packages/itk/src/bbitkImageSeriesReader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   bbtk
   4   Module:    $RCSfile: bbitkImageSeriesReader.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2008/06/26 07:55:12 $
   7   Version:   $Revision: 1.5 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
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  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
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  17 =========================================================================*/
  18 /**
  19  *  \file
  20  *  \brief
  21  */
  22 #ifdef _USE_ITK_
  23
  24 #include "bbitkImageSeriesReader.h"
  25 #include "bbitkPackage.h"
  26 #include "itkImageSeriesReader.h"
  27
  28 namespace bbitk
  29 {
  30   BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(ImageSeriesReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  31
  32   BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(itk,ImageSeriesReader);
  33
  34   void ImageSeriesReader::Read()
  35   {
  36     const std::vector<std::string>& filenames = bbGetInputFileNames();
  37     if (!filenames.size())
  38       {
  39         typedef Image_uint8_t_2_ptr itype;
  40         Image_uint8_t_2::Pointer p = Image_uint8_t_2::New();
  41         Image_uint8_t_2::IndexType i;
  42         i.Fill(0);
  43         Image_uint8_t_2::SizeType s;
  44         s.Fill(1);
  45         Image_uint8_t_2::RegionType r(i,s);
  46         p->SetRegions(r);
  47         p->Allocate();
  48         p->Register();
  49         bbSetOutputOut(p.GetPointer());
  50         return;
  51         //bbtkError("Void vector passed to "<<bbGetFullName());
  52       }
  53
  54     std::string filename = filenames[0];
  55
  56     itk::ImageIOBase::Pointer genericReader =
  57       itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(),
  58                                          itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  59     if (!genericReader)
  60       {
  61         bbtkError(bbGetFullName()<<" : File format unknown (while reading \"" << filename << "\")");
  62       }
  63     genericReader->SetFileName(filename.c_str());
  64     genericReader->ReadImageInformation();
  65
  66     bbtk::TypeInfo typ = GetITKImagePtrTypeInfoFromPixelTypeInfoAndDimension(genericReader->GetComponentTypeInfo(), genericReader->GetNumberOfDimensions());
  67
  68     BBTK_TEMPLATE_ITK_IMAGE_SWITCH(typ,Read);
  69
  70   }
  71
  72   /**
  73       Template Processing
  74   */
  75   template<class T>
  76   void ImageSeriesReader::Read()
  77   {
  78     bbtkDebugMessageInc("Core",9,"bbitk::ImageSeriesReader<"
  79                         <<bbtk::TypeName<T>()
  80                         <<">::Read()"<<std::endl);
  81
  82     typedef T itkImageType;
  83     typedef itk::ImageSeriesReader< itkImageType > itkReaderType;
  84
  85     typename itkReaderType::Pointer reader = itkReaderType::New();
  86     const std::vector<std::string>& filenames = bbGetInputFileNames();
  87     reader->SetFileNames(filenames);
  88     try { reader->Update(); }
  89     catch( std::exception& e )
  90       {
  91         bbtkError("could not read image series : "<<e.what());
  92       }
  93
  94     reader->GetOutput()->Register();
  95     //    if (bbGetOutputOut())
  96     bbSetOutputOut ( reader->GetOutput() );
  97
  98     bbtkDebugDecTab("Core",9);
  99   }
 100
 101
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 106 }
 107 // eo namespace bbtk
 108
 109 #endif