packages/itk/src/bbitkImageSeriesReader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   bbtk
   4   Module:    $RCSfile: bbitkImageSeriesReader.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2008/04/18 12:59:50 $
   7   Version:   $Revision: 1.3 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
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  17 =========================================================================*/
  18 /**
  19  *  \file
  20  *  \brief
  21  */
  22 #ifdef _USE_ITK_
  23
  24 #include "bbitkImageSeriesReader.h"
  25 #include "bbitkPackage.h"
  26 #include "itkImageSeriesReader.h"
  27
  28 namespace bbitk
  29 {
  30   BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(ImageSeriesReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  31
  32   BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(itk,ImageSeriesReader);
  33
  34
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  36
  37   void ImageSeriesReader::Read()
  38   {
  39     const std::vector<std::string>& filenames = bbGetInputFileNames();
  40     if (!filenames.size())
  41       {
  42         bbtkError("Void vector passed to "<<bbGetFullName());
  43       }
  44
  45     std::string filename = filenames[0];
  46
  47     itk::ImageIOBase::Pointer genericReader =
  48       itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(),
  49                                          itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  50     if (!genericReader)
  51       {
  52         bbtkError(bbGetFullName()<<" : File format unknown (while reading \"" << filename << "\")");
  53       }
  54     genericReader->SetFileName(filename.c_str());
  55     genericReader->ReadImageInformation();
  56
  57     bbtk::TypeInfo typ = GetITKImagePtrTypeInfoFromPixelTypeInfoAndDimension(genericReader->GetComponentTypeInfo(), genericReader->GetNumberOfDimensions());
  58
  59     BBTK_TEMPLATE_ITK_IMAGE_SWITCH(typ,Read);
  60
  61   }
  62
  63
  64
  65   /**
  66       Template Processing
  67   */
  68   template<class T>
  69   void ImageSeriesReader::Read()
  70   {
  71     bbtkDebugMessageInc("Core",9,"bbitk::ImageSeriesReader<"
  72                         <<bbtk::TypeName<T>()
  73                         <<">::Read()"<<std::endl);
  74
  75
  76
  77     typedef T itkImageType;
  78     typedef itk::ImageSeriesReader< itkImageType > itkReaderType;
  79
  80     typename itkReaderType::Pointer reader = itkReaderType::New();
  81     const std::vector<std::string>& filenames = bbGetInputFileNames();
  82     reader->SetFileNames(filenames);
  83     try { reader->Update(); }
  84     catch( std::exception& e )
  85       {
  86         bbtkError("could not read image series : "<<e.what());
  87       }
  88
  89     reader->GetOutput()->Register();
  90     bbSetOutputOut ( reader->GetOutput() );
  91
  92     bbtkDebugDecTab("Core",9);
  93   }
  94
  95
  96
  97
  98
  99
 100 }
 101 // eo namespace bbtk
 102
 103 #endif