packages/itk/src/bbitkImageProperties.cxx

   1 /*
   2  # ---------------------------------------------------------------------
   3  #
   4  # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5  #                        pour la SantÈ)
   6  # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7  # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8  # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9  #
  10  #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
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  13  #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14  #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  16  #
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  22  #
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  24  #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25  # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27
  28 /*=========================================================================
  29   Program:   bbtk
  30   Module:    $RCSfile: bbitkImageProperties.cxx,v $
  31   Language:  C++
  32   Date:      $Date: 2012/11/16 08:50:39 $
  33   Version:   $Revision: 1.16 $
  34 =========================================================================*/
  35
  36
  37
  38 /**
  39  *  \file
  40  *  \brief
  41  */
  42 #ifdef _USE_ITK_
  43
  44 #include "bbitkImageProperties.h"
  45 #include "bbitkPackage.h"
  46 #include "itkMinimumMaximumImageFilter.h"
  47
  48 namespace bbitk
  49 {
  50   BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(ImageProperties,bbtk::AtomicBlackBox);
  51
  52   BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(itk,ImageProperties);
  53
  54         //-----------------------------------------------------------------
  55         void ImageProperties::bbUserSetDefaultValues()
  56         {
  57         }
  58
  59         //-----------------------------------------------------------------
  60         void ImageProperties::bbUserInitializeProcessing()
  61         {
  62         }
  63
  64         //-----------------------------------------------------------------
  65         void ImageProperties::bbUserFinalizeProcessing()
  66         {
  67         }
  68
  69   void ImageProperties::DoIt()
  70   {
  71       printf("EED ImageProperties::DoIt Start \n");
  72     BBTK_TEMPLATE_ITK_IMAGE_SWITCH(bbGetInputIn().type(),DoIt);
  73       printf("EED ImageProperties::DoIt End \n");
  74   }
  75
  76   /**
  77       Template Processing
  78   */
  79   template<class itkImageType>
  80   void ImageProperties::DoIt()
  81   {
  82       printf("EED <template>ImageProperties::DoIt Start \n");
  83     bbtkDebugMessageInc("Core",9,"bbitk::ImageProperties::DoIt<"
  84                         <<bbtk::TypeName<itkImageType>()
  85                         <<">()"<<std::endl);
  86
  87     itkImageType* im = bbGetInputIn().get<itkImageType*>();
  88
  89       printf("EED <template>ImageProperties::DoIt 1 \n");
  90
  91     unsigned int dim = im->GetImageDimension();
  92
  93
  94     bbSetOutputTypeName(bbtk::TypeName<typename itkImageType::PixelType>());
  95     bbSetOutputDimension(dim);
  96     const typename itkImageType::RegionType& r =im->GetLargestPossibleRegion();
  97     bbSetOutputLargestPossibleRegion(r);
  98
  99       printf("EED <template>ImageProperties::DoIt 2 \n");
 100
 101     const typename itkImageType::IndexType& ind = r.GetIndex();
 102     std::vector<int> vind;
 103     for (unsigned int i=0;i<dim;++i)
 104        vind.push_back(ind[i]);
 105     bbSetOutputIndex(vind);
 106
 107     const typename itkImageType::SizeType& sz = r.GetSize();
 108     std::vector<int> vsz;
 109     for (unsigned int i=0;i<dim;++i)
 110        vsz.push_back(sz[i]);
 111
 112       printf("EED <template>ImageProperties::DoIt 3 \n");
 113
 114   // brute hack to avoid failure of most black boxes that expects 3D images. // JPR
 115    if (dim==2)
 116         vsz.push_back(1);
 117     bbSetOutputSize(vsz);
 118
 119     const typename itkImageType::PointType& orgn = im->GetOrigin();
 120     std::vector<float> vog;
 121     for (unsigned int i=0;i<dim;++i)
 122        vog.push_back(orgn[i]);
 123
 124  // brute hack to avoid failure of most black boxes that expects 3D images. // EC
 125     if (dim==2)
 126        vog.push_back(1.0);
 127
 128     bbSetOutputOrigin(vog);
 129       printf("EED <template>ImageProperties::DoIt 4 \n");
 130
 131     typename itkImageType::SpacingType sp = im->GetSpacing();
 132     std::vector<double> vsp;
 133     for (unsigned int i=0;i<dim;++i)
 134        vsp.push_back(double(sp[i]));
 135
 136  // brute hack to avoid failure of most black boxes that expects 3D images. // JPR
 137     if (dim==2)
 138        vsp.push_back(1.0);
 139
 140     bbSetOutputSpacing(vsp);
 141
 142
 143   // Min Max Value                     // EED
 144           std::vector<float> vminmax;
 145           typedef itk::MinimumMaximumImageFilter< itkImageType > MinMaxFilterType;
 146           typename MinMaxFilterType::Pointer minMaxCalculator = MinMaxFilterType::New();
 147           minMaxCalculator->SetInput(im);
 148           minMaxCalculator->Update();
 149           vminmax.push_back( (float) (minMaxCalculator->GetMinimum()) );
 150           vminmax.push_back( (float) (minMaxCalculator->GetMaximum()) );
 151           bbSetOutputMinMax(vminmax);
 152
 153       printf("EED <template>ImageProperties::DoIt 5 \n");
 154
 155
 156     bbtkDebugDecTab("Core",9);
 157       printf("EED <template>ImageProperties::DoIt End \n");
 158   }
 159
 160
 161 } // eo namespace bbtk
 162
 163 #endif