packages/itk/src/bbitkImageSeriesReader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   bbtk
   3   Module:    $RCSfile: bbitkImageSeriesReader.cxx,v $
   4   Language:  C++
   5   Date:      $Date: 2008/11/26 10:13:32 $
   6   Version:   $Revision: 1.7 $
   7 =========================================================================*/
   8
   9 /* ---------------------------------------------------------------------
  10
  11 * Copyright (c) CREATIS-LRMN (Centre de Recherche en Imagerie Medicale)
  12 * Authors : Eduardo Davila, Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
  13 *
  14 *  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  15 *  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  16 *  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  17 *  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  18 *  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  19 *  or in the file LICENSE.txt.
  20 *
  21 *  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  22 *  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  23 *  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  24 *  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  25 *  liability.
  26 *
  27 *  The fact that you are presently reading this means that you have had
  28 *  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  29 * ------------------------------------------------------------------------ */
  30
  31 /**
  32  *  \file
  33  *  \brief
  34  */
  35 #ifdef _USE_ITK_
  36
  37 #include "bbitkImageSeriesReader.h"
  38 #include "bbitkPackage.h"
  39 #include "itkImageSeriesReader.h"
  40
  41 namespace bbitk
  42 {
  43   BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(ImageSeriesReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  44
  45   BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(itk,ImageSeriesReader);
  46
  47   void ImageSeriesReader::Read()
  48   {
  49     const std::vector<std::string>& filenames = bbGetInputFileNames();
  50     if (!filenames.size())
  51       {
  52         typedef Image_uint8_t_2_ptr itype;
  53         Image_uint8_t_2::Pointer p = Image_uint8_t_2::New();
  54         Image_uint8_t_2::IndexType i;
  55         i.Fill(0);
  56         Image_uint8_t_2::SizeType s;
  57         s.Fill(1);
  58         Image_uint8_t_2::RegionType r(i,s);
  59         p->SetRegions(r);
  60         p->Allocate();
  61         p->Register();
  62         bbSetOutputOut(p.GetPointer());
  63         return;
  64         //bbtkError("Void vector passed to "<<bbGetFullName());
  65       }
  66
  67     std::string filename = filenames[0];
  68
  69     itk::ImageIOBase::Pointer genericReader =
  70       itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(),
  71                                          itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  72
  73     if (!genericReader)
  74       {
  75         bbtkError(bbGetFullName()<<" : File format unknown (while reading [" << filename << "])");
  76       }
  77     genericReader->SetFileName(filename.c_str());
  78     genericReader->ReadImageInformation();
  79
  80     int plusUn;
  81     if (filenames.size()>1)
  82        plusUn = 1;
  83     else
  84        plusUn = 0;
  85
  86     bbtk::TypeInfo typ = GetITKImagePtrTypeInfoFromPixelTypeInfoAndDimension(genericReader->GetComponentTypeInfo(), genericReader->GetNumberOfDimensions() + plusUn);
  87
  88     BBTK_TEMPLATE_ITK_IMAGE_SWITCH(typ,Read);
  89
  90   }
  91
  92   /**
  93       Template Processing
  94   */
  95   template<class T>
  96   void ImageSeriesReader::Read()
  97   {
  98     bbtkDebugMessageInc("Core",9,"bbitk::ImageSeriesReader<"
  99                         <<bbtk::TypeName<T>()
 100                         <<">::Read()"<<std::endl);
 101
 102     typedef T itkImageType;
 103     typedef itk::ImageSeriesReader< itkImageType > itkReaderType;
 104
 105     typename itkReaderType::Pointer reader = itkReaderType::New();
 106     const std::vector<std::string>& filenames = bbGetInputFileNames();
 107     reader->SetFileNames(filenames);
 108     try { reader->Update(); }
 109     catch( std::exception& e )
 110       {
 111         bbtkError("could not read image series : "<<e.what());
 112       }
 113
 114     reader->GetOutput()->Register();
 115     //    if (bbGetOutputOut())
 116     bbSetOutputOut ( reader->GetOutput() );
 117
 118     bbtkDebugDecTab("Core",9);
 119   }
 120
 121
 122 }
 123 // eo namespace bbtk
 124
 125 #endif