packages/itk/src/bbitkImageSeriesReader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   bbtk
   3   Module:    $RCSfile: bbitkImageSeriesReader.cxx,v $
   4   Language:  C++
   5   Date:      $Date: 2008/11/27 14:55:54 $
   6   Version:   $Revision: 1.8 $
   7 =========================================================================*/
   8
   9 /* ---------------------------------------------------------------------
  10
  11 * Copyright (c) CREATIS-LRMN (Centre de Recherche en Imagerie Medicale)
  12 * Authors : Eduardo Davila, Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
  13 *
  14 *  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  15 *  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
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  28 *  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  29 * ------------------------------------------------------------------------ */
  30
  31 /**
  32  *  \file
  33  *  \brief
  34  */
  35 #ifdef _USE_ITK_
  36
  37 #include "bbitkImageSeriesReader.h"
  38 #include "bbitkPackage.h"
  39 #include "itkImageSeriesReader.h"
  40
  41 namespace bbitk
  42 {
  43   BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(ImageSeriesReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  44
  45   BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(itk,ImageSeriesReader);
  46
  47   void ImageSeriesReader::bbUserConstructor()
  48   {
  49     bbSetInputXSpacing(-1.);
  50     bbSetInputYSpacing(-1.);
  51     bbSetInputZSpacing(-1.);
  52   }
  53
  54   void ImageSeriesReader::bbUserCopyConstructor(bbtk::BlackBox::Pointer)
  55   {
  56   }
  57
  58   void ImageSeriesReader::bbUserDestructor()
  59   {
  60   }
  61
  62   void ImageSeriesReader::Read()
  63   {
  64     const std::vector<std::string>& filenames = bbGetInputFileNames();
  65     if (!filenames.size())
  66       {
  67         typedef Image_uint8_t_2_ptr itype;
  68         Image_uint8_t_2::Pointer p = Image_uint8_t_2::New();
  69         Image_uint8_t_2::IndexType i;
  70         i.Fill(0);
  71         Image_uint8_t_2::SizeType s;
  72         s.Fill(1);
  73         Image_uint8_t_2::RegionType r(i,s);
  74         p->SetRegions(r);
  75         p->Allocate();
  76         p->Register();
  77         bbSetOutputOut(p.GetPointer());
  78         return;
  79         //bbtkError("Void vector passed to "<<bbGetFullName());
  80       }
  81
  82     std::string filename = filenames[0];
  83
  84     itk::ImageIOBase::Pointer genericReader =
  85       itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(),
  86                                          itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  87
  88     if (!genericReader)
  89       {
  90         bbtkError(bbGetFullName()<<" : File format unknown (while reading [" << filename << "])");
  91       }
  92     genericReader->SetFileName(filename.c_str());
  93     genericReader->ReadImageInformation();
  94
  95     // a stack of 2D images will result as a 3D image // JPRx
  96     int plusUn;
  97     if (filenames.size()>1)
  98        plusUn = 1;
  99     else
 100        plusUn = 0;
 101
 102     bbtk::TypeInfo typ = GetITKImagePtrTypeInfoFromPixelTypeInfoAndDimension(genericReader->GetComponentTypeInfo(), genericReader->GetNumberOfDimensions() + plusUn);
 103
 104
 105     BBTK_TEMPLATE_ITK_IMAGE_SWITCH(typ,Read);
 106
 107   }
 108
 109   /**
 110       Template Processing
 111   */
 112   template<class T>
 113   void ImageSeriesReader::Read()
 114   {
 115     bbtkDebugMessageInc("Core",9,"bbitk::ImageSeriesReader<"
 116                         <<bbtk::TypeName<T>()
 117                         <<">::Read()"<<std::endl);
 118
 119     typedef T itkImageType;
 120     typedef itk::ImageSeriesReader< itkImageType > itkReaderType;
 121
 122     typename itkReaderType::Pointer reader = itkReaderType::New();
 123     const std::vector<std::string>& filenames = bbGetInputFileNames();
 124     reader->SetFileNames(filenames);
 125     try { reader->Update(); }
 126     catch( std::exception& e )
 127       {
 128         bbtkError("could not read image series : "<<e.what());
 129       }
 130
 131     // JPRx
 132     typename itkImageType::SpacingType spacingJPRx;
 133
 134     bool spacingToBeSet = false;
 135     if (bbGetInputXSpacing() > 0.)
 136     {
 137        spacingToBeSet = true;
 138        spacingJPRx[0]= bbGetInputXSpacing();
 139     }
 140     if (bbGetInputYSpacing() > 0.)
 141     {
 142        spacingToBeSet = true;
 143        spacingJPRx[1]= bbGetInputYSpacing();
 144     }
 145     if (bbGetInputZSpacing() > 0.)
 146     {
 147        spacingToBeSet = true;
 148        spacingJPRx[2]= bbGetInputZSpacing();
 149     }
 150     if (spacingToBeSet)
 151        reader->GetOutput()->SetSpacing(spacingJPRx);
 152     // JPRx
 153
 154     reader->GetOutput()->Register();
 155     //    if (bbGetOutputOut())
 156     bbSetOutputOut ( reader->GetOutput() );
 157
 158     bbtkDebugDecTab("Core",9);
 159   }
 160
 161
 162 }
 163 // eo namespace bbtk
 164
 165 #endif