packages/vtk/src/bbvtkConcatImages.cxx

   1 /*
   2  # ---------------------------------------------------------------------
   3  #
   4  # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5  #                        pour la SantÈ)
   6  # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7  # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8  # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9  #
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  14  #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  16  #
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  22  #
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  24  #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25  # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27
  28 /*=========================================================================
  29   Program:   bbtk
  30   Module:    $RCSfile: bbvtkConcatImages.cxx,v $
  31   Language:  C++
  32   Date:      $Date: 2012/11/16 08:51:58 $
  33   Version:   $Revision: 1.3 $
  34 =========================================================================*/
  35
  36 /**
  37  *  \file
  38  *  \brief
  39  */
  40
  41 #ifdef _USE_VTK_
  42 #include "bbvtkConcatImages.h"
  43 #include "bbvtkPackage.h"
  44
  45 namespace bbvtk
  46 {
  47    BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(vtk,ConcatImages)
  48    BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(ConcatImages,bbtk::AtomicBlackBox);
  49
  50 //---------------------------------------------------------------------
  51
  52    void ConcatImages::bbUserSetDefaultValues()
  53    {
  54       //std::cout << "-------- entree ds ConcatImages::bbUserSetDefaultValues()\n" << std::endl;
  55
  56    // bbSetInputIn(NULL);  /// \TODO fix it! IN is a std::vector<vtkImageData> // JPR
  57       mConcat = NULL;
  58       bbSetOutputOut(NULL);
  59    }
  60
  61 //---------------------------------------------------------------------
  62
  63    void ConcatImages::bbUserInitializeProcessing()
  64    {
  65        //std::cout << "-------- entree ds ConcatImages::bbUserInitalizeProcessing()\n" << std::endl;
  66       //bbUserFinalizeProcessing();
  67       mConcat = vtkImageData::New();  // Alloc depends on  bbGetInputIn().size()
  68    }
  69
  70 //---------------------------------------------------------------------
  71
  72    void ConcatImages::bbUserFinalizeProcessing()
  73    {
  74             //std::cout << "-------- entree ds ConcatImages::bbUserFinalizeProcessing()\n" << std::endl;
  75    // WTF? we never enter here // JPR  bbUserFinalizeProcessing()  JPR
  76       if (mConcat!=NULL)
  77       {
  78         // mConcat->Delete();
  79         // mConcat=NULL;
  80       }
  81       bbSetOutputOut(mConcat);
  82    }
  83
  84 //---------------------------------------------------------------------
  85
  86  /// \TODO :clean this dirty stuff :
  87  ///  - receives a std::vector<vtkImageData*>
  88  ///  - exports a vtkImageData*
  89  ///  - supposes *all* the images are consistent (same type, same number of components, same pixel type)
  90  ///  - if images in the vector are already 3D, exports only the first one. ?!?  // JPR
  91  ///
  92    void ConcatImages::Process()
  93    {
  94         int dim[3];
  95         int curDim[3];
  96         int nbComponents;
  97         int scalarType;
  98         int nb = (unsigned int)bbGetInputIn().size();
  99 //      int consistentNb(nb);
 100         int newSizeZ;
 101
 102         if (nb == 0) {
 103            // ??? JPR
 104         }
 105
 106         bbGetInputIn()[0]->GetDimensions(dim);
 107         if ( nb == 1) // dim[2] > 1 : Hopeless for vtk : the first file contains already a 3D object
 108                                     // nb == 1 : only one image, nothing to do.
 109         {
 110            mConcat->Delete();
 111            mConcat = bbGetInputIn()[0];
 112            //mConcat->PrintSelf(std::cout, vtkIndent(2));
 113         } else {
 114            // We suppose *all* the images within the directory are consistent (same sizeS, same pixel Type?...)
