packages/itk/src/bbitkResampleImageFilter.h

   1 /*
   2  # ---------------------------------------------------------------------
   3  #
   4  # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5  #                        pour la SantÈ)
   6  # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7  # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8  # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9  #
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  14  #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  16  #
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  22  #
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  24  #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25  # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27
  28 /*=========================================================================
  29   Program:   bbtk
  30   Module:    $RCSfile: bbitkResampleImageFilter.h,v $
  31   Language:  C++
  32   Date:      $Date: 2012/11/16 08:50:39 $
  33   Version:   $Revision: 1.13 $
  34 =========================================================================*/
  35
  36
  37
  38
  39 #ifdef _USE_ITK_
  40
  41 #include <math.h>
  42 #include "bbtkAtomicBlackBox.h"
  43 #include "itkResampleImageFilter.h"
  44 #include "bbitkImage.h"
  45 #include "itkNearestNeighborInterpolateImageFunction.h"
  46 #include "itkLinearInterpolateImageFunction.h"
  47 #include "itkBSplineInterpolateImageFunction.h"
  48
  49 // For ITK4
  50 #include <itkAffineTransform.h>
  51
  52 namespace bbitk
  53 {
  54
  55
  56  //===================================================
  57    class /*BBTK_EXPORT*/ ResampleImageFilter
  58     :
  59     public bbtk::AtomicBlackBox
  60   {
  61     BBTK_BLACK_BOX_INTERFACE(ResampleImageFilter, bbtk::AtomicBlackBox);
  62         BBTK_DECLARE_INPUT(In,anyImagePointer);
  63         BBTK_DECLARE_INPUT(Spacing,std::vector<double>);
  64         BBTK_DECLARE_INPUT(Interpolation,std::string);
  65         BBTK_DECLARE_OUTPUT(Out,anyImagePointer);
  66     BBTK_PROCESS(ProcessSwitch);
  67   private :
  68     inline void ProcessSwitch();
  69     template <class T> void Process();
  70     itk::Object* mOutput;
  71   };
  72  //===================================================
  73
  74  //===================================================
  75    BBTK_BEGIN_DESCRIBE_BLACK_BOX(ResampleImageFilter,
  76                                 bbtk::AtomicBlackBox);
  77   BBTK_NAME("ResampleImageFilter");
  78   BBTK_AUTHOR("laurent.guigues at creatis.insa-lyon.fr");
  79   BBTK_DESCRIPTION("Resamples an image");
  80   BBTK_CATEGORY("image;filter");
  81   BBTK_INPUT(ResampleImageFilter,In,"Input image. Can be any itk::Image<T,D>*",anyImagePointer,"");
  82   BBTK_INPUT(ResampleImageFilter,Spacing,"Spacing",std::vector<double>,"spacing");
  83   BBTK_INPUT(ResampleImageFilter,Interpolation,"Interpolation: Linear (default) || BSpline || NearestNeighbor)  ",std::string,"");
  84   BBTK_OUTPUT(ResampleImageFilter,Out,"Output image. Of the same type and dimension than the input image",anyImagePointer,"");
  85   BBTK_END_DESCRIBE_BLACK_BOX(ResampleImageFilter);
  86  //===================================================
  87
  88
  89
  90  //===================================================
  91    void ResampleImageFilter::ProcessSwitch()
  92   {
  93        printf("EED ResampleImageFilter::ProcessSwitch Start \n");
  94     bbtk::TypeInfo t = bbGetInputIn().type();
  95     BBTK_TEMPLATE_ITK_IMAGE_SWITCH(t, this->Process);
  96        printf("EED ResampleImageFilter::ProcessSwitch End \n");
  97   }
  98  //===================================================
  99
 100  //===================================================
 101    template <class T>
 102   void ResampleImageFilter::Process()
 103   {
 104       printf("EED ResampleImageFilter::Process Start \n");
 105     bbtkDebugMessageInc("Core",9,
 106                         "bbitk::ResampleImageFilter::Process<"
 107                         <<bbtk::TypeName<T>()<<">()"<<std::endl);
 108
 109     typedef T ImageType;
 110       printf("EED ResampleImageFilter::Process 1 \n");
 111     typedef itk::ResampleImageFilter<ImageType,ImageType> FilterType;
 112       printf("EED ResampleImageFilter::Process 2 \n");
 113     typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 114     const unsigned int Dimension = ImageType::ImageDimension;
 115
 116     // Input
 117       printf("EED ResampleImageFilter::Process 3 \n");
