packages/itk/src/bbitkImageSeriesReader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   bbtk
   3   Module:    $RCSfile: bbitkImageSeriesReader.cxx,v $
   4   Language:  C++
   5   Date:      $Date: 2008/10/17 08:18:21 $
   6   Version:   $Revision: 1.6 $
   7 =========================================================================*/
   8
   9 /* ---------------------------------------------------------------------
  10
  11 * Copyright (c) CREATIS-LRMN (Centre de Recherche en Imagerie Medicale)
  12 * Authors : Eduardo Davila, Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
  13 *
  14 *  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  15 *  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
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  18 *  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  28 *  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  29 * ------------------------------------------------------------------------ */
  30
  31 /**
  32  *  \file
  33  *  \brief
  34  */
  35 #ifdef _USE_ITK_
  36
  37 #include "bbitkImageSeriesReader.h"
  38 #include "bbitkPackage.h"
  39 #include "itkImageSeriesReader.h"
  40
  41 namespace bbitk
  42 {
  43   BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(ImageSeriesReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  44
  45   BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(itk,ImageSeriesReader);
  46
  47   void ImageSeriesReader::Read()
  48   {
  49     const std::vector<std::string>& filenames = bbGetInputFileNames();
  50     if (!filenames.size())
  51       {
  52         typedef Image_uint8_t_2_ptr itype;
  53         Image_uint8_t_2::Pointer p = Image_uint8_t_2::New();
  54         Image_uint8_t_2::IndexType i;
  55         i.Fill(0);
  56         Image_uint8_t_2::SizeType s;
  57         s.Fill(1);
  58         Image_uint8_t_2::RegionType r(i,s);
  59         p->SetRegions(r);
  60         p->Allocate();
  61         p->Register();
  62         bbSetOutputOut(p.GetPointer());
  63         return;
  64         //bbtkError("Void vector passed to "<<bbGetFullName());
  65       }
  66
  67     std::string filename = filenames[0];
  68
  69     itk::ImageIOBase::Pointer genericReader =
  70       itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(),
  71                                          itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  72     if (!genericReader)
  73       {
  74         bbtkError(bbGetFullName()<<" : File format unknown (while reading \"" << filename << "\")");
  75       }
  76     genericReader->SetFileName(filename.c_str());
  77     genericReader->ReadImageInformation();
  78
  79     bbtk::TypeInfo typ = GetITKImagePtrTypeInfoFromPixelTypeInfoAndDimension(genericReader->GetComponentTypeInfo(), genericReader->GetNumberOfDimensions());
  80
  81     BBTK_TEMPLATE_ITK_IMAGE_SWITCH(typ,Read);
  82
  83   }
  84
  85   /**
  86       Template Processing
  87   */
  88   template<class T>
  89   void ImageSeriesReader::Read()
  90   {
  91     bbtkDebugMessageInc("Core",9,"bbitk::ImageSeriesReader<"
  92                         <<bbtk::TypeName<T>()
  93                         <<">::Read()"<<std::endl);
  94
  95     typedef T itkImageType;
  96     typedef itk::ImageSeriesReader< itkImageType > itkReaderType;
  97
  98     typename itkReaderType::Pointer reader = itkReaderType::New();
  99     const std::vector<std::string>& filenames = bbGetInputFileNames();
 100     reader->SetFileNames(filenames);
 101     try { reader->Update(); }
 102     catch( std::exception& e )
 103       {
 104         bbtkError("could not read image series : "<<e.what());
 105       }
 106
 107     reader->GetOutput()->Register();
 108     //    if (bbGetOutputOut())
 109     bbSetOutputOut ( reader->GetOutput() );
 110
 111     bbtkDebugDecTab("Core",9);
 112   }
 113
 114
 115
 116
 117
 118
 119 }
 120 // eo namespace bbtk
 121
 122 #endif