packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.cxx

   1 #include "bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.h"
   2 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
   3
   4 #include "gdcmFile.h"
   5 #include "gdcmFileHelper.h"
   6 #include "vtkImageData.h"
   7 #include "vtkGdcmReader.h"
   8 #include <vtkIndent.h>
   9
  10 namespace bbgdcmvtk
  11 {
  12
  13 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetXCoherentInfoGdcmReader)
  14 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetXCoherentInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  15 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
  16 {
  17  // Read the first image file
  18    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  19    f->SetFileName( bbGetInputIn()[0] );
  20    bool res = f->Load();
  21    if ( !res )
  22    {
  23       f->Delete();
  24       bbSetOutputOut(0);
  25       return;
  26    }
  27  // Get info from the first image file
  28    int i;
  29    std::vector<double> v_iop;
  30    float iop[6];
  31    f->GetImageOrientationPatient(iop);
  32    for(i=0; i< 6; i++)
  33       v_iop.push_back(iop[i]);
  34    bbSetOutputIOP(v_iop );
  35
  36    std::vector<double> v_ipp;
  37    float ipp[3];
  38    f->GetImagePositionPatient(ipp);
  39    for(i=0; i< 3; i++)
  40       v_ipp.push_back(ipp[i]);
  41    bbSetOutputIPP(v_ipp );
  42
  43    std::vector<double> v_pixelspacing;
  44    v_pixelspacing.push_back(f->GetXSpacing());
  45    v_pixelspacing.push_back(f->GetYSpacing());
  46    if (f->GetZSize() != 1) {
  47       v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
  48    }
  49    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
  50
  51 // Add all the files to the SerieHelper
  52    sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
  53    std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
  54    for(std::vector<std::string>::iterator it = gii.begin();
  55                                           it != gii.end();
  56                                         ++it)
  57    {
  58       sh->AddFileName(*it);
  59    }
  60
  61    GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator it;
  62    GDCM_NAME_SPACE::FileList *l;
  63
  64    // ==================== Just to see ==============================
  65
  66    std::cout << std::endl << " ---------------------------------------- Recap"
  67              << std::endl;
  68    l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
  69    while (l)
  70    {
  71       it = l->begin();
  72       std::cout << "SerieUID [" <<  (*it)->GetEntryString(0x0020,0x000e) <<"]   Serie Description ["
  73                 << (*it)->GetEntryString(0x0008,0x103e) << "] "
  74                 << " : " << l->size() << " files" << std::endl;
  75       l = sh->GetNextSingleSerieUIDFileSet();
  76    }
  77     std::cout << " ----------------------------------------End Recap"
  78              << std::endl << std::endl;
  79
  80    if(l->size() > 1)
  81      std::cout << " --------------------------- More than ONE Serie UID ?!?"
  82                << std::endl << std::endl;
  83    // ============================================================
  84
  85    // Should only contain one!
  86    l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
  87
  88    int nbFiles;
  89    double zspacing = 0.;
  90    nbFiles = l->size() ;
  91    sh->OrderFileList(l);
  92    zspacing = sh->GetZSpacing();
  93
  94    std::cout << "GetZSpacing() of sorted SingleSerieUIDFileSet "
  95              << "from GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper: " << zspacing << std::endl;
  96    std::cout << " ('-1' means all the files have the same position)" << std::endl;
  97
  98    bbSetOutputInterSlice(zspacing);
  99
 100
 101    reader = vtkGdcmReader::New();
 102    //reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
 103    reader->SetCoherentFileList(l);
 104    reader->Update();
 105    reader->GetOutput();
 106
 107    vtkIndent indent ;
 108    reader->GetOutput()->PrintSelf(std::cout, indent);
 109    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 110 }
 111
 112 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserConstructor()
 113 {
 114     std::vector<std::string> init;
 115     init.push_back("");
 116     bbSetInputIn(init);
 117 }
 118
 119 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserCopyConstructor(bbtk::BlackBox::Pointer)
 120 {
 121
 122 }
 123
 124 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserDestructor()
 125 {
 126    if(reader)
 127       reader->Delete();
 128    if(f)
 129       f->Delete();
 130    if(sh)
 131       sh->Delete();
 132 }
 133
 134 }
 135 // EO namespace bbgdcmvtk
 136
 137