packages/itk/src/bbitkImageSeriesReader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   bbtk
   4   Module:    $RCSfile: bbitkImageSeriesReader.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2008/05/16 14:03:19 $
   7   Version:   $Revision: 1.4 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
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  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
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  17 =========================================================================*/
  18 /**
  19  *  \file
  20  *  \brief
  21  */
  22 #ifdef _USE_ITK_
  23
  24 #include "bbitkImageSeriesReader.h"
  25 #include "bbitkPackage.h"
  26 #include "itkImageSeriesReader.h"
  27
  28 namespace bbitk
  29 {
  30   BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(ImageSeriesReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  31
  32   BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(itk,ImageSeriesReader);
  33
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  35
  36
  37   void ImageSeriesReader::Read()
  38   {
  39     const std::vector<std::string>& filenames = bbGetInputFileNames();
  40     if (!filenames.size())
  41       {
  42         typedef Image_uint8_t_2_ptr itype;
  43         Image_uint8_t_2::Pointer p = Image_uint8_t_2::New();
  44         Image_uint8_t_2::IndexType i;
  45         i.Fill(0);
  46         Image_uint8_t_2::SizeType s;
  47         s.Fill(1);
  48         Image_uint8_t_2::RegionType r(i,s);
  49         p->SetRegions(r);
  50         p->Allocate();
  51         p->Register();
  52         bbSetOutputOut(p.GetPointer());
  53         return;
  54         //bbtkError("Void vector passed to "<<bbGetFullName());
  55       }
  56
  57     std::string filename = filenames[0];
  58
  59     itk::ImageIOBase::Pointer genericReader =
  60       itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(),
  61                                          itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  62     if (!genericReader)
  63       {
  64         bbtkError(bbGetFullName()<<" : File format unknown (while reading \"" << filename << "\")");
  65       }
  66     genericReader->SetFileName(filename.c_str());
  67     genericReader->ReadImageInformation();
  68
  69     bbtk::TypeInfo typ = GetITKImagePtrTypeInfoFromPixelTypeInfoAndDimension(genericReader->GetComponentTypeInfo(), genericReader->GetNumberOfDimensions());
  70
  71     BBTK_TEMPLATE_ITK_IMAGE_SWITCH(typ,Read);
  72
  73   }
  74
  75
  76
  77   /**
  78       Template Processing
  79   */
  80   template<class T>
  81   void ImageSeriesReader::Read()
  82   {
  83     bbtkDebugMessageInc("Core",9,"bbitk::ImageSeriesReader<"
  84                         <<bbtk::TypeName<T>()
  85                         <<">::Read()"<<std::endl);
  86
  87
  88
  89     typedef T itkImageType;
  90     typedef itk::ImageSeriesReader< itkImageType > itkReaderType;
  91
  92     typename itkReaderType::Pointer reader = itkReaderType::New();
  93     const std::vector<std::string>& filenames = bbGetInputFileNames();
  94     reader->SetFileNames(filenames);
  95     try { reader->Update(); }
  96     catch( std::exception& e )
  97       {
  98         bbtkError("could not read image series : "<<e.what());
  99       }
 100
 101     reader->GetOutput()->Register();
 102     //    if (bbGetOutputOut())
 103     bbSetOutputOut ( reader->GetOutput() );
 104
 105     bbtkDebugDecTab("Core",9);
 106   }
 107
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 110
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 113 }
 114 // eo namespace bbtk
 115
 116 #endif