 115            vtkImageData * firstImage = bbGetInputIn()[0];
 116
 117                   //std::cout << "--------PrintSelf firstImage " << std::endl;
 118                   // firstImage->PrintSelf(std::cout, vtkIndent(2));
 119
 120            nbComponents = firstImage->GetNumberOfScalarComponents();
 121            mConcat->SetNumberOfScalarComponents(nbComponents);
 122
 123            mConcat->SetScalarType(firstImage->GetScalarType( ));
 124            scalarType = firstImage->GetScalarType( );
 125            mConcat->SetScalarType(scalarType);
 126
 127            mConcat->SetSpacing(firstImage->GetSpacing());
 128
 129            firstImage->GetDimensions(dim);
 130            newSizeZ=0;
 131            // brute way to perform an ultra-mini consistency check :
 132            // First image is supposed to be the reference image,
 133            // any unconsistent image is just discarted...
 134            for(int i=0; i<nb; i++)
 135            {
 136
 137 //EED 2013 oct 29
 138 //EED         if ( !CheckConsistency(firstImage, dim, nbComponents, scalarType))
 139 //EED           consistentNb--;
 140
 141               if ( CheckConsistency(bbGetInputIn()[i], dim, nbComponents, scalarType))
 142                 {
 143                         bbGetInputIn()[i]->GetDimensions(curDim);
 144                         newSizeZ = newSizeZ + curDim[2];
 145                 } // if
 146
 147            }    // for
 148
 149            dim[2]=newSizeZ;
 150
 151
 152            mConcat->SetDimensions(dim);
 153            mConcat->SetExtent(0, dim[0]-1, 0, dim[1]-1, 0, dim[2]-1);
 154
 155            mConcat->AllocateScalars();
 156            mConcat->Update();
 157
 158            int index_image;
 159
 160            int blocksize;
 161            int scalarSize=bbGetInputIn()[0]->GetScalarSize();
 162            char *pImage = (char*)mConcat->GetScalarPointer();
 163            char *sourcePointer;
 164
 165 //EED      int index_lignes, index_colonnes, index_components;
 166
 167
 168            for(index_image=0; index_image<nb; index_image++)
 169            {
 170               if (!CheckConsistency(bbGetInputIn()[index_image], dim, nbComponents, scalarType))
 171                 {
 172                          continue;  // discard unconsistent image !
 173                 }
 174               bbGetInputIn()[index_image]->GetDimensions(curDim);
 175               blocksize = curDim[0]*curDim[1]*curDim[2]*nbComponents*scalarSize;
 176           sourcePointer = (char*)bbGetInputIn()[index_image]->GetScalarPointer();
 177               memcpy(pImage, sourcePointer,blocksize);
 178           pImage = pImage+blocksize;
 179
 180 //EED 2013 oct 29
 181 //EED         for(index_lignes=0; index_lignes<dim[0];index_lignes++)
 182 //EED         {
 183 //EED            for(index_colonnes=0; index_colonnes<dim[1];index_colonnes++)
 184 //EED            {
 185 //EED               for(index_components=0; index_components<nbComponents;index_components++)
 186 //EED               {
 187 //EED                 mConcat->SetScalarComponentFromDouble(index_lignes, index_colonnes, index_image, index_components,(bbGetInputIn()[index_image])->GetScalarComponentAsDouble(index_colonnes,index_lignes,0,index_components));
 188 //EED               } // components
 189 //EED            } // colonnes
 190 //EED         } // lignes
 191
 192
 193            } // if CheckConsistency
 194         } /// for index_image
 195
 196    // Devrait etre dans bbUserFinalizeProcessing() ? On n'y entre jamais // JPR
 197    bbSetOutputOut(mConcat);
 198    }
 199
 200 bool ConcatImages::CheckConsistency( vtkImageData *curImage, int dim[], int nbComponents, int scalarType )
 201 {
 202    assert (curImage);
 203
 204    if (scalarType != curImage->GetScalarType( ) )
 205    {
 206       return false;
 207    }
 208
 209    if (nbComponents != curImage->GetNumberOfScalarComponents() )
 210    {
 211       return false;
 212    }
 213
 214    int curDim[3];
 215    curImage->GetDimensions(curDim);
 216    if ( (curDim[0] =! dim[0]) || (curDim[1] =! dim[1]) )
 217    {
 218       return false;
 219    }
 220
 221    return true;
 222 }
 223
 224
 225 }//namespace bbtk
 226
 227 #endif // _USE_VTK_