packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.cxx

   1 #include "bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.h"
   2 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
   3
   4 #include "gdcmFile.h"
   5 #include "vtkImageData.h"
   6 #include <vtkIndent.h>
   7 #if defined USE_GDCM
   8 #include "gdcmFileHelper.h"
   9 #endif
  10 #if defined USE_GDCM2
  11         #include <gdcmReader.h>
  12         #include <gdcmImageHelper.h>
  13         #include <gdcmIPPSorter.h>
  14         #include <vtkGDCMImageReader.h>
  15         #include "vtkStringArray.h"
  16 #endif
  17
  18 namespace bbgdcmvtk
  19 {
  20
  21 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetXCoherentInfoGdcmReader)
  22 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetXCoherentInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  23 #if defined USE_GDCM
  24 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
  25 {
  26  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
  27    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  28    f->SetFileName( bbGetInputIn()[0] );
  29    bool res = f->Load();
  30    if ( !res )
  31    {
  32       f->Delete();
  33       bbSetOutputOut(0);
  34       return;
  35    }
  36  // Get info from the first image file
  37    int i;
  38    std::vector<double> v_iop;
  39    float iop[6];
  40    f->GetImageOrientationPatient(iop);
  41
  42    for(i=0; i< 6; i++)
  43       v_iop.push_back(iop[i]);
  44    bbSetOutputIOP(v_iop );
  45
  46    std::vector<double> v_ipp;
  47    float ipp[3];
  48    f->GetImagePositionPatient(ipp);
  49
  50    for(i=0; i< 3; i++)
  51       v_ipp.push_back(ipp[i]);
  52    bbSetOutputIPP(v_ipp );
  53
  54 // Add *all the files* to the SerieHelper
  55    sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
  56    std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
  57
  58    for(std::vector<std::string>::iterator it = gii.begin();
  59                                           it != gii.end();
  60                                         ++it)
  61    {
  62       sh->AddFileName(*it);
  63    }
  64
  65    GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator it;
  66    GDCM_NAME_SPACE::FileList *l;
  67
  68    // Should only contain one!
  69    l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
  70
  71    int nbFiles;
  72    double zspacing = 0.;
  73    nbFiles = l->size() ;
  74    sh->OrderFileList(l); // this one should compute the *actual* Z Spacing!
  75    zspacing = sh->GetZSpacing();
  76    std::vector<double> v_pixelspacing;
  77    v_pixelspacing.push_back( f->GetXSpacing() );
  78    v_pixelspacing.push_back( f->GetYSpacing() );
  79    v_pixelspacing.push_back( zspacing );
  80 //   if (f->GetZSize() != 1) {
  81 //      v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
  82 //   }
  83    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
  84
  85    if (reader!=NULL)
  86    {
  87       reader->Delete();
  88       reader=NULL;
  89    }
  90    reader = vtkGdcmReader::New();
  91    //reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
  92    reader->SetCoherentFileList(l);
  93    reader->Update();
  94    reader->GetOutput();
  95
  96    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
  97 }
  98 #endif
  99 // endif USE_GDCM
 100
 101 #if defined USE_GDCM2
 102 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
 103 {
 104  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
 105         gdcm::Reader *read = new gdcm::Reader();
 106         reader->SetFileName( bbGetInputIn()[0].c_str());
 107
 108         bool res = read->Read();
 109    if ( !res )
 110    {
 111       delete read;
 112       bbSetOutputOut(0);
 113       return;
 114    }
 115
 116  // Get info from the first image file
 117    const gdcm::File &f = read->GetFile();
 118    int i;
 119    std::vector<double> v_iop;
 120    const gdcm::DataElement &deIop = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(0x0020, 0x0037));
 121    std::stringstream ss;
 122    deIop.GetValue().Print(ss);
 123    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM6> iop;
 124    iop.Read( ss );
 125    for(i=0; i< 6; i++)
 126       v_iop.push_back((float)(iop[i]));
 127    bbSetOutputIOP(v_iop );
 128
 129   std::vector<double> v_ipp;
 130    const gdcm::DataElement &deIpp = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag((0x0020,0x0032)));
 131    deIpp.GetValue().Print(ss);
 132    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM3> ipp;
 133    ipp.Read( ss );
 134           for(i=0; i< 3; i++)
 135                 v_ipp.push_back((float)(ipp[i]));
 136    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 137
 138 // Add *all the files* to the IPPsorter
 139      gdcm::IPPSorter s;
 140          s.SetComputeZSpacing( true );
 141      s.SetZSpacingTolerance( 1e-3 );
 142      std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 143      s.Sort(gii);
 144
 145          //l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 146          // no Test if we have multiple series
 147          //s.GetFilenames();
 148          //int nbFiles;
 149
 150         double zspacing = 0.;
 151         zspacing = s.GetZSpacing();
 152         std::vector<double> v_pixelspacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 153         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[0] );
 154         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[1] );
 155         v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 156         bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 157
 158    if (reader!=NULL)
 159    {
 160       reader->Delete();
 161       reader=NULL;
 162    }
 163    reader = vtkGDCMImageReader::New();
 164    vtkStringArray *files = vtkStringArray::New();
 165    std::vector< std::string >::const_iterator it = s.GetFilenames().begin();
 166    for( ; it != s.GetFilenames().end(); ++it)
 167    {
 168           const std::string &f = *it;
 169       files->InsertNextValue( f.c_str() );
 170     }
 171    reader->SetFileNames(files);
 172    reader->Update();
 173    reader->GetOutput();
 174    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 175 }
 176 #endif
 177 // endif USE_GDCM2
 178
 179 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
 180 {
 181    std::vector<std::string> init;
 182    init.push_back("");
 183    bbSetInputIn(init);
 184    reader=NULL;
 185 }
 186
 187 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
 188 {
 189
 190 }
 191
 192 #if defined USE_GDCM
 193 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 194 {
 195    if(reader)
 196       reader->Delete();
 197    if(f)
 198       f->Delete();
 199    if(sh)
 200       sh->Delete();
 201 }
 202 #endif
 203
 204 #if defined USE_GDCM2
 205 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 206 {
 207    if(reader)
 208       reader->Delete();
 209 }
 210 #endif
 211
 212 }
 213 // EO namespace bbgdcmvtk