packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.h

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la SantÈ)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27 #ifdef _USE_VTK_
  28
  29 #ifndef __bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader_h_INCLUDED__
  30 #define __bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader_h_INCLUDED__
  31
  32 #include "bbgdcmvtk_EXPORT.h"
  33 #include "bbtkAtomicBlackBox.h"
  34 #include "iostream"
  35
  36 #if defined(USE_GDCM)
  37 #include "vtkGdcmReader.h"
  38 #endif
  39
  40 #if defined(USE_GDCM2)
  41 #include "vtkGDCMImageReader.h"
  42 #endif
  43
  44 #include "gdcmFile.h"
  45 #include "gdcmSerieHelper.h"
  46
  47 #include "vtkImageData.h"
  48 namespace bbgdcmvtk
  49 {
  50         typedef std::map<std::string, std::string>      MapInfoDicom;
  51         typedef std::vector< MapInfoDicom >             VectorMapInfoDicom;
  52
  53 class bbgdcmvtk_EXPORT GetXCoherentInfoGdcmReader
  54  :
  55    public bbtk::AtomicBlackBox
  56 {
  57
  58   BBTK_BLACK_BOX_INTERFACE(GetXCoherentInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  59
  60   BBTK_DECLARE_INPUT(In                         , std::vector<std::string>);
  61   BBTK_DECLARE_INPUT(IPPSort            , bool);
  62   BBTK_DECLARE_INPUT(DicomTags          , std::vector<std::string>);
  63   BBTK_DECLARE_INPUT(ReadRaw            , bool);
  64   BBTK_DECLARE_INPUT(RespectSerieUID, bool);
  65
  66   BBTK_DECLARE_OUTPUT(Out                       , vtkImageData *);
  67   BBTK_DECLARE_OUTPUT(OutFileNames  , std::vector<std::string>);
  68   BBTK_DECLARE_OUTPUT(IPP                       , std::vector<double>);
  69   BBTK_DECLARE_OUTPUT(IOP                       , std::vector<double>);
  70   BBTK_DECLARE_OUTPUT(PixelSpacing      , std::vector<double>);
  71   BBTK_DECLARE_OUTPUT(DicomInfo         , VectorMapInfoDicom);
  72
  73   BBTK_PROCESS(Process);
  74   void Process();
  75
  76   void Process2();
  77
  78         vtkImageData* CreateDefaultImage();
  79
  80
  81   private:
  82
  83 #if defined USE_GDCM
  84                 GDCM_NAME_SPACE::File *f;
  85                 GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper *sh;
  86                 vtkGdcmReader *reader;
  87 #endif
  88 #if defined USE_GDCM2
  89                 vtkGDCMImageReader *reader;
  90 #endif
  91 };
  92
  93   //=================================================================
  94   // UserBlackBox description
  95 BBTK_BEGIN_DESCRIBE_BLACK_BOX(GetXCoherentInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  96   BBTK_NAME("GetXCoherentInfoGdcmReader");
  97   BBTK_AUTHOR("jpr, eduardo");
  98   BBTK_DESCRIPTION("Get Dicom info from a File Set (a list of Dicom image file names) and read (as a vtkImageData)");
  99   BBTK_CATEGORY("");
 100
 101   BBTK_INPUT(GetXCoherentInfoGdcmReader,In                              ,"List of Dicom image file names", std::vector<std::string>,"");
 102   BBTK_INPUT(GetXCoherentInfoGdcmReader,IPPSort                 ,"Sort on Image Position Patient", bool,"");
 103   BBTK_INPUT(GetXCoherentInfoGdcmReader,DicomTags               ,"Dicom Tags (vector of Dicom tags ex: D0028_0030  D0020_0037)", std::vector<std::string>,"");
 104   BBTK_INPUT(GetXCoherentInfoGdcmReader,ReadRaw             ,"(default true) false: not read raw just dicom tags", bool,"");
 105   BBTK_INPUT(GetXCoherentInfoGdcmReader,RespectSerieUID ,"(default true) Respect Serie UID to be read", bool,"");
 106
 107   BBTK_OUTPUT(GetXCoherentInfoGdcmReader,Out                    ,"Output image"                                         , vtkImageData *,"");
 108   BBTK_OUTPUT(GetXCoherentInfoGdcmReader,OutFileNames   ,"List of the files in the good order"  , std::vector<std::string>,"");
 109   BBTK_OUTPUT(GetXCoherentInfoGdcmReader,IPP                    ,"Image Position (Patient)"                     , std::vector<double>,"");
 110   BBTK_OUTPUT(GetXCoherentInfoGdcmReader,IOP                    ,"Image Orientation (Patient)"          , std::vector<double>,"");
 111   BBTK_OUTPUT(GetXCoherentInfoGdcmReader,PixelSpacing   ,"Pixel Spacing"                                        , std::vector<double>,"");
 112   BBTK_OUTPUT(GetXCoherentInfoGdcmReader,DicomInfo              ,"vector of maps of Dicom tags"         , VectorMapInfoDicom,"");
 113 BBTK_END_DESCRIBE_BLACK_BOX(GetXCoherentInfoGdcmReader);
 114 } // EO namespace bbgdcmvtk
 115
 116 #endif // __bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader_h_INCLUDED__
 117
 118 #endif //_USE_VTK_