packages/itk/src/bbitkImageSeriesReader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   bbtk
   3   Module:    $RCSfile: bbitkImageSeriesReader.cxx,v $
   4   Language:  C++
   5   Date:      $Date: 2009/05/15 14:57:58 $
   6   Version:   $Revision: 1.9 $
   7 =========================================================================*/
   8
   9 /* ---------------------------------------------------------------------
  10
  11 * Copyright (c) CREATIS-LRMN (Centre de Recherche en Imagerie Medicale)
  12 * Authors : Eduardo Davila, Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
  13 *
  14 *  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  15 *  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
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  28 *  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  29 * ------------------------------------------------------------------------ */
  30
  31 /**
  32  *  \file
  33  *  \brief
  34  */
  35 #ifdef _USE_ITK_
  36
  37 #include "bbitkImageSeriesReader.h"
  38 #include "bbitkPackage.h"
  39 #include "itkImageSeriesReader.h"
  40
  41 namespace bbitk
  42 {
  43   BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(ImageSeriesReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  44
  45   BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(itk,ImageSeriesReader);
  46
  47
  48         //-----------------------------------------------------------------
  49         void ImageSeriesReader::bbUserSetDefaultValues()
  50         {
  51                 bbSetInputXSpacing(-1.0);
  52                 bbSetInputYSpacing(-1.0);
  53                 bbSetInputZSpacing(-1.0);
  54         }
  55
  56         //-----------------------------------------------------------------
  57         void ImageSeriesReader::bbUserInitializeProcessing()
  58         {
  59         }
  60
  61         //-----------------------------------------------------------------
  62         void ImageSeriesReader::bbUserFinalizeProcessing()
  63         {
  64         }
  65
  66
  67
  68   void ImageSeriesReader::Read()
  69   {
  70     const std::vector<std::string>& filenames = bbGetInputFileNames();
  71     if (!filenames.size())
  72       {
  73         typedef Image_uint8_t_2_ptr itype;
  74         Image_uint8_t_2::Pointer p = Image_uint8_t_2::New();
  75         Image_uint8_t_2::IndexType i;
  76         i.Fill(0);
  77         Image_uint8_t_2::SizeType s;
  78         s.Fill(1);
  79         Image_uint8_t_2::RegionType r(i,s);
  80         p->SetRegions(r);
  81         p->Allocate();
  82         p->Register();
  83         bbSetOutputOut(p.GetPointer());
  84         return;
  85         //bbtkError("Void vector passed to "<<bbGetFullName());
  86       }
  87
  88     std::string filename = filenames[0];
  89
  90     itk::ImageIOBase::Pointer genericReader =
  91       itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(),
  92                                          itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  93
  94     if (!genericReader)
  95       {
  96         bbtkError(bbGetFullName()<<" : File format unknown (while reading [" << filename << "])");
  97       }
  98     genericReader->SetFileName(filename.c_str());
  99     genericReader->ReadImageInformation();
 100
 101     // a stack of 2D images will result as a 3D image // JPRx
 102     int plusUn;
 103     if (filenames.size()>1)
 104        plusUn = 1;
 105     else
 106        plusUn = 0;
 107
 108     bbtk::TypeInfo typ = GetITKImagePtrTypeInfoFromPixelTypeInfoAndDimension(genericReader->GetComponentTypeInfo(), genericReader->GetNumberOfDimensions() + plusUn);
 109
 110
 111     BBTK_TEMPLATE_ITK_IMAGE_SWITCH(typ,Read);
 112
 113   }
 114
 115   /**
 116       Template Processing
 117   */
 118   template<class T>
 119   void ImageSeriesReader::Read()
 120   {
 121     bbtkDebugMessageInc("Core",9,"bbitk::ImageSeriesReader<"
 122                         <<bbtk::TypeName<T>()
 123                         <<">::Read()"<<std::endl);
 124
 125     typedef T itkImageType;
 126     typedef itk::ImageSeriesReader< itkImageType > itkReaderType;
 127
 128     typename itkReaderType::Pointer reader = itkReaderType::New();
 129     const std::vector<std::string>& filenames = bbGetInputFileNames();
 130     reader->SetFileNames(filenames);
 131     try { reader->Update(); }
 132     catch( std::exception& e )
 133       {
 134         bbtkError("could not read image series : "<<e.what());
 135       }
 136
 137     // JPRx
 138     typename itkImageType::SpacingType spacingJPRx;
 139
 140     bool spacingToBeSet = false;
 141     if (bbGetInputXSpacing() > 0.)
 142     {
 143        spacingToBeSet = true;
 144        spacingJPRx[0]= bbGetInputXSpacing();
 145     }
 146     if (bbGetInputYSpacing() > 0.)
 147     {
 148        spacingToBeSet = true;
 149        spacingJPRx[1]= bbGetInputYSpacing();
 150     }
 151     if (bbGetInputZSpacing() > 0.)
 152     {
 153        spacingToBeSet = true;
 154        spacingJPRx[2]= bbGetInputZSpacing();
 155     }
 156     if (spacingToBeSet)
 157        reader->GetOutput()->SetSpacing(spacingJPRx);
 158     // JPRx
 159
 160     reader->GetOutput()->Register();
 161     //    if (bbGetOutputOut())
 162     bbSetOutputOut ( reader->GetOutput() );
 163
 164     bbtkDebugDecTab("Core",9);
 165   }
 166
 167
 168 }
 169 // eo namespace bbtk
 170
 171 #endif