 118     T* in = this->bbGetInputIn().get<T*>();
 119       printf("EED ResampleImageFilter::Process 4 \n");
 120     filter->SetInput( in );
 121       printf("EED ResampleImageFilter::Process 5 \n");
 122
 123     // Size, Spacing, Origin and DefaultPixelVal
 124     typename ImageType::SizeType size;
 125     typename ImageType::SpacingType spacing;
 126     typename ImageType::PointType origin;
 127     typename ImageType::RegionType LPR;
 128     LPR = in->GetLargestPossibleRegion();
 129     size = LPR.GetSize();
 130     //    origin = LPR.GetIndex(); //in->GetOrigin();
 131      for (unsigned int i=0;i<Dimension;++i)
 132      {
 133                 origin[i]       = LPR.GetIndex()[i]*in->GetSpacing()[i];
 134                 spacing[i] = bbGetInputSpacing()[i];
 135                 double tmp = (LPR.GetSize()[i]*in->GetSpacing()[i]/spacing[i] ) + 0.5;
 136                 size[i] = (long)floor(tmp);
 137 //      size[i] = (long)lrint(LPR.GetSize()[i]*in->GetSpacing()[i]/spacing[i]);
 138        }
 139
 140     filter->SetOutputOrigin (origin);
 141     filter->SetSize (size);
 142     filter->SetOutputSpacing( spacing );
 143
 144     filter->SetDefaultPixelValue (0);
 145     filter->SetOutputDirection( in->GetDirection() );
 146
 147
 148
 149     // Transform
 150     typedef itk::AffineTransform < double, Dimension> TransformType;
 151
 152     // Instance of the transform object to be passed to the resample filter
 153     // By default, identity transform is applied
 154     typename TransformType::Pointer transform =  TransformType::New();
 155     filter->SetTransform ( transform );
 156
 157
 158
 159     if  ( bbGetInputInterpolation() == "NearestNeighbor" ) {
 160       typedef itk::NearestNeighborInterpolateImageFunction < ImageType, double > InterpolatorType;
 161       // We create an interpolator of the found type
 162       typename InterpolatorType::Pointer interpolator = InterpolatorType::New();
 163       filter->SetInterpolator( interpolator );
 164     }
 165     else if  ( bbGetInputInterpolation() == "BSpline") {
 166       typedef itk::BSplineInterpolateImageFunction < ImageType, double > InterpolatorType;
 167       // We create an interpolator of the found type
 168       typename InterpolatorType::Pointer interpolator = InterpolatorType::New();
 169       filter->SetInterpolator(interpolator);
 170       // When handling unsigned data, it is possible that the interpolated value is negative
 171       // if ( (m_InputImage->GetComponentTypeAsString() == "uchar")   ||
 172       //           (m_InputImage->GetComponentTypeAsString() == "ushort")  ||
 173       //           (m_InputImage->GetComponentTypeAsString() == "uint") ) {
 174       //        std::cout << "Warning! you're using unsigned data ! The interpolated value may result negative! "<< std::endl;
 175       // }
 176     } //end else if
 177     // Interpolation
 178     else { // if ( bbGetInputInterpolation() == "Linear" ) {
 179       typedef itk::LinearInterpolateImageFunction < ImageType, double > InterpolatorType;
 180       // We create an interpolator of the found type
 181       typename InterpolatorType::Pointer interpolator =  InterpolatorType::New();
 182       filter->SetInterpolator( interpolator );
 183     }
 184
 185     filter->Update();
 186     filter->GetOutput()->Register();
 187     if (mOutput) mOutput->UnRegister();
 188     this->bbSetOutputOut( filter->GetOutput() );
 189     mOutput = filter->GetOutput();
 190
 191     bbtkDebugDecTab("Core",9);
 192
 193       printf("EED ResampleImageFilter::Process End \n");
 194
 195   }
 196    //===================================================
 197
 198
 199         //-----------------------------------------------------------------
 200         void ResampleImageFilter::bbUserSetDefaultValues()
 201         {
 202                 std::vector<double> res;
 203                 res.push_back(1);
 204                 res.push_back(1);
 205                 res.push_back(1);
 206                 bbSetInputSpacing(res);
 207                 mOutput = 0;
 208         }
 209
 210         //-----------------------------------------------------------------
 211         void ResampleImageFilter::bbUserInitializeProcessing()
 212         {
 213         }
 214
 215         //-----------------------------------------------------------------
 216         void ResampleImageFilter::bbUserFinalizeProcessing()
 217         {
 218         }
 219
 220
 221 } // EO namespace bbitk
 222
 223 #endif   // _USE_ITK_