packages/itk/src/bbitkImageSeriesReader.cxx

   1 /*
   2  # ---------------------------------------------------------------------
   3  #
   4  # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5  #                        pour la SantÈ)
   6  # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7  # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8  # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9  #
  10  #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
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  13  #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14  #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  16  #
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  22  #
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  24  #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25  # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27
  28 /*=========================================================================
  29   Program:   bbtk
  30   Module:    $RCSfile: bbitkImageSeriesReader.cxx,v $
  31   Language:  C++
  32   Date:      $Date: 2012/11/16 08:50:39 $
  33   Version:   $Revision: 1.12 $
  34 =========================================================================*/
  35
  36
  37
  38 /**
  39  *  \file
  40  *  \brief
  41  */
  42 #ifdef _USE_ITK_
  43
  44 #include "bbitkImageSeriesReader.h"
  45 #include "bbitkPackage.h"
  46 #include "itkImageSeriesReader.h"
  47
  48 namespace bbitk
  49 {
  50   BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(ImageSeriesReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  51
  52   BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(itk,ImageSeriesReader);
  53
  54
  55         //-----------------------------------------------------------------
  56         void ImageSeriesReader::bbUserSetDefaultValues()
  57         {
  58                 bbSetInputXSpacing(-1.0);
  59                 bbSetInputYSpacing(-1.0);
  60                 bbSetInputZSpacing(-1.0);
  61         }
  62
  63         //-----------------------------------------------------------------
  64         void ImageSeriesReader::bbUserInitializeProcessing()
  65         {
  66         }
  67
  68         //-----------------------------------------------------------------
  69         void ImageSeriesReader::bbUserFinalizeProcessing()
  70         {
  71         }
  72
  73
  74
  75   void ImageSeriesReader::Read()
  76   {
  77 std::cout << "--------------------------------------------------- ImageSeriesReader::Read( NO template)" << std::endl;
  78     const std::vector<std::string>& filenames = bbGetInputFileNames();
  79     if (!filenames.size())
  80       {
  81         typedef Image_uint8_t_2_ptr itype;
  82         Image_uint8_t_2::Pointer p = Image_uint8_t_2::New();
  83         Image_uint8_t_2::IndexType i;
  84         i.Fill(0);
  85         Image_uint8_t_2::SizeType s;
  86         s.Fill(1);
  87         Image_uint8_t_2::RegionType r(i,s);
  88         p->SetRegions(r);
  89         p->Allocate();
  90         p->Register();
  91         bbSetOutputOut(p.GetPointer());
  92 std::cout << "--------------------------------------------------- ImageSeriesReader::Read( NO image found)" << std::endl;
  93         return;
  94         //bbtkError("Void vector passed to "<<bbGetFullName());
  95       }
  96
  97     std::string filename = filenames[0];
  98     std::cout << "--------------------------------------------------- size " << filenames.size() << std::endl;
  99 std::cout << "--------------------------------------------------- filenames[0] : " << filenames[0]<< std::endl;
 100 std::cout << "--------------------------------------------------- filename.c_str : " << filename.c_str()<< std::endl;
 101
 102     itk::ImageIOBase::Pointer genericReader =
 103       itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(),
 104                                          itk::ImageIOFactory::ReadMode);
 105
 106     if (!genericReader)
 107       {
 108         bbtkError(bbGetFullName()<<" : File format unknown (while reading [" << filename << "])");
 109       }
 110     genericReader->SetFileName(filename.c_str());
 111     genericReader->ReadImageInformation();
 112
 113     // a stack of 2D images will result as a 3D image // JPRx
 114     int plusUn;
 115     if (filenames.size()>1)
 116        plusUn = 1;
 117     else
 118        plusUn = 0;
 119
 120     bbtk::TypeInfo typ = GetITKImagePtrTypeInfoFromPixelTypeInfoAndDimension(genericReader->GetComponentTypeInfo(), genericReader->GetNumberOfDimensions() + plusUn);
 121
 122     BBTK_TEMPLATE_ITK_IMAGE_SWITCH(typ,Read);
 123
 124   }
 125
 126   /**
 127       Template Processing
 128   */
 129   template<class T>
 130   void ImageSeriesReader::Read()
 131   {
 132 std::cout << "--------------------------------------------------- ImageSeriesReader::Read()" << std::endl;
 133     bbtkDebugMessageInc("Core",9,"bbitk::ImageSeriesReader<"
 134                         <<bbtk::TypeName<T>()
 135                         <<">::Read()"<<std::endl);
 136
 137     typedef T itkImageType;
 138     typedef itk::ImageSeriesReader< itkImageType > itkReaderType;
 139
 140     typename itkReaderType::Pointer reader = itkReaderType::New();
 141     const std::vector<std::string>& filenames = bbGetInputFileNames();
 142
 143 std::cout << "--------------------------------------------------- size " << filenames.size() << std::endl;
 144         for (int i = 0; i< (int)(filenames.size()); i++)
 145         std::cout << "-- [" <<filenames[i] << "]" << std::endl;
 146
 147     reader->SetFileNames(filenames);
 148
 149     try { reader->Update(); }
 150     catch( std::exception& e )
 151       {
 152         bbtkError("could not read image series : "<<e.what());
 153       }
 154
 155     // JPRx
 156     typename itkImageType::SpacingType spacingJPRx;
 157
 158     bool spacingToBeSet = false;
 159     if (bbGetInputXSpacing() > 0.)
 160     {
 161        spacingToBeSet = true;
 162        spacingJPRx[0]= bbGetInputXSpacing();
 163     }
 164
 165     if (bbGetInputYSpacing() > 0.)
 166     {
 167        spacingToBeSet = true;
 168        spacingJPRx[1]= bbGetInputYSpacing();
 169     }
 170
 171     if (bbGetInputZSpacing() > 0.)
 172     {
 173        spacingToBeSet = true;
 174        spacingJPRx[2]= bbGetInputZSpacing();
 175     }
 176
 177     if (spacingToBeSet)
 178        reader->GetOutput()->SetSpacing(spacingJPRx);
 179     // JPRx
 180
 181     reader->GetOutput()->Register();
 182     //    if (bbGetOutputOut())
 183     bbSetOutputOut ( reader->GetOutput() );
 184
 185     bbtkDebugDecTab("Core",9);
 186   }
 187
 188 }
 189 // eo namespace bbtk
 190
 191 #endif