.size()==10) && (key[0] == 'D') && (key[5] == '_') )
 177                         {
 178                                 sscanf(key.c_str(),"D%04hx_%04hx ",&group,&elem);
 179                         }// if key
 180                         strTagValue = (*iitt)->GetEntryString(group,elem);
 181                         mapinfodicom.insert ( std::pair<std::string,std::string>(key,strTagValue) );
 182                 } // for iTag
 183
 184                 vectormapinfodicom.push_back( mapinfodicom );
 185    } // for iitt
 186    bbSetOutputDicomInfo( vectormapinfodicom );
 187
 188    if (reader!=NULL)
 189    {
 190       reader->Delete();
 191       reader = NULL;
 192    }
 193    reader = vtkGdcmReader::New();
 194         //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
 195         reader->SetFlipY(false);
 196    //reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
 197    reader->SetCoherentFileList(l);
 198    reader->Update();
 199    reader->GetOutput();
 200    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 201 }
 202 #endif
 203 // endif USE_GDCM
 204
 205 #if defined USE_GDCM2
 206 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
 207 {
 208  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
 209         gdcm::Reader *read = new gdcm::Reader();
 210         reader->SetFileName( bbGetInputIn()[0].c_str() );
 211
 212         bool res = read->Read();
 213         if ( !res )
 214         {
 215         delete read;
 216         bbSetOutputOut(NULL);
 217         return;
 218         }
 219
 220
 221
 222  // Get info from the first image file
 223    const gdcm::File &f = read->GetFile();
 224    int i;
 225    std::vector<double> v_iop;
 226    const gdcm::DataElement &deIop = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(0x0020, 0x0037));
 227    std::stringstream ss;
 228    deIop.GetValue().Print(ss);
 229    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM6> iop;
 230    iop.Read( ss );
 231    for(i=0; i< 6; i++)
 232         {
 233         v_iop.push_back((float)(iop[i]));
 234         }
 235    bbSetOutputIOP(v_iop );
 236
 237   std::vector<double> v_ipp;
 238    const gdcm::DataElement &deIpp = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag((0x0020,0x0032)));
 239    deIpp.GetValue().Print(ss);
 240    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM3> ipp;
 241    ipp.Read( ss );
 242         for(i=0; i< 3; i++)
 243         {
 244                 v_ipp.push_back((float)(ipp[i]));
 245         } // for 3
 246    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 247
 248 // Add *all the files* to the IPPsorter
 249      gdcm::IPPSorter s;
 250          s.SetComputeZSpacing( true );
 251      s.SetZSpacingTolerance( 1e-3 );
 252      std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 253      s.Sort(gii);
 254
 255          //l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 256          // no Test if we have multiple series
 257          //s.GetFilenames();
 258          //int nbFiles;
 259
 260         double zspacing = 0.;
 261         zspacing = s.GetZSpacing();
 262         std::vector<double> v_pixelspacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 263         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[0] );
 264         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[1] );
 265         v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 266         bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 267
 268    if (reader!=NULL)
 269    {
 270       reader->Delete();
 271       reader=NULL;
 272    }
 273    reader = vtkGDCMImageReader::New();
 274    vtkStringArray *files = vtkStringArray::New();
 275    std::vector< std::string >::const_iterator it = s.GetFilenames().begin();
 276    for( ; it != s.GetFilenames().end(); ++it)
 277    {
 278           const std::string &f = *it;
 279       files->InsertNextValue( f.c_str() );
 280    }
 281    reader->SetFileNames(files);
 282    reader->Update();
 283    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 284 }
 285 #endif
 286 // endif USE_GDCM2
 287
 288 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
 289 {
 290         reader=NULL;
 291    std::vector<std::string> init;
 292    init.push_back("");
 293    bbSetInputIn(init);
 294    //reader=NULL;   /// \TODO fixme JPR
 295 }
 296
 297 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
 298 {
 299
 300 }
 301
 302 #if defined USE_GDCM
 303 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 304 {
 305    if(reader)
 306         {
 307       reader->Delete();
 308         } // if reader
 309    if(f)
 310         {
 311       f->Delete();
 312         } // if f
 313    if(sh)
 314         {
 315       sh->Delete();
 316         } // if sh
 317 }
 318 #endif
 319
 320 #if defined USE_GDCM2
 321 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 322 {
 323    if(reader)
 324         {
 325       reader->Delete();
 326         }
 327 }
 328 #endif
 329
 330 }
 331 // EO namespace bbgdcmvtk